Brigadira Younga i većinu njegovog vojnog osoblja zarobili su pripadnici Lucijanskog saveza. Dannic (Ian Butcher) ih želi ubiti, ali ga Varro (Mike Dopud), njegov lucijanski suborac, nagovori da ih umjesto toga pošalje u izgnanstvo. Dannic pristane i kroza zvjezdana vrata ih pošalje na negostoljubivi, stjenoviti planet. Ondje im se ubrzo pridruže Varro i njegovi ljudi, koje su proglasili izdajnicima te ih i same izgnali. Kad se počne primicati smrtonosna električna oluja, svi moraju surađivati kako bi našli zaklon i preživjeli. Dr. Rush, Brody, Chloe i Eli zatvorili su se u hidroponijskom laboratoriju i uspjeli preuzeti kontrolu nad nekim funkcijama broda. Dr. Rush smisli rizičan plan kojim želi prisiliti Varru i Savez da se predaju. Dok ozlijeđena poručnica Johansen leži u bolnici, njezina podsvijest posjeti poznato mjesto na kojem dozna nešto uznemirujuće.

Zatočenici Lucijanskog saveza sve su nemirniji i očajniji. Znaju da se zalihe vode i hrane smanjuju te razmišljaju o tome što bi im mogla donijeti budućnost. Poslije razgovora s nekim Lucijancima, Camile Wray vjeruje da nekima od njih mogu vjerovati te da im čak mogu biti od koristi. Brigadir Young ne slaže se s njom i smatra ih opasnima. Nakon što skupina zarobljenika napadne vojnike koji ih čuvaju, on zapovijedi njihov premještaj na prvi naseljivi planet. Još se oporavljajući od Kivinog mučenja, iscrpljeni dr. Rush uspije dešifrirati šifru za ulazak u komandni most. Ondje nađe planet koji odgovara njihovim potrebama, ali iz nekog razloga više nema pristupa upravljačkim uređajima Sudbine. Čini se da ni zvjezdana vrata ne rade. Vode i hrane sve je manje, stoga on odluči premostiti upravljačke uređaje i poslati ekipu na planet u potrazi za nužnih zalihama. Njihova letjelica naleti na snažno zračno vrtloženje i ostane bez pogonske energije.

Sudbina je na putu da se sudari s brodom sličnog tipa koji pluta svemirom. Panika se pretvori u čuđenje kad njihov brod stane uz njega. Pregledom podataka doznaju da je to jedan od rasadničkih brodova koje su Drevnici poslali prije Sudbine, a kojem je funkcija bila postavljanje zvjezdanih vrata. Brigadir Young šalje ekipu da to istraži, a dr. Rusha i Elija zaduži za analizu novih podataka. Na rasadničkom brodu poručnik Scott i njegova ekipa otkrivaju izvor energije koji bi im mogao pomoći da se vrate na Zemlju. Nakon što shvati da bi to mogao biti ključ povratka kući, brigadir Telford uvjeri Younga da ga postavi na čelo ekipe koja istražuje tajanstveni brod. No usred prijenosa energije shvate da na brodu ima još nečeg.

Chloeino sve neobičnije ponašanje izaziva sve veću zabrinutost, a Elija pozivaju na Zemlju zbog sve lošijeg majčinog zdravstvenog stanja. Na Sudbini zabrinuti Scott otkrije nešto šokantno za vrijeme premetačine Chloeine sobe: dnevnik pisan izvanzemaljskim pismom. Pokaže ga Youngu i Rushu, koji odluče neprestano motriti Chloe. Rush shvati kompleksnost sadržaja tog dnevnika te zamoli Chloe da pogleda neke matematičke probleme na kojima radi - s iznenađujućim posljedicama.

Istražujući novi planet, poručnik Scott nailazi na agresivno stvorenje nalik na biljku, koje ga napadne i inficira. U nastojanju da spriječi dolazak zaraze na Sudbinu, Tamara traži način kako bi zaustavila širenje nepoznate zaraze. Scott u međuvremenu halucinira o idealnom životu na Zemlji. Kako se infekcija širi, okrutna realnost polako se uvlači u njegov halucinatorni polusan. Zvjezdana vrata okruži još izvanzemaljskih organizama i Scottu možda brzo istječe vrijeme.

Brigadira Younga muči vizija u kojoj Sudbinu napadaju i uništavaju izvanzemaljci koji su oteli dr. Rusha i Chloe. Vjeruje da je to proročansko upozorenje te naloži znanstvenoj ekipi da obnovi brodski oružani sustav. Dr. Rush posjeti Chloe u izolaciji, nadajući se da bi mogla pogledati neke jednadžbe na kojima radi, no Chloe je zabrinuta zbog izvanzemaljskog utjecaja na njezin um, kao i tijelo. Brigadir Young povjerava Wray svoj strah da gubi razum. No nakon što Sudbina izađe iz nadsvjetlosnog pogona i stane, Rush i Eli vjeruju da su brigadirove neobične vizije ključ ponovnog pokretanja broda.

Sudbina naiđe na jako oštećeni izvanzemaljski svemirski brod. Dr. Rush predloži da ga istraže u potrazi za korisnim podacima ili tehnologijom. Bez šatla Rush i brigadir Young moraju u skafanderima prijeći na napušteni brod, gdje naiđu na prazne kapsule nalik onima kakve su vidjeli na rasadničkom brodu. Dok dr. Rush pokreće sustave za održavanje života, brod naglo krene i počne se udaljavati od Sudbine. Ne želeći svima objaviti da ima djelomičnu kontrolu nad Sudbinom, Rush kaže da je radio na daljinskom programu za pokretanje brodskih potisnika. Zbog kompleksnosti programa predloži da dr. Amanda Perry (Kathleen Munroe) iskoristi kamen i dođe u brod kako bi mu pomogla. Rush joj kaže da ima djelomičnu kontrolu nad Sudbinom i uputi je na most. Uz Rushovu pomoć ona uspije pokrenuti Sudbinu u smjeru oštećenog broda. No Eli razotkrije njihov plan i svi doznaju veliku tajnu...

Ginn se koristi kamenovima kako bi zamijenila tijelo s dr. Amandom Perry te nastavlja upozoravati zapovjedništvo na skorašnji napad Lucijanskog saveza. Sumnjajući da ona time otkriva važne podatke, Simeon pobjegne ubivši stražara i pođe ušutkati Ginn. Uzevši Park kao taoca, Simeon natjera Volkera da mu nađe planet te tako pobjegne s broda. Nakon što Rush naiđe na Ginnino tijelo, znajući što to znači za dr. Perry, odlazi na taj planet u potrazi za osvetom. No zemaljsko zapovjedništvo vjeruje kako Simeon zna ključne podatke o napadu Lucijanskog saveza te zapovjedi da ga uhvate živa. Brigadir Young mora poslati poručnika Scotta i Greera da dovedu Simeona prije nego što ubije Rusha ili i sam strada.

Članovi posade Sudbine koje su ostavili na idiličnom planetu prije više od godinu dana iznenada se pojave u šatlu, što Tamari ponovno ulije nadu da bi mogla naći izgubljenu kćer. No njihov povratak obavijen je tajnom. Dr. Caine (Tygh Runyan) i ostali ne sjećaju se kako su dospjeli onamo. Young se boji upletenosti izvanzemaljaca te zato izolira Cainea i ostale. Tamara ih pregleda, potvrdivši njihov identitet i ustvrdivši da su savršeno zdravi. Istraga šatla ima sličan rezultat: kao nov je. Tajna se produbi kad jedan od povratnika naglo umre. Wray nagovara Younga da joj dopusti regresijsku terapiju, ne bi li tako doznala što se dogodilo na planetu. Young pristane, no probuđena sjećanja imaju katastrofalne posljedice za povratnike. U međuvremenu se Chloein preobražaj nastavlja, zbog čega se ona priprema za posljednji oproštaj.

Nakon što je pobjegla čuvarima i poslala signal izvanzemaljcima koji su je oteli, Chloe omogući malo više vremena Sudbini dok izvanzemaljske brodove napadnu robotske letjelice. Rush i Eli shvate da letjelice signal dobivaju od zapovjednog broda. Uspiju ga blokirati i uništiti zapovjedni brod. Volker (Patrick Gilmore) i Brody popravljaju brodski štit koji će im omogućiti nadsvjetlosni pogon, no Ursini u rasadničkom brodu slučajno otkrije lokaciju Sudbine novom valu robotskih letjelica. Jedini preostali brod izvanzemaljaca zamoli Sudbinu za pomoć u borbi s robotskim letjelicama. Rush od njih zatraži da zauzvrat izliječe Chloe. Dok Scott prevozi Chloe šatlom do izvanzemaljaca, pojavi se novi zapovjedni brod i počne jak napad. No ovaj put Rush i Eli imaju plan.

Posada izvještava Younga o oštećenjima Sudbine te o činjenici da nemaju rezervne dijelove koje bi mogli iskoristiti čak i kad bi znali što moraju učiniti. Znanstvenici tvrde da nemaju opcija, no Rush kaže da moraju učiniti sve što mogu. Eli kaže da su on i Ginn doznali kako mogu aktivirati devetu koordinatu dok se Sudbina puni kraj zvijezde. Rush je protiv toga jer kaže da u tome ima previše nepoznanica. Scott mu skrene pozornost na to da će svi poginuti ako Sudbina eksplodira, no Rush kaže da želi ostati, a misli da to žele i drugi. Upita Younga kani li i dalje podupirati njihovu misiju, no Young kaže da moraju odustati ako ne mogu letjeti. Nakon što Young kaže da mu je sigurnost posade prioritet, Rush zgađeno ode.

Senatorica Michaels (Kathleen Quinlan) i dr. Andrew Covel (French Stewart) dolaze na Sudbinu provjeriti podatke dr. Rusha, kako bi potvrdili mogućnost izgradnje nove baze Ikar. Greer i Wray se nađu usred napada izvanzemaljaca, čiji se brod srušio na zgradu zapovjedništva. Zatočeni u zgradi koja se urušava, Greer i Wray doznaju od Telforda da svemirski brod zrači radijacijom, vjerojatno od bombe. Moraju pokušati detonirati bombu koja prijeti cijelom gradu. Rush ne uspije prekinuti vezu komunikacijskog kamenja i shvati da ne žele svi na Sudbini povratak Greera i Wray.

Posada čeka ponovnu uspostavu veze sa Zemljom poslije napada Lucijanskog saveza. Dok je spojena na kamen, Chloe zaspi, i probudi s Ginninom (Julie McNiven) svijesti u svom tijelu. Znajući da su Ginn i Amanda Perry fizički umrli, Eli i Rush teoretiziraju o tome kako je njihova svijest zatočena negdje između kamenova. Chloeina svijest još se nalazi u njezinom tijelu i povremeno se podiže na površinu. No kad Ginn počne ponovno fizički proživljavati svoju smrt, Eli mora smisliti kako će zaštititi Chloe, a da pritom ne izgubi Ginn. U međuvremenu Tamara dozna da Volkeru (Patrick Gilmore) prijeti smrt zbog bolesti bubrega. Presađivanje bubrega jedina mu je šansa za preživljavanje. Tamara nema vezu sa Zemljom i mora sama obaviti tešku operaciju, nakon što se Greer ponudio kao darovatelj.

Rusha nađu u komi na stolici za neuralno sučelje. Sada dio brodskog računala, Amanda Perry (Kathleen Munroe) je stvorila simulacijski program koji njoj i Rushu omogućuje da se fizički spoji s brodskom matricom. Ginn (Julie McNiven) upozorava Elija da je Rush ostao zatočen u simulaciji, zbog čega Eli mora donijeti tešku odluku kako bi Rusha vratio u njegovo tijelo. Langarani ne žele Zemljanima dopustiti da iskoriste jezgru njihovog planeta kao izvor energije za aktivaciju devete koordinate, zbog čega Telford šalje Younga, Scotta i Richarda Woolseya (Richard Picardo) u tajni zadatak na taj planet. Telford sumnja da su ušli u savez s Lucijancima ili da su bar pod njihovim utjecajem, te da bi Lucijanci mogli iskoristiti devetu koordinatu kako bi napali Sudbinu.

Za vrijeme ekspedicije na jednom planetu netko napadne logor, a poručnicu Johansen i Reynoldsa otme izvanzemaljsko stvorenje. Po njih pošalju spasioce. Young, Greer, James (Julia Benson) i Marsden (Ryan Booth) krenu u potragu za tom zvijeri. No nakon što zvijer ozlijedi neke od njih, moraju se za pomoć obratiti Varru i njegovoj lucijanskoj ekipi. U međuvremenu na Sudbini, gdje su otkrili novu izvanzemaljsku tehnologiju, Eli i Broda ignoriraju upozorenja dr. Rusha i slučajno zatoče Brodyja u uređaju za kriogeno smrzavanje.

U potrazi za vapnom na jednom planetu, Scott, Eli, Wray i Greer nailaze na humanoidna bića koja su tamo zaglavila nakon što zvjezdana vrata više nisu mogla stupiti u vezu s njihovim matičnim planetom. Tvrde da je njihovu civilizaciju, Novus, utemeljila posada Sudbine prije dvije tisuće godina. Dok brigadir Young razmišlja o njihovoj zamolbi da ih vrate na rodni planet, napadnu ih robotske letjelice koje su pronašle način praćenja Sudbine. Neki uspiju pobjeći na Sudbinu, no Scott, Eli i ostali ostanu na planetu, nakon što letjelice unište vrata, a Sudbina pobjegne na sigurno.

Sudbina stiže na Novus, gdje ih zatekne moderna civilizacija, napuštena i usred seizmičke katastrofe. Shvaćajući bogatstvo znanja i resursa koje bi mogli spasiti, Yazou (August Schellenberg), jedan od doseljenika, povede Scotta, Greera i Wray u podzemni arhiv njihove civilizacije. Dok gledaju što bi mogli ponijeti sa sobom, članovi posade doznaju s kakvim su poteškoćama suočene njihove druge verzije. U utrci s iznenadnim urušavanjem koje je izazvao njihov dolazak u arhiv Rush doznaje kamo su preživjeli s Novusa vjerojatno otišli te kako bi doseljenike na koje su naišli mogli poslati njima.

Nakon što robotske letjelice onemoguće i drugi pokušaj da Sudbina energiju crpi iz zvijezde, posada shvati da su letjelice pronašle neki način da ih prate po zvijezdama iz kojih kane crpiti energiju. Eli predloži da energiju pokušaju crpiti iz plavog superdiva, zvijezde tako vruće da nitko ne bi pomislio da bi to mogli učiniti. No to je opasan plan. Rush, Eli i Park (Jennifer Spence) moraju ostati u brodu kako bi Sudbina sigurno prošla kroza zvijezdu. Ostatak posade se sklonio na planet, gdje nailaze na napušteni grad čiji su stanovnici stradali u napadu izvanzemaljaca. Znajući da će aktivacija zvjezdanih vrata privući robotske letjelice, pripreme se za obranu dok Sudbina ne dovrši opasno punjenje energijom.

Park (Jennifer Spence) još nije progledala poslije punjenja energijom, a Tamara se nosi sa saznanjem, do kojeg je došla pregledom arhiva s Novusa, da pati od neizlječive degenerativne bolesti. Rush i Eli doznaju da su robotske letjelice postavljene na svim zvjezdanim vratima između Sudbine i ruba galaktike. Smisle plan za uništavanje zapovjednog broda i obnavljanje zaliha, ali Sudbina u bici pretrpi znatna oštećenja. Eli uvjerava Younga da im je jedina šansa izvesti kontinuirani nadsvjetlosni skok u drugu galaktiku koji će trajati tri godine. To bi potrošilo svu preostalu brodsku energiju, zbog čega se moraju brzo odlučiti jer novo punjenje energijom više neće biti moguće. Članovi posade se opraštaju sa svojima na Zemlji koje možda više neće vidjeti, prije nego što uđu u kapsule u kojima će spavati dok ne stignu u drugu galaktiku. No neke kapsule su oštećene i odlazak na jedan planet po materijale za popravak može ugroziti cijeli plan.