Когда черепашки впервые выходят из канализации на поверхность, они становятся свидетелями того, как Эйприл О'Нил и её отца Кирби похищают Крэнги. Донни убеждает братьев, что их долг — спасти О'Нилов.

Черепашки выясняют где держат О'Нилов после похищения. Они устраивают атаку на убежище Крэнгов и им приходиться сразиться с мутантом-растением.

Во время боя с Крэнгами, Рафаэль приходит в ярость, когда обычный житель Нью-Йорка снимает черепашек на телефон и угрожает разослать видео всему миру. Во время спасательной операции жителя, заснявшего черепашек на камеру, он мутирует в паукообразное существо, которое с лёгкостью справляется с черепашками. Чтобы одолеть мутанта, Раф учится контролировать свой гнев и в итоге побеждает.

Чтобы доказать что черепашки могут дружить с людьми, Майки использует социальную сеть, чтобы подружиться с Крисом Брэдфордом, популярным мастером боевых искусств, который на самом деле является лучшим учеником Шреддера.

Сплинтер сажает черепашек под домашний арест из-за того, что Майки катался на скейтборде в логове. Когда черепашки скрытно от Сплинтера сбегают из логова, несмотря на его указания, они теряют Ч-Под (который содержит в себе важный чип) и теперь должны победить Бакстера Стокмана, работника ИТКИ, который использует чип, чтобы модернизировать его броню и отомстить компании ИТКИ за его увольнение.

Уставший использовать в качестве своего оружия деревянное бо Донателло создаёт Металлическую Голову, робота, управляемого дистанционным пультом, который должен сражаться вместо него. Когда у Металлической Головы происходит сбой в программе и он начинает подчиняться Крэнгам, Донни должен найти способ остановить его.

Донни и Эйприл объединяются в команду, чтобы расследовать исчезновение британского нейрохимика доктора Тайлера Роквелла. Расследование приводит их к странному обезьяне-мутанту. Они понимают, что Роквелл и есть та самая обезьяна-мутант, который используется в эксперименте его коллегой доктором Виктором Фалко.

После битвы с Пурпурными Драконами в магазине лапши, Лео боится, что он показывает слишком много милосердия к врагам. Шреддер посылает за черепашками Ксевера Монтеса вместе с фут-клановцами. Всё становится ещё хуже, когда Ксевер берёт владельца магазина лапши, мистера Мураками, в заложники.

После того как Эйприл получила послание от отца, переданное голубем-мутантом по имени Пит, она и черепашки отправляются на миссию по спасению отца Эйприл и спасению Нью-Йорка от мутагенной бомбы. Но черепашки оказываются совершенно не готовы к встрече с Шреддером, который нападает на них. Случайно на Криса Брэдфорда и Ксевера попадет мутаген и они мутируют.

После ночного кошмара Сплинтера, где Шреддер побеждает черепашек, он начинает тренировать сыновей в режиме 24/7. Вскоре черепашкам предстоит защитить дом в канализации, потому что Шреддер приказывает уничтожить его с помощью хлорсульфоновой кислоты (опасный химикат, сильно реагирующий на воду).

Пурпурные Драконы пытаются украсть телефон Эйприл. Одновременные угрозы от Пурпурных Драконов и роботов маусеров, изобретённых Бакстером Стокманом, заставляют черепашек разбиться на две группы: Лео и Раф, Донни и Майки.

После того как черепашки спасают миссисипского аллигатора от Крэнгов, Майки ухаживает за ним и становится ему другом. Черепашки узнают, что у аллигатора Кожеголового есть аккумулятор Крэнгов, который они ни за что не должны вернуть себе.

Черепашки должны спасти город и разум Сплинтера от доктора Виктора Фалко, который мутировал в Крысиного Короля.

Змейквьюн (мутант из первой серии) возвращается и похищает людей. Устав от постоянной критики Рафа на тему как надо быть лидером, Леонардо уходит и ставит на место себя Рафаэля. После ухода Леонардо встречает девушку-ниндзя по имени Караи, которая пытается заманить его на тёмную сторону.

Леонардо и Рафаэль обсуждают доверие к Караи. Черепашки впервые приходят в школу, когда школьный проект Эйприл привлекает внимание Крэнгов. Караи узнаёт о существовании Крэнгов и пытается рассказать об этом Шреддеру, но ему это не интересно. Караи следует за черепашками в лабораторию Крэнгов, где её находит Раф. Все события приводят к очередному сражению с Крэнгами.

Донателло превращает вагон метро Кожеголового в военный фургон, Майки называет его Панцеробус. Во время тест-драйва Панцеробуса, черепашки встречают их первого фаната — подростка в костюме, который борется с преступниками под именем «Пульверизатор», который на самом деле является ленивым подростком, который не имеет представления как защищать себя. В это время, Бакстер Стокман создаёт для Саблезуба кибернетические ноги, используя украденные технологии Крэнгов, а сами Крэнги ищут потерянный аккумулятор.

Во время проникновения в ИТКИ (Исследовательский Техно-Космический Институт), чьё местоположение было сообщено черепашкам Кожеголовым, они узнают о настоящих планах Крэнгов — открыть портал в Измерение X и начать вторжение. Черепашки пытаются остановить Крэнгов и это приводит к их сражению с Траагом. Во время боя, Майки находит Устройство Для Хранения Информации Крэнгов. Донателло расшифровывает информацию и понимает, что главная цель Крэнгов — Эйприл.

Донателло создаёт шпиона-таракана, который должен следить за Крэнгами в ИТКИ. Черепашки узнают, что Крэнги собираются просверлить Землю до ядра. Во время слежки, таракан случайно мутирует. Когда черепашки находят таракана, они узнают, что его цель — Рафаэль, так как он пытался уничтожить его ранее, вследствие боязни тараканов.

Стокман просит у Шреддера разрешение на использование своего нового изобретения, которое уничтожит черепашек. На самом же деле, Стокман пытался уничтожить не только черепашек, но и отомстить Острозубу и Саблезубу за то, что они угрожали ему. Он заманивает их всех в смертельный лабиринт, который называет «Лабиринт Страха». Теперь черепашки, Острозуб и Саблезуб должны заключить временное перемирие, чтобы выбраться из лабиринта живыми. В это время Сплинтер пытается подобрать идеальное оружие для Эйприл, в то время как она узнаёт больше о прошлом Сплинтера.

Когда вторжение Крэнгов угрожает уничтожением черепашкам и всему миру, Караи решает объединиться с черепашками. Объединение с Караи становится не такой плохой затеей, тем более, что она может украсть у Шреддера более мощные оружия. Но когда черепашки решают навсегда распрощаться со Шреддером, доверие Караи улетучивается и теперь черепашки должны победить Шреддера, Караи и Крэнгов.

После того как черепашки узнают о планах Крэнгов заменить Земную воду на Крэнг-воду, они проникают на подводную базу Крэнгов, охраняемую морским созданием из Измерения X. Шреддер допрашивает пойманного Крэнга и узнаёт, что Эйприл является не только союзником черепашек, но и ключом Крэнгов к захвату всей Земли и он посылает Караи поймать Эйприл. Эйприл успешно убегает от Караи, но когда оказывается в ловушке, проигрывает, но сбегает, использовав урок Сплинтера о том, как вывести противника из равновесия.

Сплинтер заставляет черепашек поменяться оружием и научиться использовать всё вокруг, как боевое средство. Шреддер узнаёт о том, как работает мутаген и планирует создать целую армию мутантов. Пульверизатор, ставший одним из фут-клановцев, помогает черепашкам узнавать, что планирует Шреддер. Когда он по доброй воле соглашается быть испытуемым в экспериментах с мутагеном, черепашки должны спасти его.

Во время исследования разрушенной базы Крэнгов, на черепашек нападает огромная мутант-оса, которая жалит Лео. После того как оса погибла, черепашки находят яйцо, которое Лео предлагает отнести в логово. Той же ночью Раф пытается уничтожить яйцо, но его останавливает Лео, который находится под воздействием токсина осы, который заставляет его охранять яйцо. Лео кусает Рафа, заражая его. Майки и Донни пытаются вылечить его, но Донни кусают во время схватки и он не успевает закончить антидот. Донни объясняет Майки как приготовить антидот, после чего поддаётся токсину и кусает Майки. Последний заканчивает антидот и лечит себя и братьев, в то время, когда новорождённые осы вылупились из яйца. Позже Майки уничтожает их с помощью пушки в Панцеробусе.

В попытке произвести впечатление на Эйприл, Донни в одиночку врывается на базу Крэнгов, чтобы спасти Кирби (отца Эйприл). Донни спасает Кирби, но они оба оказываются в ловушке вместе с опасным мутантом под именем Нейтритон. Эйприл слышит звуки, которых не слышит Сплинтер. Черепашки спасают Кирби и убегают от Нейтритона. Они приводят Кирби в логово, где он воссоединяется с его дочерью, но они не знают, что Кирби находится под влиянием Крэнгов.

Крэнги собираются начать вторжение и черепашки должны их остановить. Им необходимо закрыть портал перед тем, как появится Технодром и также освободить Эйприл из плена Крэнгов, которую они схватили с помощью Шреддера. Черепашки уничтожают ИТКИ, но Технодром уже проходит через портал.

Черепашки должны пробраться на Технодром, чтобы спасти Эйприл. Сплинтер выходит лицом к лицу со Шреддером после победы над Острозубом и Саблезубом. Когда он узнаёт в Караи свою давно потерянную дочь Миву (которой Шреддер сказал, что Сплинтер убил её мать), он в печали отступает. В Технодроме, черепашки должны одолеть Лидера Крэнгов, чтобы спасти Эйприл перед тем, как Крэнги соберут образец её ДНК.

Миссия черепашек по остановке доставки мутагена Крэнгов к Шреддеру заканчивается тем, что канистры с мутагеном разбрасываются по всему городу. Одна из них попадает в Кирби О'Нила, мутируя его в вампировую летучую мышь. Расстроенная в своих друзьях, Эйприл уходит из команды черепашек.

Во время поиска канистр с мутагеном, черепашки обнаруживают белку, которая залезла в глотку бездомного человека. После того, как черепашки приносят его домой и исследуют, они узнают шокирующую правду о том, что белки размножаются в желудках, а затем сбегают.

Шреддер уезжает в Японию, чтобы собрать новую армию и оставляет Караи за главную. У Леонардо серьёзные проблемы с братьями насчёт его лидерства, но когда Караи берёт его в плен, остальные должны найти способ спасти Леонардо и понять как победить фут-клановцев.

Донни начинает сильно ревновать Эйприл к ученику школы, Кейси Джонсу, и он рассказывает все свои печали Тимати. Мутировавший Пульверизатор поглощает экспериментальный мутаген, что приводит к тому, что у него формируются ноги и руки и он становится «Мутагеноидом», затем сбегает, чтобы найти Эйприл.

Микеланджело играет с образцами ретро-мутагена и это приводит к появлению опасных прыщей, которые выходят из под контроля. Черепашки отправляются к обломкам ИТКИ, чтобы найти молекулярную центрифугу, чтобы создать антидот для Майки, но встречают там Бакстера Стокмана. Без центрифуги не будет антидота и Майки будет обречён. Он делает всё, чтобы найти центрифугу и это приводит к схватке с Острозубом, который мутирует в мутанта-оборотня, супер-мутанта "Рахзара".

Крэнги и Караи продолжают их охоту за Эйприл. После того как Эйприл навлекла много бед на своих друзей, она должна преодолеть свою злость к черепашкам и вернуться в команду.

После того как домашняя черепашка Рафаэля Спайк пьёт мутаген, он мутирует в громадную черепаху-мутанта и меняет себе имя на «Слэш». Он предлагает Рафу сформировать новую команду и бороться бок о бок и Раф соглашается. На самом деле, настоящие мотивы Слэша — это уничтожение Лео, Донни и Майки.

Кейси Джонс обещает своему городу Нью-Йорку защищать его от нападений ниндзя и мутантов. В итоге Кейси встречает Рафаэля (который был в плохом настроении) и так как Рафаэль и ниндзя и мутант, Кейси видит в нём угрозу. Кейси преследует Рафа до логова и обнаруживает там Сплинтера, остальных черепашек, а также его подругу Эйприл. Не подозревая об этом, Кейси привёл за собой фут-ботов в логово черепашек. Кейси и Раф должны примириться, пока местонахождение логова не узнал враг.

Эйприл чувствует себя отдалённой от команды и решает пойти с черепашками на миссию по исследованию заново построенного ИТКИ. Во время миссии, Эйприл узнаёт больше о своём прошлом от таинственного человека.

После того как мутировавшие грибы распространяются по канализации, их поры заставляют черепашек, Эйприл и Кейси испытывать их самые худшие страхи. Леонардо должен преодолеть свой самый худший страх — потерять команду — и победить главного гриба.

Донни модернизирует Металлическую Голову, добавляя ему новые возможности в программу, вследствие чего черепашки начинают волноваться насчёт него. В это же время, черепашки должны противостоять Крэнгам, которые похищают мутантов, чтобы потом контролировать их.

Когда Крысиный Король возвращается, Сплинтер должен преодолеть его страх перед ним, чтобы победить. Микеланджело приносит в логово кошку, которая позже ест мороженое, смешанное с мутагеном, и мутирует в кошку-мороженое.

Когда Шреддер возвращается из Японии с новым союзником, мутировавшим Бенгальским тигром по имени Тигриный Коготь, Лео нуждается в помощи Сплинтера. В это же время, Донни должен отложить в сторону недоброе отношение к Кейси и выяснить, что вызывает частые землетрясения в Нью-Йорке.

Когда Шреддер возвращается из Японии с новым союзником, мутировавшим Бенгальским тигром по имени Тигриный Коготь, Лео нуждается в помощи Сплинтера. В это же время, Донни должен отложить в сторону недоброе отношение к Кейси и выяснить, что вызывает частые землетрясения в Нью-Йорке.

Черепашки пытаются расслабиться, играя в ролевую игру, которая называется «Лабиринты и мутанты», но игра становится реальностью, когда мутировавший домашний воробей посылает черепашек в игру, где им предстоит пройти через лабиринт, победить дракона и спасти принцессу Эйприл.

Донни наконец заканчивает ретро-мутаген, который должен превратить Кирби обратно в человека. Бакстер Стокман мутирует в муху из-за того, что провалил попытки создать идеальную армию мутантов для Шреддера. Узнав о ретро-мутагене, Бакстер берёт Эйприл в заложники и обещает освободить её взамен на мутаген.

Между Рафом и Кейси возникает проблема из-за того, что Кейси не способен сражаться с более серьёзными мутантами. Всё становится ещё хуже, когда Кейси и Раф знакомятся с новым другом Слэша Нейтритоном.

Когда ожившая пицца начинает зомбировать людей, в том числе Эйприл, Сплинтера, Лео, Рафа и Донни, Майки должен найти способ как остановить их лидера, пиццу-пепперони с грибами по имени Пиццеликий.

Тигриный Коготь возвращается и собирается с помощью Караи выяснить, где находится логово черепашек и отомстить им. Их план проваливается, когда Караи узнаёт правду о том, что она на самом деле давно потерянная дочь Сплинтера Мива. Она отворачивается от Шреддера и Фут Клана. К несчастью для Караи, Шреддер ловит её и запирает в камере.

Лео пытается уговорить братьев пойти на миссию по спасению Караи. В это время Антон Зэк, нанятый Иваном Стеранко, крадёт шлем Шреддера, «Куро Кабуто». Позже черепашки получают Куро Кабуто и решают использовать его в качестве обмена на Караи.

Когда Рафаэль меняется мозгами с Крэнгом с помощью их нового оружия, он должен найти способ вернуться в своё тело перед тем как «План 10» начнёт своё действие.

Лео идёт на спасение Караи, несмотря на предупреждения Сплинтера. После того как миссия прошла успешно, Караи решает вернуться и разобраться со Шреддером за то, что он убил её мать и столько времени лгал ей, но вещи принимают неожиданный оборот. Караи случайно падает в чан с мутагеном, который мутирует её в змее-подобное создание, которое лишает её рассудка.

Пурпурные Драконы освобождают злой дух Хо Чана из династии Шан. Он похищает Эйприл и её одноклассницу Ирму, и планирует высосать из них жизненные силы. Донни и Кейси должны объединиться, чтобы спасти Эйприл и Ирму, а также Лео, Рафа и Майки, которых контролирует призрак.

После получения сообщения от Кожеголового из Измерения X, Майки проходит через портал, чтобы спасти его. Вслед за ним отправляются его братья.

Для последней попытки мести Сплинтеру и его сыновьям, Шреддер объединяется с Крэнгами и последние начинают вторжение. Крэнги устраивают атаку на Нью-Йорк, а Донни и Лео спорят о способах остановить вторжение.

Дом черепашек оказался уничтожен Ирмой, которая на самом деле оказалась Крэнгом. Мутаген был доработан Крэнгами. Черепашки, Эйприл и Кейси должны выжить в Нью-Йорке в самый пик вторжения. Лео идёт лицом к лицу с армией Шреддера, в то время как Кожеголовый и Сплинтер сражаются со Шреддером самим.

Черепашки, Эйприл и Кейси живут на ферме семьи О'Нил. Лео приходит в себя. Донни делает мутагенную смесь, которую Лео проливает в лесу.

Черепашки находят в лесу Йети на которого охотится безумный охотник.

Во время уборки команда обнаруживает потайной подвал в котором обнаруживают заброшенный корабль Крэнгов. Внутри они находят маму Эйприл.

Мики натыкается на племя лягушек-мутантов, которые не любят людей.

Сны черепашек захватывают приснившиеся бобры.

На дороге бушует машина-мутант, которой Кейси бросает вызов.

Мики, Донни, Рафа и Кейси похищает химера. Эйприл и Лео должны спасти друзей.

Черепашки отправляются в лес для воссоединения с природой. Там они сражаются со внутренними врагами. По возвращению они принимают решения вернуться в Нью-Йорк.

Команда возвращается в Нью-Йорк, спасают Сплинтера из рук Шреддера и поселяются в пиццерии Антонио.

Иван Стеранко и Антон Зек похищают Карай, чтобы обменять её у Шреддера на выезд из города.

Стеранко и Зек мутируют в Рокстеди и Бибопа и собираются разделаться с черепахами.

Черепашки и команда Мутанималов, состоящая из Слэша, Кожеголового, Доктора Роквэлла и Голубя Пита, собираются спасти Нью-Йорк от Крэнгов.

Черепашки и команда Мутанималов, состоящая из Слэша, Кожеголового, Доктора Роквэлла и Голубя Пита, собираются спасти Нью-Йорк от Крэнгов.

Кейси собирается в одиночку одолеть Шреддера.

Во время драки черепах с Бибопом и Рокстеди мутаген попадает на мусорщика, который превращается в чудовище из мусора.

Тигриный коготь берёт в плен Слэша и Доктора Роквэлла, которых Шреддер берёт под свой контроль.

Кейси и Мики встречают мутанта-ящерицу Мондо Гекко, который заманивает их в смертельную гонку Саблезуба на скейтбордах.

Шреддер берёт под контроль Карай и приказывает ей уничтожить черепах и Сплинтера.

Черепахи отправляются в путешествие во времени вместе с новой подругой Ренет, чтобы одолеть злобного Саванти Ромеро.

Черепашки попадают во времена вражды кланов Хомато и Саки, где им необходимо не изменить ход истории, чтобы не исчезнуть самим.

Черепашки пытаются спасти Карай из лап Шреддера.

В лаборатории у Донни разбивается банка с Крипом и он освобождается, в то время как Донни начинает тупеть.

Карай заманивает черепах в ловушку и пытает их. Сплинтер должен спасти своих сыновей.

Трицеатон Зог прибывает на Землю с целью уничтожить вернувшихся на нее Крэнгов.

Черепашки встречают представителя расы Утромов Бишопа, который рассказывает им, что Крэнги починили Технодром и вновь планируют вторжение. Во время вторжения Крэнгов прилетают Трицератоны и собираются взорвать Землю, чтобы уничтожить Крэнгов.

Черепашки встречают представителя расы Утромов Бишопа, который рассказывает им, что Крэнги починили Технодром и вновь планируют вторжение. Во время вторжения Крэнгов прилетают Трицератоны и собираются взорвать Землю, чтобы уничтожить Крэнгов.

Черепашки знакомятся со странным инопланетным роботом - Фугитоидом!

Потерпев крушение на покрытой льдом луне вместе со своими врагами, герои должны отложить разногласия в сторону – иначе им не выжить.

Найдя гиперкуб, Кейси освобождает Вирма, существо из 4-го измерения.

Лорд Дрегг нанимает охотника за головами - акулу Армаггона, чтобы уничтожить Черепах!

Черепашки оказываются на планете абсолютного зла!

Микроскопические пришельцы проникают в подсознание Микки!

Черепашки захвачены и брошены на боевую Арену Трицератонов!

Черепашки должны завоевать доверие Совета Утромов, чтобы найти следующие элемент Генератора Чёрных дыр!

Команда путешествует по космическому океану.

Черепашки телепортируются в другое измерение, где они встречают свои копии из 1980-х и работают с ними сообща, чтобы победить Крэнга.

Донателло понимает, что уровень его интеллекта уступает интеллекту Фугитоида, но его интеллект подвергается испытанию, когда Трицератоны атакуют.

Когда Рафаэль теряет свою боевую харизму, он должен преодолеть свои чувства, чтобы спасти братьев от неминуемой гибели.

Команда должна заполучить последнюю часть Генератора Чёрных Дыр, хотя шансов на это практически нет.

Когда команда достигает Земли Фугитоид раскрывает ужасную тайну.

Когда Эйприл становится настоящей куноичи, у неё появляется враг; Черепашкам предстоит сразиться со старыми врагами!

Когда Лео тайком объединился с Караи, он оказывается в куда большой опасности, чем он мог себе представить.

Команда имеет дело с новыми приспешниками Бакстера-мухи, Раф должен победить свой страх перед насекомыми и взять лидерство на себя!

Люди Дона Визиозо отслеживают мутантов со смертельным анти-мутантым оружием!

Микеланджело знакомится с парочкой странных супергероев по имени Вертокрыл и Скрючинос.

Черепашки столкнутся с тем, кого они не смогут победить.

Черепашки разыскивают своего Сэнсея, но вскоре понимают, что сами стали жертвами охоты.

Донателло обеспокоен и решает проверить Эйприл, впоследствии обнаруживая, что её телекинетические способности быстро набирают мощь.

Дружба Рафаэля с маленьким Чомпи прерывается вторжением Токки, которая пришла на Землю в поисках его.

Появляется опасная женщина-мутант по имени Алопекс с личной вендеттой против Тигриного Когтя.

Супер Шреддер во все оружие бросает Сплинтеру вызов на решающий бой.

После смерти Сплинтера черепашки собираются раз и навсегда покончить со Шреддером.

Черепахи считают, что они победили большинство своих старых врагов, но вскоре обнаруживают, что из пепла поднимается новое зло.

Карай ищет легендарного Куро Кабуто, претендующего на роль законной наследницы Клана Фут, когда она внезапно встречает старого соперника.

У Дона Визиосо оказывается сердце Шреддера. Черепашки и Тигриный коготь пытаются забрать его у него.

Черепахи должны победить могущественного Каваксаса, чтобы он не уничтожил мир.

Нейтритон возвращается в Нью-Йорк - более мощным, чем когда-либо прежде, и объединяет силы с опасным и неожиданным союзником. С помощью Моны Лизы Черепашки встают на защиту своего города.

Нейтритон возвращается в Нью-Йорк - более мощным, чем когда-либо прежде, и объединяет силы с опасным и неожиданным союзником. С помощью Моны Лизы Черепашки встают на защиту своего города.

Черепашки попадают в альтернативное измерение, где встречают кролика-самурая по имени Миямото Усаги.

Усаги проводит Черепашек сквозь лес, населенный призраками, где они сталкиваются с озорными и опасными духами.

Когда Леонардо, Рафаэль, Донателло и Микеланджело со своим другом Усаги достигают цели своего назначения, они сразу же должны помочь Кинтаро исполнить свою судьбу.

Когда Сплинтер только мутировал в крысу, он был вынужден учиться выживать в условиях постоянного преследования, а также защищать четырех черепах-мутантов-младенцев.

Постаревший, закаленный Рафаэль сражается с дорожными бандами в пост-апокалиптической пустыне мутантов.

Рафаэль, Донателло и Мира по-прежнему находятся в ловушке постоянных песчаных бурь во всей пустыне, но спасаются не кем иным, как Чомпи Пикассо, который вырос за годы своего существования на Земле. По пути им удается найти «Святого Анчоуса», который, по правде говоря, является пожилым худым Микеланджело. Он берет их к себе домой из пиццы, где ждет мороженое Китти. В то время как три Черепахи догоняют и пытаются принять потерю своего лидера и старшего брата Леонардо, на них всех атакует Верматор Рекс, который похищает Мира, но за ним следует по пятам рассерженный Рафаэль.

Угодив в Яму, Рафаэль побеждает лидеров банд и занимает их место. После чего, объединенные банды, под предводительством Рафаэля, и при поддержке Микеланджело, Миры и Чомпи, отправляются на поиски Оазиса. По пятам их преследует Максимус Конг - предводитель банд Пустошей, которым оказывается повторномутировавший и потерявший память Леонардо.

Когда Ренет возвращается, Черепашки, с помощью путешествий во времени, должны помочь ей остановить Саванти Ромеро, который хочет обрушить на Нью-Йорк армию мертвецов.

После событий предыдущего эпизода, Черепашки и Ренет отправляются в прошлое. Их цель - не допустить создание Саванти Ромеро армии зомби при помощи освобождения Дракулы из его гробницы.

Саванти Ромеро удаётся выпустить Дракулу, который, к тому же, кусает Рафа и превращает его в вампира-мутанта-черепаху. Пока Эйприл, Кейси и Караи все еще в настоящем сражаются с ордой ужасных существ, трое Черепашек и Ренет обращаются за помощью к молодому доктору Виктору Франкенштейну и его помощнику Игорю.

Пока Донни и Игорь помогают Виктору с его экспериментом, а остальная часть команды занимается зомби и новыми вампирами в Нью-Йорке, Лео ведет Майки и Ренет на опасную охоту, чтобы освободить и вылечить Рафа от зависимости Дракулы. Им нужно сделать это прежде, чем они вернутся домой в свое время, а город будет уничтожен эпидемией зомби.

Когда в измерении м/с 2012 появляются Шреддер и Кренг из 80-х, они привлекают на свою сторону Бибопа и Рокстеди, что дает возможность их планам осуществляться гораздо лучше.

Черепашкам приходится тренировать своих собратьев из 80-х годов, чтобы остановить наибольшую угрозу из всех, с чем они когда-либо сталкивались.

Черепашки заручаются поддержкой Мутанималов, чтобы остановить Бибопа и Рокстеди.