Luciánská aliancie stále drží kontrolu na palube Destiny. Plukovník Young je však odhodlaný loď dobyť späť. Poverí tím, ktorý vedie poručík Scott, aby vymysleli, ako prevziať kontrolu nad palubným počítačom. Keď sa tak udeje, tak jeden z nepriateľov menom Varro presviedča plukovníka Younga, aby zvyšných členov Luciánskej aliancie ušetril. Ten súhlasí a posiela na Zem pre skúsených doktorov, aby ošetrili ranených. Čoskoro sa na lodi zapína odpočet pred skokom do hyperpriestoru. Medzitým sa Tamara preberá na neznámej planéte s narodenou dcérou.

Plukovník Young a doktor Rush sú späť vo velení Destiny a zostávajúci členovia Luciánské aliancie sú držaní vo väzbe. Síce sa nezdá žeby chceli moc spolupracovať, ale problémy zatiaľ nerobia. Ďaleko väčším problémom je nedostatok potravín a zásob pitnej vody. Rush teraz ovláda kompletne celú loď a všetky jej systémy. Môže tak dostať Destiny z hyperpriestoru, aby mohli byť preskúmané najbližšie planéty kvôli potravinám. Avšak pri expedícii na jednej z planét dochádza ku katastrofe, čo vyústi v smrť jedného člena posádky.

Pri výstupe z hyperpriestoru nachádza Destiny a jej posádka neznámu antickú loď. Rozhodnú sa, že sa s loďou spoja a stiahnu jej lodné dáta. Keď tak urobia, tak zisťujú, že je to rozsievacia loď hviezdnych brán. Problém nastáva vo chvíli, keď tá loď začne z Destiny odčerpávať energiu. Medzitým plukovník Young prepúšťa členov Luciánské aliancie, ktorí sú stále pod dohľadom. Ale nie všetci sú problémoví, tak ako Simeon.

Eli ponáhľa na Zem pomocou komunikačných kameňov po tom, čo dostal správu, že jeho matka bola hospitalizovaná v kritickom stave. Zjavne prestala brať svoje lieky z depresie, že so svojím synom už dlhšiu dobu v spojení. Tak sa Eli musí rozhodnúť, či jej povie pravdu. Na Zem sa dostáva aj Camile Wrayová, ktorá navštevuje svoju priateľku. Čoskoro ale zisťuje, že s ňou nie je všetko v poriadku. Súčasne na palube Destiny si všetci musia zvykať na nových členov posádky z radov Luciánské aliancie.

Počas expedície na jednej planéte je poručík Scott infikovaný neznámou infekciou, ktorá sa šíri po jeho ľavej ruke. TJ skúša všetko, aby infekciu zastavila, ale nedarí sa. Poručíkovi tak hrozí, že o ruku príde. Plukovník Young im zakazuje vrátiť sa na palubu Destiny, aby sa infekcia nešírila ďalej medzi posádku. Počas infekcie začína poručík blúzniť a má halucinácie, pri ktorých sa vracia do Cloverdalu, kde je ženatý s Chloe. Súčasne na planéte čelí skupina novému ohrozeniu vďaka rastlinám, ktoré sa zdajú byť agresívnejší, než sa pôvodne zdalo.

Keď sa plukovník Young vracia zo Zeme, kde pomocou komunikačných kameňov hovoril so svojou ženou, je trochu mimo seba, pretože sa chce jeho žena nechať rozviesť. Z tejto situácie sa snaží vyspať a oddýchnuť, čo mu ale nedovolia jeho sny, kde je Destiny ohrozovaná mimozemskou rasou Nakaiov, ktorí chcú Chloe naspäť. Medzitým sa Eli zoznamuje s jednou členkou Luciánské aliancie, v ktorej nachádza spriaznenú dušu.

Doktor Rush necháva Destiny vystúpiť z hyperpriestoru. Neďaleko sa nachádza stroskotaná a skoro zničená loď, pri ktorej Rush zastane. Posádka ho podozrieva, že Rush nehovorí celú pravdu. Na neznámu loď sa vydáva doktor Rush a plukovník Young, aby zistili, či je funkčná alebo či sa dá opraviť. Keď nahodia motory, vzdialia sa od Destiny tak ďaleko, že je skoro nemožné sa k nej vrátiť. Rush v snahe zachrániť jeho a ostatných musí svojej kolegyni Amande Perryovej prezradiť, kde sa nachádza kontrolná miestnosť, o ktorej vie len on.

Simeon zabíja jednu členku aliancie, ktorá bola súčasne spojená s doktorkou Katy Perryovou pomocou komunikačných kameňov. Súčasne si berie Lisu Parkovú za rukojemníka, aby sa mohol pomocou brány dostať na neďalekú planétu. Rozzúrený doktor Rush je odhodlaný vydať sa ho hľadať. Neskôr sa k nemu pripoja aj poručík Scott a seržant Greer. Medzitým na palube Destiny musí Eli prísť na to, ako spomaliť odpočet pred skokom do hyperpriestoru, aby sa tím mohol bezpečne vrátiť na loď.

Destiny spozoruje počas cesty nejakú energetickú stopu, ktorá by mohla naznačovať existenciu vyspelej rasy. Avšak nachádzajú len pozostatky z epické bitky, ktorá sa tu kedysi odohrala. Plukovník Young zostavuje tím, ktorý má za úlohu jednu z lodí preskúmať na účely bližšieho poznania ich technológie. Nebezpečná situácia nastáva vo chvíli, keď sa hromada dronov prebúdza zo spánku a zaútočí na Destiny. Posádka sa tak prvýkrát zoznamuje s novým typom technológie podobnej replikátorom.

Keď Destiny vystupuje z hyperpriestoru, je opäť napadnutá materskou loďou. Eli navrhuje plán, kedy by narušili ich komunikačný systém, čo by ich mohlo vyradiť z boja a posádke dať potrebný čas na opravy Destiny, ktoré zaberú niekoľko hodín. Medzitým Chloe uteká z pazúrov svojich väzniteľov a vysiela do vesmíru signál pre pomoc.

Destiny sa v súčasnej dobe nachádza vo veľmi žalostnom stave vďaka predchádzajúcim bitkám s Dronmi. Eli prichádza s plánom, ktorý vymysleli s Ginn. Keď bude Destiny prelietavať hviezdou, bude mať dostatok energie na vytočenie Zeme. Nápadom je nadšený plukovník Telford, ale doktor Rush je až príliš pesimistický, pretože existuje až príliš veľa anomálií, ktoré by daný plán prekazili. Rush má teda príhovor k posádke o ich misii a dúfa, že presvedčí nejakých dobrovoľníkov, ktorí by v tejto misii pokračovali.

Keď sa Camile Wrayová a seržant Greer vracajú na Zem pomocou komunikačných kameňov zisťujú, že časť vysoko postavených členov vlády spolupracuje s Luciánskou alianciou, ktorá plánuje v najbližšej dobe útok na Zem. Práve v tom čase sú obaja uväznený v štátnej budove, kde vybuchla bomba a vyskytuje sa tam vysoký stupeň radiácie. Medzitým sa na palubu Destiny dostávajú doktor Covel a senátor Michaels, ktorí sa snažia vládu viac zainteresovať do operácie Icarus.

Je to už šesť dní, odkedy posádka Destiny stratila kontakt so Zemou a vôbec netuší, či bol Washington zničený po útoku Luciánské aliancie alebo nie. Ich jediná šanca je komunikácia pomocou mimozemských kameňov. Dokonca sa pri nich aj striedajú smeny. Keď je tam Chloe, tak nadviaže spojenie. Nie však s nikým zo Zeme, ale s Ginn, ktorá bola pred nedávnom zabitá členom Luciánské aliancie Simeonom.

Ľudia z veliteľstva Hviezdnej brány na čele s Richardom Woolseym sa pokúšajú presvedčiť spojencov na planéte bohatej na naquadrium, aby povolili pokus otvoriť červiu dieru na Destiny. Majú ale podozrenie, že je planéta infiltrovaná Alianciou. Medzitým Dr. Rush rieši dilemu, spočívajúcu v nemožnosti fyzického kontaktu s doktorkou Katy Perryovou, ktorej vedomie je nahrané v systémoch lodi.

Počas prieskumu planéty sa tím ocitá pod útokom a desiatnik Reynolds a TJ sú zajatí mimozemským tvorom. Varro a zvyšok ľudí z Luciánské aliancie ponúknu pomoc pri stopovaní tohto cudzieho tvora. Medzitým Eli a Brody už majú dosť toho, ako o všetkom rozhoduje Rush, a tak sa rozhodnú ho neposlúchnuť. Cez jeho zákaz začnú preskúmavať miestnosť so stázovými komorami, čo sa nezaobíde bez následkov...

Destiny je opäť pod paľbou dronov. Nikto netuší, ako ich mohla materská loď tak rýchlo lokalizovať. Po každom takomto útoku je loď slabšia a slabšia. Preto je vyslaný jeden tím na planétu, kde by mohli nájsť potrebné vybavenie. Na prekvapenie všetkých stretávajú ľudskú rasu. Ich zástupcovia tvrdia, že sú potomkami expedície, ktorá bola vďaka červej diere poslaná o 2000 rokov späť v čase na inú planétu. Keď je Destiny napadnutá, rozhodnú sa ich vziať so sebou na palubu.

Z Destiny je vyslaný raketoplán so skupinou, ktorá má za úlohu zistiť, čo sa stalo na planéte Novus. Pri hľadaní nájdu prastarú knižnicu vo starodávnych ruinách. Knižnica opisuje celú históriu kolonistov od doby, kedy tam prišli. Ale pomaly zisťujú, že niečo na ich príbehu nesedí. S výskumom si budú musieť poponáhľať, lebo planétu sužujú zemetrasenia, čo len zvyšuje jej nestabilitu, ktorá by mohla spôsobiť zničenie celej planéty.

Destiny potrebuje akútne doplniť palivové články. Ale pri každom výstupe z hyperpriestoru na nich čakajú Drony. Stále nie je celkom jasné, ako zisťujú ich polohu. Avšak posádka má ešte jeden pokus, než im úplne dôjde energia. Eli navrhuje plán, ktorý zahŕňa prelet modrým obrom. Plukovník Young súhlasí, ale nechá väčšinu posádky evakuovať na blízku planétu. Vybraná skupina zložená z doktora Rusha, Elie a Lisy Parkovej sa pokúsi preletieť hviezdou v snahe doplniť energiu a zbaviť sa nepriateľov.

Eli a doktor Rush prichádzajú na spôsob, ako lokalizovať materskú loď dronov za pomoci diaľkových senzorov Destiny. Jediný problém je v tom, že Drony na nich čakajú na každej možnej zastávke, ktorú na svojej ceste urobia. Zároveň si uvedomujú, že s nimi nemôžu bojovať zakaždým, keď vystúpia z hyperpriestoru. Eli navrhuje možnosť letieť do vzdialenej galaxie, pričom by drvivá väčšina posádky bola v stázových komorách, ktoré sa na Destiny nachádzajú.