Scott hadnagy és Greer őrmester életük kockáztatása árán megjavították a Végzet pajzsát, és az eltűnt Eli és Chloé is előkerült. Észreveszik, hogy Chloé súlyos sebe érthetetlen módon, rohamosan gyógyul. A harc folytatódik a Destiny irányításáért a földiek és a Lucian-szövetség között. A győzelemre - vagy a kiegyezésre - egyik félnek sincs túl sok ideje, mivel a kvazár nagyenergiájú sugárzása vészesen emészti fel a hajó védőpajzsát. A bizalmatlanság azonban gátolja a kiegyezést. Kiwa halálával a szövetségiek vezetése egy brutális és egyezkedésre nem hajlandó parancsnok kezébe kerül, akit végül saját tudósnője, Ginn lő le, a támadók pedig megadják magukat Dr. Rushnak, akinek köszönhetően a földiek sokkal előnyösebb helyzetbe kerültek, mint ellenfeleik.

A csapat néhány tagja lezuhan a siklóval egy idegen bolygón és csak egyetlen módja van a visszajutásnak. Dr. Rush rájön, hogyan irányítsa a hajót (legalább is fénysebesség alatt), de úgy dönt, egyelőre nem árulja el senkinek. Ez nem segít a bolygón rekedt Young-on, aki, mikor a többiek nem látják, puszta kezével fojtja meg a súlyos sérülése miatt lassú halálra ítélt tisztjét, H. Riley-t annak saját kérésére. Közben a Lucian szövetség pár foglyul ejtett tagja fokozatos együttműködésbe kezd a legénységgel.

A csapat megtalálja az egyik kaputelepítő hajót, melynek energiáját megcsapolva talán visszajuthatnak a Földre, ám a hazajutási kísérletet a telepítőhajón élőidegenekakadályozzák meg, akiknek szintén szüksége van minden energiára a túléléshez. Az idegenek okosabbnak bizonyulnak, így Rush kénytelen feláldozni és otthagyni Telford ezredest, aki a telepítőhajón küzd velük, hogy megmentse tőlük a Végzet tartalékait.

Chloén a megnövekedett regenerációs képességen túl furcsa jelek mutatkoznak: tudata kikapcsol (mialatt a teste cselekszik, jár-kel, noha látszólag cél nélkül), és hirtelen képes lesz rá, hogy megoldjon olyan egyenleteket, melyekkel Dr. Rush hónapok óta küzd, noha továbbra sem érti őket. A régebbi sebe helyén a bőre fura elváltozásokat mutat. Egyre többen arra gyanakodnak, hogy a nő fokozatosan idegen - vélhetően Nakai - befolyása alá kerül.

Young ezredest folyamatosan rémálmok gyötrik, melyekben a Destiny katasztrofális pusztulását látja egy Nakai támadás során. Az álmok annyira valóságosak és egyúttal kilátástalanok (Young számos szituációt végigél álmában, amelyben elkerülheti a Végzet pusztulását, de csak rosszabbnál rosszabb a végkifejletük, és rájön: csak rosszul dönthet), hogy összeomlik tőlük, és bezárkózik a szobájába. Ismét a hajó próbál fura módon közölni valamit a legénységgel - ám ez lehet teszt, figyelmeztetés, kérés, vagy bármi más is. És az sem lehetetlen, hogy Dr. Rush is befolyással van az eseményekre, hiszen már képes irányítani a hajót. A Végzetnek mindenesetre szüksége van Young irányítására, és Scott vállalja, hogy visszahozza az ezredest a valóságba.

Young és Rush egy az űrben lebegő, az ursinik által elhagyott, és még a Végzetnél is rosszabb állapotban lévő hajót vizsgál át, és egy ott elkövetett hiba miatt távolodni kezdenek a Végzettől, bár távkapcsolatban maradnak. Rush, hogy ne kelljen felfednie, hogy képes a Végzet irányítására, a kövek segítségével a fedélzetre hívatja az egyetlen embert, akiben megbízik: Amanda Perry-t, az ős technológiák egy másik szakértőjét. Perry-nek Rush irányításával sikerül rábírnia a Végzetet, hogy utolérje az idegen járművet, azonban közben Eli és néhány tudós felfedezi, mit titkolnak. Mikor Young értesül róla, dühében ismét csak majdnem megöli Rush-t, aki védekezésképp feltárja a Végzet úti célját, és hogy miért akarta akadályozni, hogy hazatérjenek a Földre.

Ginn-t és a testében lévő Amanda Perry-t, Dr. Rush szerelmét Simeon, a Lucian-szövetség egyik embere, megöli. Simeon egy kietlen bolygóra menekül, Rush pedig utánaered, hogy megölje. Pedig a gyilkos ismeri a szövetség Föld ellen tervezett támadásának részleteit. Simeon több üldözőjét megsebesíti, de a bosszúszomjas Rush utoléri megöli, nem törődve az információkkal.

Néhány ember, akik még az előző galaxis idillikus bolygóján maradtak, váratlanul visszatérnek a hajóra a komppal együtt. Mint kiderül, valójában mindannyian halottak, mert végül halálra fagytak választott otthonukban, de a bolygóépítő idegenek valamennyire helyre tudták állítani őket, és - igaz, csak pár órával - meg tudták hosszabbítani az életüket. De valamennyiüknek újra meg kell halniuk, mégpedig rövid idő alatt. Így is történik.

A Végzet ügyeletes navigátorcsapata ismeretlen, feltehetően intelligens tevékenységből eredő energiajelet észlel, ami néhány nap kitérőt jelentene a hajó pályájától. Dr. Rush nagy meggondolatlanságra készteti a legénységet, s a jel forrásához hajóznak, ami egy kihaltnak tűnő harcmező, tele roncs ursini hajókkal. Hamarosan észreveszik, hogy az ursinikat elpusztító hajók csak készenléti állapotban, mozdulatlanul őrködnek, de, amint egy űrkompos különítmény dokkol az egyik roncsba, elkezdenek feléledni. Automata hadigépezeteknek bizonyulnak, amiket minden idegen űrjármű elpusztítására programoztak - és máris támadnak, szorult helyzetbe hozva a Végzetet, megsértve a fényfeletti hajtóművet. A pusztulástól váratlan segítség menti meg őket: a Telford ezredessel és az ursinikkel a fedélzetén meglepetésszerűen megjelenő telepítőhajó. Young üzletet köt velük: ha a Végzet segít leszámolni a drón vezérhajóval, ami távirányítja az őket támadó flottát, akkor segítenek tárcsázni a Földet. Young valójában szökni akar, de az ursinik számítanak rá, és becsapják, jóval a megbeszélt idő előtt találkoznak a vezérhajóval. A harc elég rosszul alakul a szerves lények számára, így Chloé, aki kezdi teljesen elveszteni önmagát, megszökik, és riadóztatja a nakai üldözőflottát, akik sosem adták fel a Végzet iránti hajszájukat. A nakaiok nagyon hamar érkeznek, de egy kivételével az ő hajóik is elpusztulnak. Végül Eli ötlete menti meg a helyzetet: Dr. Rushsal felfedezik, hogy a Végzet képes pár másodpercre megzavarni a drónok távirányítójeleit. Ez pont elég ahhoz, hogy megsemmisítsék a vezérhajót, és ahogy az ursinik jelezték, a drónok megbénulnak; de mindkét ős hajó és a megmaradt nakai anyahajó is többé-kevésbé megsérül és ideiglenesen mozgásképtelenné válik. Az ursinik ráadásul nagy hibát követnek el: nagyon régóta először kapcsolatba próbálnak lépni a kolóniájukkal, hátha segítséget hívhatnak - de csak egy újabb drón vezérhajó jeleit fogják, ami már útnak is indult feléjük.

Dr. Rush kollégái lázasan folytatják a javításokat, míg Rush és Eli megvizsgálják az egyik béna drón hajót, főleg az iránt érdeklődve, számíthatnak-e rá, hogy felélednek, ha az új vezérhajó megérkezik. Eli azonosítani tudja a drón barát-ellenség megkülönböztető szoftverét, így a saját oldalukra állítják a megbénult ellenséget. Young, Dr. Rush javaslatára, ezúttal a nakaiokkal köt üzletet - vagyis inkább megzsarolja őket: műtéti úton állítsák vissza Chloé emberi formáját; amibe azok belemennek - sejthetően azzal a hátsó szándékkal, hogy közben annyi információt szednek ki Chloé agyából egy homlokra szerelhető neurointerface-szel (ezt korábban is használták Dr. Rushon), amennyit csak tudnak. Chloé és Young is úgy ítéli meg, ez vállalható kockázat. A műtét még tart, amikor megérkezik a (nem túlságosan) várt drón vezérhajó, és egy seregnyi támadó drónt bocsát ki magából. Hamar nyilvánvalóvá válik, hogy a támadás túl erős, és nincs remény a vezérhajó megsemmisítésére, így megy, ki merre lát (illetve tud). Az ursinik, cserébe, hogy csellel belerángattak az embereket ebbe a háborúba, egy Telfordnak sugárzott bocsánatkérés közepette feláldozzák magukat és a végleg ronccsá lett telepítőhajót, hogy időt adjanak a Végzetnek menekülni, sikertelenül próbálva ütközni a vezérhajóval. A nakaiok is úgy döntenek, egyelőre drágább az életük, mint az ősök tudása, és eltűnnek. A Végzet pajzsai és szerkezeti integritása már csak a biztonsági kockázati tartomány alatt léteznek (a térugrás ebben az állapotban már nem javasolt), amikor Scott űrkompja bedokkol Chloéval, és Brody csapata végre üzemkész állapotba helyezi a fényfeletti hajtóművet. Megszökhetnek. Az epizód vége felé többször szembesülhetünk Dr. Rush egy sokkal emberibb arcával, aki, úgy tűnik, eltökélte, hogy ezentúl vagy figyel az emberek érzelmeire, vagy legalábbis úgy tesz.

A drónokkal való háború miatt lassan lakhatatlan állapotba kerül a Végzet, és az ellátmány is kimerül. Amikor Eli azt állítja, hogy megtalálta a módját annak, hogy visszatárcsázzanak a Földre, bár Rush szeretné ezt megtiltani, mert túl kockázatosnak tartja, Young az emberek biztonsága érdekében Telford mellé áll, és megkezdik a kísérlet előkészítését. Hirtelen azonban egy űrkomp adását fogják, pilótája azt állítja, hogy ő Dr. Rush. És valóban annak bizonyul, ráadásul azt állítja, hogy a kísérlet katasztrofális eredménnyel járt: a féregjárat sem volt stabil, így csak Telford érkezett a Földre, Rush kivételével mindenki meghalt, a hajtómű túltöltődött és tönkrement, így a Végzet megkezdte a napba zuhanását, ráadásul időanomália lépett fel, aminek eredményeképp Dr. Rush a hajóval együtt tizenkét órát ment vissza a múltba, ennek eredményeképp viszont figyelmeztetheti őket a veszélyre. Amit mond, igaznak bizonyul, megtalálják a Nap felé sodródó, a jövőből jött másik végzetet. Így a Föld helyett a másik Végzetet tárcsázzák, és alkatrészeket és ellátmányt szereznek. A jövőből jött Rush egy vita során a jövőből jött Végzeten véletlenül megöli az "igazi" Telfordot (bár a Földön ott van a jövőből jött Telford), majd beül az ős-székbe, és elpusztul a jövőből jött Végzettel együtt. Az eredeti legénység viszont alkatrészekhez és munícióhoz jutva, a Földre jutási kísérlet balsikere miatt, folytatja a küldetést.

A Parancsnokság tudósokat küld a végzetre az őskövekkel, akik abban reménykednek, talán segíthetnek Eli-nak és Rushnak biztonságossá tenni az előző epizódban balul sikerült kísérletet. Közben az ő testükben Wray és Greer őrmester csapdába esnek a Parancsnokságon, ami áldozatul esik egy Lucian szövetségi merényletnek. Először bombatámadásnak hiszik, de a két ember rájön, csak a bombát szállító álcázott űrhajó pilótája hibázott és csapódott be, és a fedélzeten lévő bomba még hatástalanításra vár. Varro, a Végzeten lévő egykori szövetségi katona igyekszik segíteni nekik a távolból.

Greer vesedonorrá válik, amikor az egyik tudósnál végstádiumú vesebetegséget diagnosztizálnak. Közben előkerül Ginn és amanda Perry is: mint kiderül, Simeon nem ölte meg őket teljesen, amikor az őskövek hatása alatt álltak, a kövek a testek nélkül maradt tudatokat Chloéba sugározták. Rush és Eli kidolgoznak egy eljárást, mellyel a Végzet memóriájába tölthetik fel szeretőik tudatát.

A földiek megpróbálnak megegyezni egy, a Tejúton élő néppel, a langaraiakkal, hogy a kapujukat és egy ottani ritka energiaforrást használva betárcsázhassanak a Destiny-re. A megegyezés nem jön létre, és Telford gyanakszik, hogy azért, mert a Lucian szövetség megelőzte a földieket a tárgyalásokban; ezért egy kommandóakció során, amiben nemcsak Telford és Young ezredes, hanem a Parancsnokság vezetése és az Atlantis projekt vezető tudósa, Rodney McKay is részt vesz, foglyul ejtik a langarai vezetőket, és megpróbálják tárcsázni a Végzetet. Telford ezredes azonban ismét felsül, mert a kommandóakció végül csúfos kudarcba fullad, nemcsak katonai, hanem erkölcsi értelemben is. A langaraiak szerencsére józanabbnak bizonyulnak, és szövetségben maradnak a Földdel, de a Végzet megsegítésének reménye nagyon távol kerül.

Egy idegen bolygón a csapat néhány tagját megtámadja egyvérszomjasnak tűnő ragadozóállat. A tapasztalt vadász, Varro és néhány honfitársa újra bizonyítja együttműködési készségét, és az állat után indulnak, de végül nem a fegyverek döntenek, hanem egyszerű diplomáciai eszközök és az epizód elején még lelki instabilitással küzdő Greer őrmester józansága, mert a ragadozó faj intelligensnek bizonyul. Ha nem is sértetlenül, de minden ember elhagyhatja a bolygót.

A Destiny egy olyan bolygót talál, amin a földihez hasonló emberi élet van. A 32. részbeni tárcsázási kísérlet ugyanis nem sikerült olyan balul, mint gondolták: a kapun át a Földre küldött emberek nagy része életben maradt, de 2000 évet utazott vissza a múltba, ahol egy bolygón megalapították a Novust, ami hamarosan egy nagyvárosokkal teli, civilizált világgá fejlődött, és több kevésbé fejlett gyarmatot is létrehozott. A Végzet legénysége az egyik kutatóexpedícióként működő kis kolónián szembesül a saját leszármazottaival, akik hősként tisztelik őket, bár ezt beárnyékolja a hír, hogy a Novus politikailag sem stabil, és természeti katasztrófa is fenyegeti, és az expedíciókat új lakhely felfedezésére küldték - de egy ideje megszakadt a kapcsolat az anyavilággal, és nem lehet oda a kapukon át visszatérni. A "viszontlátás" örömére rendezett vendégség sem tart sokáig: megjelennek a drónok, amik rájöttek, hogy találjanak a Végzet nyomára, és megkezdődik az öldöklés.

Miközben a legénység megpróbálja a telepeseket visszajutattani otthonaikba, rájönnek, hogy a bolygó a szeizmikus megsemmisülés határán áll.

A Végzetet fel kellene tölteni, de amikor csak kilépnek a hiperűrből, a drónok már várnak rájuk. Az nem világos, honnan tudnak a drónok az érkezésükről, de mindössze egyetlen próbálkozási lehetőségük maradt, mielőtt teljesen elfogy a hajtóanyag. Eli azt javasolja, hogy repüljenek át egy kék szuperóriás csillagon, bár a hőség elpusztíthatja a hajót. Mivel nincs már választásuk, Young ezredes Eli és Rush kivételével mindenkit az egyetlen köyeli bolygóra küld. Lisa is ottmarad, hogy begyűjtsön néhány gyógynövényt, de csapdába esik, mikor a Végzet átrepül a csillagon. A bolygón Young ezredes és a többiek egy elpusztult civilizáció és a drónok nyomaira bukkanak.

Eli és Rush megtalálták a módját, hogy a Végzet hosszú távú érzékelőivel azonosítsák a drón anyahajó helyzetét. A rossz hír azonban az, hogy a drónok minden lehetséges megállónál várják őket. Ideiglenes megoldást találnak arra, hogy kiiktassák az anyahajót, de ugyanakkor rájönnek, hogy nem vívhatnak meg egy nagyobb ütközetet, amikor csak újra kell tölteniük. Eli azt javasolja, hogy a legénység használja a stázisfülkéket, és egy három évig tartó utayás keretében ugorjanak egy másik csillagrendszerbe. Minden jól alakul, amíg rá nem jönnek, hogy az egyik fülke megsérült, így egy embernek kívül kell maradnia és vagy megjavítja a sérült fülkét, vagy meghal.