La Destiny è ancora sotto il controllo dell'Alleanza Lucian, Telford e TJ son feriti e Kiva è moribonda. Scott e Greer riescono a proteggersi dalle radiazioni della pulsar rifugiandosi nel lato opposto della nave e si ricongiungono con Eli, si accorgono così che Chloe sta miracolosamente guarendo dalla ferita. Rush e Brody ragguagliano Eli e Chloe sui nuovi sviluppi.

Con i prigionieri Lucian a bordo le scorte diminuiscono velocemente e Rush, che tiene ancora nascosta la sua conoscenza dei segreti della Destiny, fa uscire la nave dall’iperspazio nei pressi di un pianeta abitabile per fare scorte di generi alimentari adducendo scuse secondo cui i motori FTL sono rimasti danneggiati dalla pulsar.

La Destiny esce dall’FTL in rotta di collisione con una nave simile che però si aggancia automaticamente ad essa iniziando il trasferimento di grandi quantità di dati, dai quali Eli scopre che la nave è una disseminatrice di stargate e Rush che ha abbastanza energia da comporre l’indirizzo della Terra e mandare a casa l'equipaggio.

La mamma di Eli è malata, e questi deve correre sulla terra per vederla e si rende conto che lei non starà meglio finché non saprà che lui sta bene. Chloe incomincia a comportarsi in modo strano e viene trovata in stato confusionale in una delle stive, l’equipaggio comincia a pensare che gli alieni che l’avevano rapita l'hanno manipolata geneticamente.

La squadra si trova su un pianeta per fare scorte ma Matt viene infettato da un fungo alieno che gli provoca allucinazioni.

Il Colonnello Young fa dei sogni molto realistici che inscenano diversi modi in cui la nave viene distrutta dagli alieni, in seguito si scopre che ciò fa parte di un programma della stessa nave che influisce sul subconscio facendogli varie simulazioni di battaglia contro gli alieni.

La Destiny incontra sulla sua rotta una nave aliena alla deriva. Il colonnello Young e Rush salgono a bordo e, durante la loro esplorazione, i motori si accendono per pochi secondi allontanando la nave dalla Destiny.

Simeon riesce a fuggire dalla Destiny dopo aver ucciso la dottoressa Perry nel corpo di Ginn che muore a sua volta sulla terra. Young invia Matt e Greer con l'ordine di prenderlo vivo per costringerlo a rivelare il piano di attacco dell'Alleanza Lucian.

Il gruppo che tempo prima era rimasto sul pianeta con l'obelisco, costruito dagli alieni, riappare improvvisamente a bordo dello shuttle danneggiato che era rimasto sul pianeta.

Uscita dell'FTL la Destiny si imbatte nei resti un di gigantesco campo di battaglia tra due civiltà aliene. Scoperta una nave che all'apparenza sembra sufficientemente intatta, il colonnello Young decide di inviare una spedizione esplorativa.

Nonostante l'aiuto degli Ursini (gli alieni amici di Telford) la Destiny viene ritrovata dai droni che altro non sono che piccole navi automatizzate programmate per attaccare e distruggere qualsiasi civiltà diversa da quella dei loro costruttori.

Eli pensa di poter sfruttare l'energia sufficiente per connettere lo Stargate con la Terra mentre la Destiny attraversa una stella per ricaricarsi.

La Destiny deve ospitare una senatrice degli Stati Uniti e uno scienziato che dovrà esaminare i dati della scoperta effettuata dal dottor Rush in merito alla vera missione della nave.

Durante uno scambio con le pietre di comunicazione qualcosa va storto e il corpo di Chloe viene occupato dalla personalità di Ginn.

Siccome per potersi connettere tramite lo Stargate con la Destiny occorre un'ingentissima quantità di energia, e questa è possibile averla solo con il naquadria, il Comando Stargate cerca di convincere i governanti del pianeta Langara affinché permettano l'uso dei loro impianti.

Mentre stanno esplorando un pianeta alieno, il team della Destiny entra in conflitto con una creatura che rapisce due membri dell'equipaggio.

Una colonia di umani su un pianeta dichiara di essere la discendenza dell'equipaggio della Destiny, arrivato sul pianeta 2000 anni prima.

L'equipaggio della Destiny cerca di aiutare la civiltà di un pianeta abitato che si trova sul crollo di un cataclisma sismico.

La nave dei droni blocca ancora una volta l'accesso della Destiny a fonti di energia, costringendo l'equipaggio a mettersi a rischio ancora una volta volando attraverso una stella.

Le navi dei droni riescono ancora una volta a mettere i bastoni tra le ruote all'equipaggio della Destiny che stavolta deve trovare un metodo per sfuggire ai loro nemici una volta per tutte.