Když je napadena základna Icarus , její obyvatelé jsou nuceni uprchnout přes Hvězdnou bránu. Základna byla vytvořena na vzdálené planetě, kde se nachází silná energie, která je nutná k vytočení devíti symbolů na bráně, které pravděpodobně vedou na nějákou vesmírnou loď.

Lidé začínají s prohlížením lodi a hned se objevují problémy. Systémy podpory života přestávají fungovat a dírami v lodi uniká vzduch. Rush s Eliem se snaží zjistit jak se dostat domů, opravit co nejrychleji loď a případně o ní i něco zjistit. Možnost dočasné záchrany se naskytne při zpomalení lodi.

Tým, ve složení Scott, Rush, Eli, Greer, Brody, doktorka Palmerová a Curtis, projdou na suchou pouštní planetu. Při hledání vápence se rozdělí. Curtis s Palmerovou projdou na jednu ze zablokovaných planet a Brodyho zastaví na poslední chvíli Greer. Všichni až na Elie, který čeká na Scotta, se vrátí na Destiny. Scott zůstal v poušti, aby našel potřebný vápenec. Zvládne to, nebo se všichni na lodi udusí?

Dr. Rush zjistí, že na lodi kriticky poklesla hladina energie. Plukovník Young rozkáže posádce, jenž prozkoumává celou loď, aby omezila energetické výdaje na minimum. I přesto se však náhle začnou lodní systémy vypínat. Dr. Rush všechny informuje, že po několika dnech bez energie všichni zemřou. Destiny vyskočí z FTL ve sluneční soustavě s třemi planetami a posádka se snaží zjistit, jestli je některá z nich obyvatelná.

Když se loď "Destiny" blíží ke Slunci a nedaří se změnit její kurz, rozhodne se posádka loď opustit a zachránit se na nejbližší planetě. Avšak únikový modul pro všechny členy posádky nestačí. Nezbývá než losovat o to, kdo se zachrání v únikovém modulu a kdo zůstane na palubě předurčen zkáze...

Z Destiny zmizela skoro všechna voda, zbylo jen asi 40 procent původního množství. Loď zpomalí a naskytne se možnost získat led z nedaleké planety. Nikdo stále neví kam se ztratila voda a po lodi se nejspíš toulá nějaká mimozemská forma života.

Když se průzkumná skupina vydává prozkoumat novou planetu, jsou nejprve překvapeni, že se tam nachází přístroj Kino. Při stahování dat nachází Eli dostupné video, které zdokumentovalo katastrofu, při níž většina posádky umírala na neznámou nákazu. A do toho se přidal ještě útok neznámých mimozemšťanů. Po zhlédnutí videa nařizují plukovník Young a doktorka Johansenová úplnou karanténu na palubě Destiny. Ale nákaza přece jen propukne, což však nebude jediný problém.

Při zkoumání Destiny je nalezeno velmi podobné antické křeslo, které bylo kdysi nalezeno na Antarktidě a následně použito generálem O'Neillem na obranu Země před Anúbisem. Youngovy rozkazy jsou jasné. Nikdo nesmí na křeslo sednout, aby nedošlo k nečekaným a nechtěným komplikacím. Mezitím se na planetu Zemi pomocí komunikačních kamenů vydávají poručík Scott a Camile Wrayová. Když se Scott vrací zpátky na loď, má podivné záblesky rozhovoru mezi plukovníkem Telfordem a ženou plukovníka Younga.

Je nalezen mrtvý seržant Spencer. Byl zastřelen,ale zbraň se nenašla. Později je nalezena v kajutě u Younga, je s ním veden soud. Ze záznamu z KINa se nakonec zjistí, že Spencer ve skutečnosti spáchal sebevraždu. Tu zbraň dal Youngovi do kajuty Rush, protože podle něj není Young dobrý velitel. Young ho na cizí planetě,kde najdou neznámou mimozemskou loď, zbije a nechá ho tam. Destiny opět vstoupí do FTL a Rush zůstává na planetě.

Plukovník Young se vrací z planety bez doktora Rushe, kterého tam nechal. Young se chystá celou situaci tlumočit svým představeným přes komunikační kameny. Wrayová si myslí, že Young nějaké informace o doktoru Rushovi schválně utajuje a hodlá nadřízeným reportovat svůj názor, jak se věci udály. Když se plukovník snaží spojit přes kameny na Zemi, dostává se na loď cizích mimozemských bytostí. Než se stačí vzpamatovat, mimozemské bytostí zaútočí a unesou s sebou jednoho člena posádky.

Chloe a doktor Rush se ocitají zpět v bezpečí na lodi Destiny. Oba jsou ale pronásledováni nočními můrami, které přičítají nedávným věznitelům, kteří je zkoumali. Rush tvrdí, že jediná věc, kterou mimozemšťani chtějí, je sama loď Destiny. Posléze zjišťují, že se na lodi nachází lokačními zařízení udávající jejich polohu do vesmíru. Současně se Rush a Wrayová obávají o soudnost plukovníka Younga a chtějí zařídit civilní dohled nad celou operací na palubě Destiny.

Plukovník Young se opět ocitá u velení celé operace na lodi Destiny. S jeho vojenským personálem musí najít tu správnou cestu, jak je naučit bezproblémově žít s civilní posádkou, která se chtěla ujmout moci. Když loď vystupuje z hyperprostoru, nacházejí se uprostřed slunečního systému, který není nikde zaznamenán. Rush se domnívá, že celá soustava byla uměle vytvořena mimozemskou rasou. Než se bude moct loď dát znovu na cestu, musí projít několika opravami. To dává čas týmu, který může prozkoumat nedalekou planetu. Tým je složen z vojáků i z civilistů. Když se někteří rozhodnou zůstat na planetě, musí plukovník Young vydat několik podmínek, aby je tam mohl nechat.

Dr. Rush sedí v křesle a prožívá dobu před smrtí svojí ženy Glorie. Snaží se rozluštit kód pro přístup k ovládání Destiny. Pobyt v křesle, ale nepříznivě působí na jeho zdraví. Scott, Greer, Eli a Chloe vyrazí na planetu, kde jsou trosky nějakého starého města. Jdou do podzemních tunelů hledat ztracené kino a strop u vchodu se zřítí. Jsou uvězněni a čas do odletu lodi se nebezpečně rychle zkracuje.

Skupina tvořená poručíkem Scottem, seržantem Greerem, Eliem a Chloe je uvězněná na planetě. Společně se pokusí dostat se skrz podzemní bludiště, kde na ně čeká plno překážek. Na palubě Destiny se všichni snažit zjistit, jak pomoci týmu uvězněném na planetě. Plán narušuje sama loď, která se chystá brzy vstoupit do hyperprostoru a opustit tak tuto galaxii navždy. Proto musí plukovník Young rychle jednat a vytvořit pátrací týmy, které budou prozkoumávat planetu po planetě ve snaze je najít a zachránit. Čas běží.

Destiny vstoupila do hyperprostoru a nyní cestuje mezigalaktickou prázdnotou. Posádka není schopna lokalizovat trio složené z poručíka Scotta, Elie a Chloe. Doktor Rush upozorňuje, že kalkulace založená na současném výkonu ukazují, že to do další galaxie nestihnou, a že s největší pravděpodobností umřou. Když v tom najednou vypovídají službu motory a ze Země je povolána specialistka Amanda Perryová, které by měla s problémem pomoci a současně se již dlouhá léta zná s doktorem Rushem. Výměnnou je na Zemi poslána Camile Wrayová, jež je upoutána na invalidní vozík.

Členové týmu, kteří se nedávno vrátili z jedné z planet, začnou postupně trpět halucinacemi. TJ je umístí do karantény a snaží se zjistit, co za halucinacemi stojí. Halucinace však začnou mít i lidé mimo karanténu...

Plukovník Young vyšetřuje možný scénář, že plukovník Telford je zrádce, který prozradil tajné informace nepříteli, jenž může zaútočit na základnu Icarus. Zrod celé myšlenky zajišťuje doktor Rush, který měl záblesk o Telfordovi díky komunikačním kamenům. Něco podobného se stalo již předtím, když poručík Scott si myslel, že Telford má aférku s Youngovou ženou. Na Zemi se vrací doktor Rush, který využívá těla plukovníka Telforda. A společně s ním se vrací i plukovník Young oznamující svůj report přímo generálu O'Neillovi. Současně se na palubě Destiny ocitá plukovník Telford a podezřívá, že něco není v pořádku.

Díky přiznání plukovníka Telforda se plukovník Young připravuje na očekávaný útok Luciánské aliance. Ze Země je vyslána loď Hammond s plukovníkem Carterovou, aby se pokusila zastavit vpád aliance. Tento útok zapříčiňuje brzký příchod na Destiny, kam se dostane většina úderného oddílu Luciánské aliance. Ten se nyní nachází na palubě Destiny, kde vězní několik rukojmí. Plukovník Young musí vymyslet plán, jak nepřítele neutralizovat za co nejmenších ztrát na životech rukojmích.

Bitva o loď mezi Luciánskou aliancí a silami plukovníka Younga nadále pokračuje. Vypadá to, že aliance má přece jen navrch. Camile Wrayová hodlá s nepřítelem jednat diplomaticky. Vůdkyně Luciánů Kiva však není příliš diplomaticky založená, ale přeci jen se dohodnou na kompromisu. Mezitím sama loď zažívá své vlastní problémy s motorem. Proto také vystoupila z hyperprostoru. Na neštěstí pro posádku se nyní nacházejí poblíž neutronové hvězdy, která může velmi brzy celou loď sežehnout.