Die Erde in einer nahen Zukunft: Nach einem jahrzehntelangen Krieg zwischen Aliens und Menschen, der den ehemals blauen Planeten fast zerstört hat, müssen beide Seiten lernen miteinander zu leben. Der Ex-Soldat Jeb Nolan strandet gemeinsam mit seiner Ziehtochter Irisa, einer Irathien, in Defiance. Dort haben Menschen und verschiedene Alien-Rassen auf den Trümmern des ehemaligen St Louis gemeinsam eine Flüchtlingsstadt errichtet. Schnell zeigt sich, dass das Zusammenleben alles andere als einfach ist …

Birch, der mit Ex-Bürgermeisterin Nicky unter einer Decke steckt, weckt Ben aus seinem Koma auf und zwingt ihn dazu, mit seiner Mission fortzufahren. Ben kehrt zur Mine zurück, wo er eine Bombe bauen möchte. Doch dafür reicht sein Gulanit nicht aus. Unterdessen wird Elah Bandik beschuldigt, sich während des Angriffs der Volgen feige verhalten zu haben. Um seine Ehre wiederherzustellen, stimmt er einem Reinigungsritus zu, der aussieht wie eine Folter. Amanda verhindert, dass Nolan eingreift, denn es gibt ein Überkommen, wonach es jeder Volksgruppe freisteht, ihre alten Riten zu pflegen. Rafes Tochter Christie will Alak Tarr heiraten, was diesem gar nicht gefällt. Doch die Braut lässt sich nicht erweichen.

Bei der Untersuchung von zwei brutalen Hellbug-Attacken erkennen Nolan und Irisa, dass die Angriffe mit einer Irathien-Gang zusammenhängen. Die sind Spirit Riders und halten sich erst seit kurzem in der Stadt auf. Unterdessen wird Irisa von merkwürdigen Visionen heimgesucht.

Kenya wird entführt, als sie zufällig auf einen Drogenring der Votans stößt, der mit menschlichem Adrenalin handelt. Um es zu gewinnen, erschrecken sie ihre Opfer buchstäblich zu Tode. Rafe erfährt, dass sein toter Sohn Luke scheinbar an mysteriösen Vorgängen in den Minen beteiligt war. Er vertraut sich Quentin an, um der Sache auf den Grund zu gehen.

Amanda und Nolan begleiten einen Transport, der quer durch die Badlands führt. Als sie überfallen werden, müssen sie gemeinsam gegen die Banditen kämpfen und erleben hierbei eine unerfreuliche Überraschung.

Währendessen glaubt Irisa jemanden aus ihrer traumatisierenden Vergangenheit wiederzuerkennen...

Ein alter Kriegskamerad von Nolan kommt nach Defiance. Er ist Kopfgeldjäger und hinter einem berüchtigten Waffenhändler her. Dieser wird inzwischen zu einer echten Gefahr für die Stadt: Er treibt in den Hollows sein Unwesen und zwingt Datak dazu, ihn zu verstecken.

Als ein tödlicher Sturm mit rasiermesserscharfen Stahlstücken über Defiance zieht, müssen sich die Bewohner in Sicherheit bringen und in ihren Häusern ausharren. Dort entdecken sie Wahrheiten über sich selbst und ihre Nachbarn. Irisas Visionen führen sie zu Sukar und den Spirit Riders. Doch als sie in deren Camp kommt, entdeckt sie, dass er unter dem Einfluss mysteriöser Kräfte steht.

Nach dem Stahlhagel und dem darauf folgenden Archenfall entdecken Nolan und Tommy einen amerikanischen Astronauten, der die letzten Jahrzehnte im Hyperschlaf verbracht hat. Als sie dem Mysterium seiner Vergangenheit auf dem Grund gehen, stoßen Nolan, Yewll und Rafe auf bizarre biologische Experimente während des Kriegs. In der Zwischenzeit bekommt Amanda ein Angebot für die Republik Erde zu arbeiten und die Möglichkeit eine alte Liebe wieder aufleben zu lassen.

Eine mysteriöse Seuche grassiert in Defiance, die zwar von Irathiern eingeschleppt wurde, aber an der nur Menschen erkranken. Angst und Paranoia führen dazu, dass die Irathier in Quarantäne müssen und in die Minen geschickt werden. Datak nutzt die Seuche um die Macht über die Stadt zu ergreifen. Währenddessen knüpft Amanda an eine alte Liebe von der Republik Erde an und Quentin McCawley fragt Ex-Bürgermeisterin Nicky, was wirklich mit seiner Mutter passierte

Am Vorabend der Wahlen wird Nolan in einen Unfall verwickelt, der bei Defiance Bewohnern Zweifel über Amandas Entscheidung, Nolan zum Lawkeeper zu ernennen, aufkommen lässt. Damit ist Amandas eigene Wiederwahl zur Bürgermeisterin gefährdet.

Am Tag der Bürgermeisterwahl liefern sich Amanda und Datak einen erbitterten Kampf. Nolan wird auf brutale Weise mit seiner Vergangenheit konfrontiert und Irisa muss sich entscheiden ob sie ihr Schicksal annimmt oder nicht