Gdy baza Ikar zostaje zaatakowana, mieszkańcy zmuszeni są uciekać przez Gwiezdne Wrota. Baza została stworzona na odległej planecie, aby skorzystać z potężnego źródła energii. Ich celem jest próba określenia celu tajemniczego dziewiątego symbolu Gwiezdnych Wrot, której nigdy nie udało im się zamknąć. Przejeżdżając przez Gwiezdne Wrota, nie są one transportowane na Ziemię, ale do bardzo starego, najwyraźniej niezamieszkanego, ale ogromnego statku kosmicznego. . Gdy dowódca grupy został ranny, porucznik Scott i główny naukowiec, dr Nicholas Rush, prowadzą eksplorację statku. Kilka obszarów statku zostało uszkodzonych, ale zasadniczo funkcjonuje. Są w stanie nauczyć się, że są to w rzeczywistości miliardy lat świetlnych od Ziemi.

Ci, którzy przeżyli, przybywają na niezamieszkany statek pływający miliardy lat świetlnych od Ziemi. Panika rozprzestrzenia się w grupie, a płk Young, który został ciężko ranny podczas ucieczki, przekazuje dowództwo porucznikowi Matthewowi Scottowi, zanim zapadnie w nieświadomość. Zespoły prowadzone przez Dr. Rusha i Sgt. Greer stara się zrozumieć sytuację, a porucznik Tamara Johansen, medyk, który spędził kilka dni przed opuszczeniem programu, zostaje wcielony do roli głównego oficera medycznego.

Wraz z nieudanym zasilaniem powietrza w Przeznaczeniu, zespół wyrusza na pustynną planetę w poszukiwaniu minerału potrzebnego do oczyszczenia powietrza z dwutlenku węgla statku. Po przetestowaniu licznych próbek piasku bez powodzenia i przy szybkim zamykaniu okna, grupa decyduje się podzielić na dwie części, aby pokryć więcej ziemi, pomimo nieznośnego upału.

The survivors arrive on an uninhabited ship floating billions of light years away from Earth. Panic spreads throughout the group and Col. Young, who was severely injured during the escape, transfers command to Lt. Matthew Scott, before lapsing into unconsciousness. Teams led by Dr. Rush and Sgt. Greer try to make sense of the situation, while Lt. Tamara Johansen, a medic who was days away from leaving the program, is thrust into the role of chief medical officer.

With the air supply failing on the Destiny, a team disembarks to a desert-like planet in search of the mineral needed to scrub the ship’s air of carbon dioxide. After testing numerous sand samples without success, and with their window of opportunity closing fast, the group opts to split into two to cover more ground, despite the unbearable heat.

Przeznaczenie cierpi z powodu kryzysu energetycznego, który zagraża życiu osamotnionej ekipy i zmusza do rozważenia porzucenia statku.

Gdy statek jest na kursie kolizyjnym, załoga musi zdecydować, kto zostanie, a kto ucieknie na promie, aby znaleźć nadającą się do zamieszkania planetę.

Ciężkie racjonowanie nie może uratować kurczące się zasoby Destiny, zmuszając pułkownika Younga i porucznika Scotta do szukania pitnej wody na śmiercionośnej lodowej planecie.

W sytuacji na pokładzie Destiny dire, General O'Neill i Home World Command nakazuje płk Youngowi wykonanie planu wysokiego ryzyka wymyślonego przez I.O.A. naukowcy, którzy teoretycznie mogli zwrócić załogę na Ziemię.

Odwiedzając nowo odkrytą planetę dżungli, załoga jest zdumiona, by odzyskać Kino przy bramie. Pobierając dane Kino, Eli odkrywa wideo zespołu, który prawdopodobnie został postrzelony podczas wcześniejszej wizyty. Tajemnica powstania wideo staje się drugorzędną kwestią, ponieważ członkowie zespołu zaczynają chorować.

Dr. Rush nadzoruje eksplorację nowych obszarów statku. Poszukując zasobów ułatwiających codzienne życie, załoga natknęła się na kawałek starożytnej technologii, która niesie obietnicę drogi do domu. Choć trochę zaznajomiony z tym znaleziskiem, dr Rush nie może zagwarantować bezpieczeństwa korzystania z niego, przynosząc mu i płk. Youngowi dystans do tego, co robić.

Wszyscy są zszokowani, gdy członek załogi zostaje znaleziony martwy z powodu rany postrzałowej. Choć na pierwszy rzut oka wydaje się, że to samobójstwo, pistoletu nigdzie nie można znaleźć. Załoga jest ograniczona do kwater, podczas gdy odbywa się rewizja i kiedy broń pojawia się w kwaterach płk Younga, staje się podejrzanym numer jeden.

Snafu z kamieniami komunikacyjnymi dociera do świadomości płk Younga w nieznanej istocie, powodując dystans pomiędzy Przeznaczeniem a obcą jednostką i uprowadzeniem Chloe.

Dr Nicholas Rush i Chloe cierpią z powodu koszmarów po ich ciężkich doświadczeniach na statku kosmitów, a Rush podejrzewa, że ​​urządzenie traserskie mogło zostać umieszczone na kadłubie statku. Później grupa odłamków w Destiny wykonuje zamach stanu z konsekwencjami zagrażającymi życiu.

Teraz znowu mocno kontrolujący, płk Young i pozostali wojskowi próbują znaleźć sposób na życie z cywilami, którzy próbowali przejąć kontrolę nad statkiem. Kiedy Przeznaczenie przedwcześnie wychodzi z nadprzestrzeni z powodu usterki komputera, znajduje zarówno Słońce, jak i Ziemską planetę, której nie powinno tam być. Rush konkluduje, że cały system został stworzony przez obcą rasę, która jest daleko poza ich wyobraźnią. Przy niesprawnym działaniu statku i miesięcznej naprawie, zanim będzie mógł ponownie skakać, kilku wojskowych i cywilów decyduje się spędzić czas na planecie. Ciężkie uczucia z buntu trwają i jest to okazja dla wszystkich, aby naprawić ogrodzenia. Kiedy nadejdzie czas powrotu do Przeznaczenia, wielu z nich decyduje się na pozostanie na planecie. Young jest gotów pozwolić im zostać, ale narzuca surowe warunki.

Dr Rush przeżywa swoje przeszłe życie, siedząc w obcym fotelu, próbując pobrać krytyczne dane. Profesor uniwersytecki, jego żona powraca do zdrowia, a on zostaje zwerbowany przez dr. Daniela Jacksona za coś, co zostanie nazwane projektem Icarusa. Unika nie radzenia sobie z sytuacją żony i rzuca się na swoją pracę. W stanie podobnym do snu próbuje zrozumieć wszystkie informacje, które gromadzi. Z powrotem na statku, Destiny pochodzi z nadprzestrzeni, a niektórzy z załogi badają planetę poniżej. Znajdują starożytne stanowisko archeologiczne, ale są uwięzione, gdy część jaskiń jest w środku. Odkopanie ich jest procesem powolnym, a następny skok szybko się zbliża.

Wciąż uwięziony na planecie po tym, jak Przeznaczenie skoczyło, por. Scott, sierż. Greer, Chloe i Eli próbują znaleźć wyjście z podziemnego labiryntu. Po tym, jak ktoś wpadnie w inną jaskinię, pozostałe trzy udają się do bramy, ale muszą skakać ślepo z planety na planetę, mając nadzieję na odebranie sygnału z Przeznaczenia, zanim ten skoczy. Na pokładzie statku płk Young decyduje się wysłać grupę poszukiwawczą. Zegar tyka, a następny skok przenosi ich w międzygalaktyczną próżnię na zawsze pozostawiając swoich przyjaciół. W międzyczasie TJ decyduje, że nadszedł czas, aby powiedzieć płk. Youngowi, że jest w ciąży z dzieckiem.

Przeznaczenie wskoczyło w nadprzestrzeń i teraz podróżuje przez międzygalaktyczną pustkę. Nie byli również w stanie zlokalizować Heli, Chloe i Scotta, którzy zostali w tyle. Dr Rush obliczył, że w oparciu o ich obecne zużycie energii, Przeznaczenie ma niewystarczające paliwo, aby dotrzeć do następnej galaktyki i jest skazane na śmierć. Jednak silniki nagle zawierują i organizują, aby ekspert, Amanda Perry, wszedł na pokład za pośrednictwem kamieni komunikacyjnych i pomógł im. Perry i Rush znali się od wielu lat, ale jako quadriplegic doświadczają tego, co życie ma do zaoferowania. Na Ziemi świadomość Camile Wray została przeniesiona na ciało Perry'ego i związana jest z wózkiem inwalidzkim.

Earth Stargate Program nie jest jedyną grupą w Drodze Mlecznej, która jest zainteresowana Przeznaczeniem Pradawnych. Co gorsza, ten długoletni wróg może mieć szpiega spośród osób najbliżej projektu Icarus.

Wróg z Drogi Mlecznej wsiadł do Przeznaczenia i wziął zakładników. Czy to możliwe, żeby wiedzieli, jak wrócić, czy też sami się wyplątali?

Gdy Young i Camille próbują rozwiązać kryzys zakładników z Kivą, Destiny cierpi na fluktuacje mocy i blackouty z powodu bliskości binarnego pulsara.