Um ataque ocorre durante uma visita oficial à base secreta Icarus, forçando a equipa a evacuar para o recem aberto portal de nove chevrons. O portal leva-os para Destiny, uma nave espacial construída pelos Antigos e que se localiza à bilhiões de anos-luz da Terra.

Após chegarem à nave Destiny, a equipe descobre que seu sistema de suporte de vida está falhando e que precisam encontrar um meio de consertá-lo.

A nave Destiny disca o Stargate para um planeta desértico que possui os minerais necesários para consertar o sistema de suporte de vida.

A energia começa a falhar na Destiny, mas a nave para próximo de um sistema com três planetas possivelmente-habitáveis que podem salvar a tripulação. Enquanto isso, Eli Wallace registra mensagens individuais da equipe caso eles não sobrevivam.

A nave se encontra indo em direção a uma estrela. Eles planejam evacuar a tripulação para um dos planetas, então um sorteio é realizado para determinar quem poderá se salvar à bordo da última nave funcional, uma vez que somente há espaço para 17 pessoas dentro desta e não há tempo suficiente para viagens adicionais.

Young, Eli, e Chloe usam o dispositivo de comunicação dos antigos para se conectarem com a Terra. Telford assume o comando da Destiny e quer que Rush disque para a Terra usando energia da estrela.

Durante uma missão a um planeta selva, a tripulação encontra um kino do futuro que prevê a morte por uma doença virulenta.

A equipe científica encontra uma cadeira de interfase parecida com a que O’Neil encontrou na Antartica. Scott e Camillie visitam seus amados na Terra.

O sargento Spencer é encontrado morto e o coronel Young é o principal suspeito de tê-lo assassinado. Um membro da tripulação tenta usar a cadeira e entra em coma. Ruch é abandonado sozinho em um planeta alienígena.

Chloe é sequestrada por uma nave alienígena e ao tentar resgatá-la, o cel. Young descobre que Rush está vivo mantido como prisioneiro nesta nave.

Rush suspeita que pode haver um dispositivo de rastreamento na Destiny. A Destiny é atacada por uma nave alienígena. Os membros militares da tripulação São trancados em uma parte da nave. Acontece uma rebelião.

A Destiny chega a um sistema solar ainda não mapeado e o mesmo parece ser muito novo. Uma equipe vai ao único planeta do sistema e descobre que ele é o verdadeiro paraíso. Alguns querem ficar ali e outros querem continuar.

Rush resolve sentar-se na cadeira para descobrir os códigos de operação da Destiny. Dentro do programa da nave ele volta à Terra e tem que reviver uma lembrança muito dolorosa. Enquanto isto a Destiny chega a um planeta que aparentemente já foi habitado por humanos e uma equipe vai verificar, mas fica presa. Agora para salvá-los Rush tem que descobrir o código.

Rush ainda não conseguiu controlar a Destiny mas descobriu uma maneira de resgatar os que ficaram para trás. Enquanto isso no planeta, Eli, Chloe e Scott conseguem sair dos túneis onde estavam presos e tentam voltar à Destiny usando o mesmo método que Rush. Greer é deixado para trás por acharem que ele estivesse morto.

A nave Destiny não tem força suficiente para saltar para a próxima galáxia e Rush não sabe o que fazer. De repente a nave sai do hiper-espaço, um motor explode e precisam do conhecimento de uma pessoa da Terra para consertá-lo. O bom de tudo é que os três que estavam perdidos voltam à nave.

Mais uma vez a destiny é atacada por alienígena. Desta vez são pequenos insetos que se parecem com carrapatos e ao se fixarem em alguém, este passa a ter alucinações. Estas alucinações são tão fortes que podem trazer sérios problemas à tripulação.

Rush tem alguns pesadelos e com eles descobre que o Cel. Telford está passando informações sobre a Destiny para a Lucian Alliance. Rush usa as pedras de comunicação dos antigos para ir à Terra para verificar. Nisto ele é sequestrado e levado a um planeta onde há um portal que pode se conectar com a Destiny.

Um grupo da Lucian Alliance conseguiu entrar na Destiny e começa uma luta pelo domínio da nave. Alguns são feridos, outros mortos e muitos reféns dos dois lados.

A luta na nave continua e para piorar são afetados por raios de uma estrela que pode destruir toda a nave em poucas horas. Um acordo tem que ser firmado ou todos morrerão.