Un team di ricerca della base segreta Icarus si ritrova sotto assedio ed è costretto ad evacuare per tornare sulla Terra, tuttavia, una manovra dell'ultimo minuto dello scienziato a last minute Nicholas Rush, porta il gruppo di sopravvissuti a bordo di un vecchio vascello degli Antichi, ormai in pessime condizioni, che si trova a milioni di anni luce dalla Terra.

Il gruppo che si trovava alla base Icarus è stato costretto ad evacuare e ora si trova a bordo di un'astronave degli Antichi a una distanza impossibile dalla Terra. il Dottor Rush afferma di aver ottenuto pieni poteri dal Generale O'Neill, ma la situazione a bordo della nave è sempre più disperata.

La riserva d'aria a bordo della Destiny è ormai agli sgoccioli e una squadra scende su un pianeta desertico per trovare un minerale che possa aiutare nel processo di trasformazione dell'anidride carbonica a ossigeno.

La Destiny è in rotta di collisione contro una stella, e dopo aver tentato di cambiare rotta, l'equipaggio si rassegna ad abbandonare la nave con gli shuttle ancora funzionanti. Purtroppo non tutti i membri del gruppo potranno usufruirne e il Colonnello stabilisce una lotteria per assegnare i diciassette posti disponibili.

Nel poco tempo che rimane si creano alleanze e dispute, intanto Eli sta cercando di creare una sorta di messaggio nella bottiglia con l'aiuto di Kino, ma l'equipaggio della Destiny non sa che ci sono altre forze all'opera...

Nonostante il severo razionamento e le guardie di sicurezza, la riserva d'acqua continua a diminuire. Rush non riesce a trovare una spiegazione, ma se intendono sopravvivere devono trovare presto un modo per rifornirsi di acqua.

Le pietre degli Antichi per la comunicazione a lungo raggio vengono usate dall'equipaggio della Destiny per mettere a punto un rischioso piano che potrebbe consentirgli di tornare sulla Terra.

Mentre si trovano su un pianeta in missione, alcuni membri dell'equipaggio trovano una delle videocamere volanti della nave con del filmato che non è stato ancora girato.

Alcuni membri dell'equipaggio della Destiny usano le pietre degli Antichi per comunicare con i loro cari sulla Terra e rassicurarli sulle loro condizioni.

Uno dei superstiti della missione Icaro a bordo della Destiny viene accusato di aver commesso un crimine e l'equipaggio deve indagare per stabilire i fatti.

L'equipaggio della Destiny scopre un manufatto degli Antichi che trasporta il Colonnello Young su un vascello alieno sconosciuto.

Molti dei civili sulla Destiny si ribellano e tolgono il controllo della nave al personale militare.

Mentre impegnato a sperimentare le funzionalità del computer della nave, Rush viene catapultato in un periodo della sua vita in cui ha vissuto un dramma personale.

Greer resta intrappolato tra i detriti e, creduto morto, abbandonato su un pianeta desolato.

Quando uno dei dodici motori FTL della Destiny esplode per un sovraccarico, l'equipaggio chiama un brillante scienziato dalla Terra per aiutare a trovare una soluzione.

La squadra di ritorno dall'ultimo pianeta visitato porta con sé dei parassiti, che si diffondono tra l'equipaggio della nave.

Il Dott. Rush prende visione in sogno di alcuni ricordi del Col. Telford, a seguito degli scambi di coscienza derivanti dall'utilizzo del dispositivo di comunicazione degli antichi.

Il Col. Telford viene fatto quasi morire ed in seguito rianimato per eliminare gli effetti del lavaggio del cervello di cui era succube, raccontando così tutto quello che l'Alleanza Lucian ha intenzione di fare.

Mentre continuano gli scontri tra le due fazioni sulla destiny, un altro fattore esterno all'astronave contribuisce a complicare la situazione.