Une équipe de recherche forcée d'évacuer une base secrète se retrouve à bord d'un gigantesque navire "Ancien", âgé de plusieurs millions d'années.

Les équipements de survie sont défaillant et il n'y a aucun moyen de regagner la Terre.

Quand l'équipe de recherche est forcée d'évacuer leur base secrète, ils se retrouvent sur un vaisseau de plusieurs millions d'années qui ne peut pas leur permettre de rentrer chez eux.

Comme la distribution d'air est en défaut, une équipe est mise en place afin de rechercher, sur une planète désertique, un minéral nécessaire aux épurateurs d'air du vaisseau. Durant ce temps, alors que la vie à bord devient maussade, et avec l'aide des pierres de communication, le Colonel Young fait son rapport auprès d'O’Neill, et Chloe a une dernière chance de dire au revoir à sa mère.

Lorsque les réserves d'énergie du Destinée baissent à un niveau critique, l'équipage reçoit l'ordre de n'utiliser l'énergie que pour les besoins essentiels seulement, mais le rationnement n'est pas suffisant pour empêcher Rush d'annoncer que tous à bord vont mourir dans quelques jours.

Alors que le Destinée plonge vers le soleil, Young organise une loterie pour déterminer les Dix-sept survivants à prendre la dernière navette qui reste et se réfugier.

Le Destinée manque d'eau. Alors Scott et Young sont obligés d'explorer une planète glacée pour renflouer le précieux liquide. Pendant ce temps, des créatures mystérieuses attaquent l'équipage.

Un terminal de communication créé par les Anciens permet à quelques membres de l'équipage de transférer leur conscience sur Terre.

En mission sur une nouvelle planète, une équipe découvre une Kino contenant des images d'eux vivant de évènements dramatiques qui n'ont pas encore eu lieu.

A bord du Destinée, le Dr. Rush continue d'organiser l'exploration du vaisseau à la recherche de nouvelles ressources.Il découvre un siège Ancien, mais les risques qu'il y a à l'utiliser pousse le Colonel Young à refuser qu'on s'y assoie.Pendant ce temps, le lieutenant Scott et Camille Wray retournent sur Terre grâce aux pierres et contactent leurs proches...

Lorsque le colonel Young devient le principal suspect d'un crime le reste de l'équipe s'organise pour juger de sa culpabilité pendant que le Dr. Rush mène l'enquête.

Mais il apparaît qu'une planète recèle un secret qui pourrait bien représenter une menace pour le Destinée.

Le Colonel Young se retrouve accidentellement sur un vaisseau Alien tandis qu'il manipulait un appareil Ancien, quelques secondes après cet évènement il est de retour sur le Destinée sans savoir ce qu'il lui est arrivé. Pendant ce temps, Rush est capturé par des Aliens qui le mettent dans un caisson.

Camille et Rush décident de prendre le contrôle du vaisseau alors qu’une menace extérieure apparaît.

Le Destinée découvre une planète en orbite autour d’une étoile inconnue. Une partie du vaisseau s’y installe pour 4 semaines.

Rush se soumet lui même à une expérience grâce à l'ordinateur du vaisseau qui lui fait revivre des flash back de son recrutement dans le programme Stargate. Il est alors forcé de revivre des évènements personnels et tragiques de son passé auxquels il n'avait jamais réellement fait face.

L'équipe fait appel à un brillant scientifique sur Terre pour aider à résoudre une crise à bord du vaisseau. Ce scientifique, tétraplégique, prend alors possession du corps de Camille Wray.

Alors que l’équipage souffre de vives hallucinations, en rapport avec leurs craintes personnelles, Tamara Johansen les isole des autres et tente de trouver l’origine du mal avant que celui-ci ne finisse par menacer la survie de l'équipage.

Le Dr Rush est en proie à un rêve étrange dans lequel il est retourné sur Terre et dévoile des informations sensibles lors d’une réunion de l’Alliance Luxienne, or dans son rêve, il est le Colonel Telford. Il se confie alors au Colonel Young et lui demande s’il est possible que deux jours plus tôt, la mémoire de Telford ait pu se chevaucher avec la sienne. Soupçonnant Telford d’être un espion de l’alliance, Rush parvient à convaincre Young de le laisser à nouveau échanger sa place avec Telford, et retourne sur Terre à l’aide des pierres de communication afin d’en savoir plus. Young, de son côté, à une idée, mais il a besoin, pour cela de l’aide du général Jack O’Neil et du Dr Daniel Jackson.

Avec les informations du Destinée, O'Neill envoie Carter, avec le vaisseau Hammond, arrêter les membres de l'Alliance Luxienne. Grâce à une porte des étoiles de la Voie Lactée, quelques membres de l'Alliance Luxienne réussissent à s'infiltrer sur le vaisseau, et tuent quelques membres de l'équipage.

L'équipage du Destinée découvre qu'il y a un passager clandestin à bord et se dit qu'il y a peut-être un espoir de retourner sur Terre. Chloé et Eli sont dans une situation dramatique et le reste de l'équipage va vivre des heures sombres sur le vaisseau.