La segunda temporada de Stargate Universe comenzó el 28 de septiembre de 2010 y finalizó el 9 de mayo de 2011 con un total de 20 episodios.

The Destiny continues its journey through the Universe, while its crew suffers from a lack of supplies and no knowledge of its final destination. Struggling to control the ships systems, tempers and personalities of the crew clash. Facing uncharted space and enemies who would take the ship by force, the Destiny crew persevere in their struggle to stay alive and find a way home.

A Stargate Universe a 2006-ban véget ért Csillagkapu testvérsorozata. Az új sorozat ugyanazokkal a szereplőkkel folytatja a különleges lényeket és rejtélyeket felvonultató, bolygókon átívelő, izgalmas történet szálait. A Stargate Universe cselekménye a szupertitkos Icarus kutatóbázison kezdődik, ahol egy katonákból, tudósokból és civilekből álló legénység a bolygók közötti átjárásra alkalmas csillagkapuk eddig fel nem tört tárcsázási lehetőségeit kutatja. Miután pusztító támadás éri a bázist, a csapat a helyi csillagkapun át kénytelen elmenekülni. Egy már kihalt, magasan fejlett faj, az Ősök által készített, üres hajó, a Destiny fedélzetén találják magukat, ami a Földtől több száz galaxisnyi távolságra lévő pályán kering bezárva és a napból meríti az energiáját. Élelem, víz és levegő híján szinte reménytelennek tűnik a túlélés, főleg, hogy a csapat a hajó vezérlését sem ismeri. Ha életben akarnak maradni, valahogy fel kell törniük a hajó csillagkapujának a titkát. A számos kaland, veszély és remény közepette, ami a Destiny fedélzetén vár rájuk, kiderül, hogy kik a hősök közöttük és kik a gonoszak.