Die Erde in einer nahen Zukunft: Nach einem jahrzehntelangen Krieg zwischen Aliens und Menschen, der den ehemals blauen Planeten fast zerstört hat, müssen beide Seiten lernen miteinander zu leben. Der Ex-Soldat Jeb Nolan strandet gemeinsam mit seiner Ziehtochter Irisa, einer Irathien, in Defiance. Dort haben Menschen und verschiedene Alien-Rassen auf den Trümmern des ehemaligen St Louis gemeinsam eine Flüchtlingsstadt errichtet. Schnell zeigt sich, dass das Zusammenleben alles andere als einfach ist …

Birch, der mit Ex-Bürgermeisterin Nicky unter einer Decke steckt, weckt Ben aus seinem Koma auf und zwingt ihn dazu, mit seiner Mission fortzufahren. Ben kehrt zur Mine zurück, wo er eine Bombe bauen möchte. Doch dafür reicht sein Gulanit nicht aus. Unterdessen wird Elah Bandik beschuldigt, sich während des Angriffs der Volgen feige verhalten zu haben. Um seine Ehre wiederherzustellen, stimmt er einem Reinigungsritus zu, der aussieht wie eine Folter. Amanda verhindert, dass Nolan eingreift, denn es gibt ein Überkommen, wonach es jeder Volksgruppe freisteht, ihre alten Riten zu pflegen. Rafes Tochter Christie will Alak Tarr heiraten, was diesem gar nicht gefällt. Doch die Braut lässt sich nicht erweichen.

Bei der Untersuchung von zwei brutalen Hellbug-Attacken erkennen Nolan und Irisa, dass die Angriffe mit einer Irathien-Gang zusammenhängen. Die sind Spirit Riders und halten sich erst seit kurzem in der Stadt auf. Unterdessen wird Irisa von merkwürdigen Visionen heimgesucht.

Kenya wird entführt, als sie zufällig auf einen Drogenring der Votans stößt, der mit menschlichem Adrenalin handelt. Um es zu gewinnen, erschrecken sie ihre Opfer buchstäblich zu Tode. Rafe erfährt, dass sein toter Sohn Luke scheinbar an mysteriösen Vorgängen in den Minen beteiligt war. Er vertraut sich Quentin an, um der Sache auf den Grund zu gehen.

Amanda und Nolan begleiten einen Transport, der quer durch die Badlands führt. Als sie überfallen werden, müssen sie gemeinsam gegen die Banditen kämpfen und erleben hierbei eine unerfreuliche Überraschung.

Währendessen glaubt Irisa jemanden aus ihrer traumatisierenden Vergangenheit wiederzuerkennen...

Ein alter Kriegskamerad von Nolan kommt nach Defiance. Er ist Kopfgeldjäger und hinter einem berüchtigten Waffenhändler her. Dieser wird inzwischen zu einer echten Gefahr für die Stadt: Er treibt in den Hollows sein Unwesen und zwingt Datak dazu, ihn zu verstecken.

Als ein tödlicher Sturm mit rasiermesserscharfen Stahlstücken über Defiance zieht, müssen sich die Bewohner in Sicherheit bringen und in ihren Häusern ausharren. Dort entdecken sie Wahrheiten über sich selbst und ihre Nachbarn. Irisas Visionen führen sie zu Sukar und den Spirit Riders. Doch als sie in deren Camp kommt, entdeckt sie, dass er unter dem Einfluss mysteriöser Kräfte steht.

Nach dem Stahlhagel und dem darauf folgenden Archenfall entdecken Nolan und Tommy einen amerikanischen Astronauten, der die letzten Jahrzehnte im Hyperschlaf verbracht hat. Als sie dem Mysterium seiner Vergangenheit auf dem Grund gehen, stoßen Nolan, Yewll und Rafe auf bizarre biologische Experimente während des Kriegs. In der Zwischenzeit bekommt Amanda ein Angebot für die Republik Erde zu arbeiten und die Möglichkeit eine alte Liebe wieder aufleben zu lassen.

Eine mysteriöse Seuche grassiert in Defiance, die zwar von Irathiern eingeschleppt wurde, aber an der nur Menschen erkranken. Angst und Paranoia führen dazu, dass die Irathier in Quarantäne müssen und in die Minen geschickt werden. Datak nutzt die Seuche um die Macht über die Stadt zu ergreifen. Währenddessen knüpft Amanda an eine alte Liebe von der Republik Erde an und Quentin McCawley fragt Ex-Bürgermeisterin Nicky, was wirklich mit seiner Mutter passierte

Ganz Defiance ist schockiert, als die Leiche des bekannten Geschäftsmanns Hunter Bell, der vor beinahe sechs Jahren verschwand, im NeedWant gefunden wird. Nolan und Tommy leiten die Ermittlungen, die einige Geheimnisse der Bewohner von Defiance lüften. Das sorgt am Vorabend von Alaks und Chrisities Hochzeit für Unruhe in der Stadt …

Am Vorabend der Wahlen wird Nolan in einen Unfall verwickelt, der bei Defiance Bewohnern Zweifel über Amandas Entscheidung, Nolan zum Lawkeeper zu ernennen, aufkommen lässt. Damit ist Amandas eigene Wiederwahl zur Bürgermeisterin gefährdet.

Am Tag der Bürgermeisterwahl liefern sich Amanda und Datak einen erbitterten Kampf. Nolan wird auf brutale Weise mit seiner Vergangenheit konfrontiert und Irisa muss sich entscheiden ob sie ihr Schicksal annimmt oder nicht

Nolan sucht verzweifelt nach Irisa. Er gelangt an nützliche Informationen, die ihn nach Los Angeles führen. In der Zwischenzeit wurde der charmante, berechnende und ambitionierte Pottinger als Bürgermeister eingesetzt. Amanda versucht weiterhin Kenyas Tod zu verarbeiten und Doc Yewll und Datak arbeiten überraschender Weise zusammen. Stahma ist besorgt darüber, dass Alak nicht skrupellos genug ist, um Dataks Geschäfte zu übernehmen.

Als Irisa nach Defiance zurückkehrt, wird sie verhaftet. Doch Pottinger bietet Nolan an sie freigelassen. Im Gegenzug soll Nolan die Verantwortlichen für eine Explosion finden, die Pottinger fast umgebracht hat. Um an weitere Informationen über Irisa zu gelangen, verhört Pottinger Doc Ywell. Trotz Dataks Bemühungen sich mit dem Bürgermeister gut zu stellen, lässt Pottinger ihn und Doc Ywell nicht frei. Das nutzt Stahma, um weiterhin das kriminelle Familiengeschäft zu kontrollieren.

Irisas Blackouts verschlimmern sich und treiben einen Keil zwischen sie und den besorgten Nolan. Während der zunehmend misstrauische Datak nach wie vor im Gefängis sitzt, floriert das Familiengeschäft der Tarrs unter Stahmas Führung. Doch die Zeichen stehen nicht gut für sie, denn Pottinger organisiert überraschend Dataks und Doc Yewlls Entlassung aus dem Gefängnis.

Nach einem brutalen Angriff im Ödland befiehlt der aufgewühlte Pottinger Nolan, die Verantwortlichen zur Strecke zu bringen. Als einer von Rafes Minenarbeitern in die darauffolgende Jagd verwickelt wird, eskaliert die Situation. In der Zwischenzeit versucht Datak mit allen Mitteln die Kontrolle über das kriminelle Familiengeschäft zurückzugewinnen.

Ein Stalker terrorisiert Amanda, doch der wahre Grund dafür betrifft nicht nur sie, sondern hat auch für Pottinger und Doc Yewll weitreichende Folgen. Unterdessen versucht Datak mit Gewalt seinen Platz in der Tarr-Familie zurückzubekommen, was Christie überhaupt nicht gefällt.

Nach einem Archenfall beauftragt Pottinger Nolan, die Bergungsarbeiten zu leiten. Doch er verfolgt dabei eigene Ziele, die das Team in Gefahr bringen, als sie es mit einer bisher unbekannten Alienrasse zu tun bekommen. Unterdessen treibt Stahma, die von den Kirchenältesten für ihre zunehmende Emanzipierung zurechtgewiesen wird, erschreckende Machtspiele. Irisa dagegen beginnt, Tommy ihre Geheimnisse anzuvertrauen.

Als Datak ein grotesker Mord angehängt wird, geht er eine überraschende Allianz ein. In der Zwischenzeit erfährt Irisa mehr über ihr Schicksal, nachdem sie einem geheimnisvollen Fremden begegnet.

Amanda ist überwältigt als sie erfährt, dass ihre Schwester Kenya noch am Leben ist. Unterdessen verhört Nolan einen mutmaßlichen Spion des Votanis-Kollektivs, um einen Terroranschlag auf New York zu verhindern.

Nach Kenya’s unerwarteter Rückkehr steht Defiance noch immer unter Schock. Während Stahma versucht, damit zurechtzukommen, ist Doc Yewell vollauf damit beschäftigt, ihr eigenes dunkles Geheimnis zu schützen.

Nach einem Einsturz sind Amanda und Pottinger in einer Mine gefangen und die Bergungsarbeiten werden für Nolan und Rave zu einem Wettlauf gegen die Zeit.

Ein schrecklicher Mord erschüttert ganz Defiance. Amanda sieht sich gezwungen, die Ermittlungen zu übernehmen, denn Nolan sucht noch immer nach Irisa.

Irisas Fähigkeiten wachsen und Nolan muss sich beeilen, um Tommys Leben zu retten und ihren verheerenden Plan zu verhindern. Amanda erfährt unterdessen in der Stadt die schreckliche Wahrheit über den Mord an ihrer Schwester, was zum Showdown zwischen ihr und Stahma führt.

Die übernatürlichen Kräfte der Kaziri übernehmen die Kontrolle über Irisa. Ihre zerstörerischen Pläne machen Sie zum Staatsfeind Nummer eins und zwingen Nolan in einen tödlichen Wettlauf gegen die Zeit, denn sie gefährden die Zukunft der ganzen Welt. Um Irisas Leben zu retten, muss Nolan deshalb nicht nur gegen die Republik Erde, sondern auch gegen seine eigenen Freunde kämpfen.

Joshua Nolan und Irisa konnten gerade noch rechtzeitig aus ihrer unterirdischen Gefangenschaft befreit werden, um herauszufinden, dass feindliche Truppen in Richtung Stadt marschieren.

Nolan und Irisa müssen eine mysteriöse Alien-Rasse, die so genannten „Omec“, unterstützen, um eine diplomatische Krise zu überwinden, die zur Zerstörung der Stadt führen könnte.

Bürgermeisterin Amanda Rosewater verhandelt mit den Omec über die Zukunft der Stadt Defiance. Währenddessen kehren die Tarrs zurück und sehen sich vor die Entscheidung gestellt, wem gegenüber sie loyal sein wollen: Den Menschen, den Omec oder dem Votanis-Kollektiv.

Jessica „Berlin“ Rainer untersucht einen Bombenanschlag, den das Votanis-Kollektiv im Zentrum von Defiance verübt hat. Währenddessen nimmt Stahmas geheim gehaltenes Verhältnis mit T’evgin, dem mysteriösen Omec-Anführer, eine überraschende Wendung.

Amanda und Doc Yewll müssen die Hilfe der Omec in Anspruch nehmen, während Datak und Stahma den entscheidenden Schritt gegen General Rahm Tak vom Votanis-Kollektiv in die Wege leiten.

Joshua Nolan und Jessica „Berlin“ Rainer verfolgen die Tarrs, nachdem deren Verbindungen zum Votanis-Kollektiv aufgedeckt wurden. Derweil sieht Alak Tarr seiner Zukunft als Vater ins Auge.

Ein Waffenhändler auf der Durchreise sorgt für etwas Unruhe, was zur Folge hat, dass es zwischen Amanda, Nolan und Berlin zu Uneinigkeit kommt. Während Nolan Probleme hat, die Miliz auf die Beine zu stellen, sorgt Stahmas Anwesenheit andernorts für etwas Ärger. Datak und Alak machen derweil eine lehrreiche Erfahrung.

Defiance wird belagert, also müssen Nolan, Amanda, Irisa und die gesamte Miliz die Stadt bis aufs Blut gegen das Votanis-Kollektiv verteidigen. Datak erinnert sich unterdessen an die harten Lehrstunden seines Vaters und trifft dann eine wichtige Entscheidung, während sich Stahma auf eine unerwartete Reise begibt.

Nach einem brutalen Mord suchen Nolan und Irisa nach dem ungewöhnlichen Biest. Doc Ywell untersucht indes das Opfer, während Amanda den Neuankömmling Stahma nicht willkommen heißen will. T'evgin findet unterdessen etwas über seine Tochter heraus.

Amanda heißt eine Delegation des Votanic Collective in Defiance willkommen. Unterdessen wird die Loyalität von Stahma auf eine harte Probe gestellt. T'evgin arbeitet indes daran, sich an das Leben auf der Erde zu gewöhnen.

Kindzi befreit Nolan aus den Fängen der VC, während sie ihn nach Südamerika transportieren, um dort ein Gerichtsverfahren abzuhalten, statt ihn in den Händen der Feinde sterben zu lassen.

Nolan, Amanda und Irisa suchen nach einem Weg, den unverwundbaren Kindzi vom Aufwachen abzuhalten und bringen mehr Omec auf die Erde. Datak scheint aus dem tödlichen Compound zu entkommen. Stahma fleht Alak um Vergebung an, bevor es zu spät ist.

Während Omec die Bürger von Defiance jagt, unternehmen Nolan, Amanda und die anderen eine Selbstmordmission um die Bedrohung ein für alle mal auszuschalten.