A Csillagkapu 9. ékzárát tanulmányozó titkos kutatócsoport bázisát megtámadják, így a csapat kénytelen a titokzatos kapun átkelve menekülni. A túlélők egy ősrégi űrhajóra, a Destiny-re kerülnek, amely azonban mindenki megdöbbenésére több millió fényév távolságra lebeg a Földtől. Miután Dr. Nicholas Rush (Robert Carlyle) kapcsolatba lép az otthoniakkal, megdöbbentő hírt közöl a többiekkel: a Destinyt az Ősök tervezték, útja megváltoztathatatlan, mivel előre beprogramozták. Nincs menekvés, nincs visszaút a Földre. A hírt azonban nem mindenki fogadja el...

A Destiny legénységének máris egy halaszthatatlan problémát kell megoldania. A életfenntartó rendszer meghibásodott, az életükbe kerülhet, ha nem javítják meg villámgyorsan...

Scott hadnagy és Dr. Rush egy lakatlan bolygóra utaznak annak reményében, hogy ott olyan ásványokra bukkannak, amelyek segítségével a Destiny életfenntartó rendszerét tovább tudják működtetni.

Az első feladat után máris jön a következő: Dr. Rushnak meg kell fejtenie, hogy miért merültek ki majdnem teljesen az űrhajó energiatartalékai. Young ezredes elrendeli, hogy mindenki minimalizálja az energiafogyasztását, ám ezzel a probléma még korántsem oldódik meg. Az életfenntartó rendszeren kívül rövidesen minden működésképtelenné válik. Szerencséjükre a Destiny elér egy másik naprendszert, így a legénység bizakodni kezd, hogy talán még megérik a másnapot...

A Destiny egyenesen a Nap felé tart, és mivel útja előre beprogramozott és megváltoztathatatlan, a hajón utazók felkészülnek a legrosszabbra. Egy esélyük maradt csupán: egy közeli bolygóra tudnak evakuálni, de mivel nem tudnak mindenkit átszállítani, Young ezredes úgy dönt, hogy a szerencse fogja eldönteni, ki kaphat esélyt a megmenekülésre. Végül a hajón rekedteket is kellemes meglepetés éri...

Elérkezik az idő a készletek újratöltésére. A legénység egy jéggel borított bolygóról próbál vizet szerezni. Miközben Young ezredes és Scott hadnagy a jég begyűjtésével foglalatoskodik, idegen lények támadják meg a legénység többi tagját.

Young, Eli és Chloé egy ősrégi kommunikációs módszert használva, tudatukkal visszatérnek a Földre, Egy igen kockázatos tervet készülnek megvalósítani, amelynek segítségével talán mindanyiuknak sikerülne teljes fizikai valójában visszajutni a Földre. Dr. Rush szerint azonban a terv bukásra van ítélve.

A Destiny legénysége egy titokzatos dzsungellel borított bolygóra bukkan. Felfedező útjuk során egy jövőből érkezett Kinót találnak, amely sokkoló képsorokban tárja eléjük jövőjüket: A film szerint fertőző vírus fogja elpusztítani őket. Vajon a jövő tudásának birtokában elkerülhetik-e végzetüket?

A Destiny-vel még mindig csak ismerkedő csapat egy széket talál a fedélzeten, amely kísértetiesen hasonlít arra, amelyre O?Neil tábornok bukkant az Antarcticán. Tartva az ismeretlentől Young ezredes mindenkinek megtiltja, hogy beleüljön?eközben Scott hadnagy és Camille a kommunikációs kő segítségével meglátogatják szeretteiket...

Spencer őrmestert valaki meggyilkolta. Mindenki megdöbbenésére a gyilkos fegyver Young ezredes szobájából kerül elő. Egyelőre nem tudni, hogy vajon tényleg ő-e a bűnös, vagy valaki rá akarja terelni a gyanút...

Young ezredes visszatér a Destiny-re, ám Dr. Rush nélkül. Miért hagyta hátra a tudóst? Miközben Young megpróbál a Földdel kapcsolatba lépni a "kommunikációs kövek" segítségével, egy földönkívüli űrhajón találja magát. Bár sikerül visszatérnie a Destiny-re, maga után vonzza az idegeneket is, akik elrabolják Chloe-t...

Bár Chloe és Dr. Rush megmenekültek az idegenek karmaiból, még mindig rémálmok gyötrik őket: a fogság rengeteg félelmetes emléket égetett az agyukba. Dr. Rush azt gyanítja, hogy a földönkívüliek nyomkövetővel jelölték meg őket, és most rájuk vadásznak. Eközben a Destiny-n utazó civilek, megelégelve a katonai vezetést, puccsot hajtanak végre...

Miközben Dr. Rush az űrhajó számítógéprendszeréből igyekszik használható információkat kicsiholni, megrohanják a múlt fájó emlékei: annak idején, amikor a felesége beteg volt, Rush nem volt képes a problémákkal szembenézni, és inkább a munkába menekült. Ezért jelentkezett a Csillagkapu Programba.

A Destiny váratlanul útnak indul, így Scott, Chloe, Eli és Greer egy lakatlan bolygón ragadnak. Dr. Rush és Young ezredes igyekeznek a hajóval visszajutni hátrahagyott csapattársaikhoz. Az idő azonban nem nekik dolgozik, mivel a Destiny előre beprogramozott útja szerint a hajó rövidesen elhagyja a galaxist.

A Destiny-n utazóknak még mindig nem sikerült Eli, Chloe és Scott nyomára bukkanniuk. Ráadásul Dr. Rush számításai szerint jelenlegi energiafogyasztásukat figyelembe véve a Destiny képtelen lesz elérni a következő galaxist, így a csapat halálra van ítélve...

A Destiny legénységét megfertőzi egy parazita vírus, amely hallucinációkat okoz. Van akinek hőn áhított vágya, van, akinek legnagyobb félelme jelenik meg valósághűen. Az egyelőre egészségeseknek valahogy meg kell állítaniuk a betegség terjedését.

Dr. Rush a kommunikációs kövek által okozott emlékei miatt azt gyanítja, hogy Telford ezredes az ellenséges Lucian Szövetség titkos kémje. Young ezredes és O'Neil tábornok tervet eszelnek ki az áruló leleplezésére.

Miután sikerül Telford ezredesből kicsikarni az igazságot a Destiny legénységének fel kell készülnie a Lucian Szövetség támadására. Az ellenségnek azonban sikerül feljutnia a hajóra, ahol túszokat ejtenek.

Young ezredes és Camille teljes erőbedobással küzdenek a Destiny megmentéséért, ám úgy tűnik mindhiába. Camille végül úgy dönt, hogy megpróbál alkut kötni Kivával, aki azonban kemény tárgyalópartnernek bizonyul. Mindeközben az űrhajó energiaellátása akadozni kezd, megnehezítve az eleve válságos helyzetet...