Za vrijeme službenog posjeta senatora Armstronga (Chris McDonald), njegove pomoćnice Chloe (Elyse Levesque) i Elija Wallacea (David Blue) Icarusu, tajnoj vojnoj bazi u svemiru, baza je napadnuta i brigadir Young (Louis Ferreira) nema izbora nego zapovijediti povratak na Zemlju. Međutim, znanstvenik dr. Nicholas Rush (Robert Carlyle) u posljednjem trenutku aktivira svoj eksperimentalni manevar za bijeg koji sve transportira u daleki svemir. Preživjeli se nađu na nenaseljenom brodu Destiny milijardama svjetlosnih godina daleko od Zemlje. Kad dr. Rush izjavi da nema nade da se ikad vrate kući, izbije panika, a situacija se zahukta kad počnu otkazivati sustavi za snabdijevanje zrakom. Vrlo brzo posada se počne dijeliti na one koji se žele vratiti na Zemlju i one koji žele ostati na brodu.

Za vrijeme službenog posjeta senatora Armstronga (Chris McDonald), njegove pomoćnice Chloe (Elyse Levesque) i Elija Wallacea (David Blue) Icarusu, tajnoj vojnoj bazi u svemiru, baza je napadnuta i brigadir Young (Louis Ferreira) nema izbora nego zapovijediti povratak na Zemlju. Međutim, znanstvenik dr. Nicholas Rush (Robert Carlyle) u posljednjem trenutku aktivira svoj eksperimentalni manevar za bijeg koji sve transportira u daleki svemir. Preživjeli se nađu na nenaseljenom brodu Destiny milijardama svjetlosnih godina daleko od Zemlje. Kad dr. Rush izjavi da nema nade da se ikad vrate kući, izbije panika, a situacija se zahukta kad počnu otkazivati sustavi za snabdijevanje zraka. Vrlo brzo posada se počne dijeliti na one koji se žele vratiti na Zemlju i one koji žele ostati na brodu.

Sustavi za snabdijevanje zrakom na brodu Destiny otkazuju pa je dio posade prisiljen spustiti se na planet prekriven pustinjom u potrazi za mineralom potrebnim da se zrak na letjelici očisti od ugljičnog dioksida. Usprkos nepodnošljivoj vrućini, tim se podijeli u dvije skupine. Dok se jedni trude što prije pronaći dragocjeni mineral, drugi imaju svoje prioritete. Kad postane očito da dr. Rush (Robert Carlyle) više ne može, por. Scott (Brian J. Smith) odluči nastaviti sam, pa zapovijedi nar. Greeru (Jamil Walker Smith) da premorenog znanstvenika vrati na sigurno. U međuvremenu, na brodu brig. Young (Louis Ferreira) javlja se na dužnost, a Chloe (Elyse Levesque) ima posljednju priliku vidjeti mamu.

Dr. Nicholas Rush (Robert Carlyle) probdije noć ne bi li shvatio zašto su rezerve struje na brodu kritički male. Svoju zabrinutost prenese brig. Youngu (Louis Ferreira) koji odmah zapovijedi posadi da bitno smanji potrošnju. Iznenada se sve ugasi. Izmoren i iznerviran Rush izjavi da će svi pomrijeti za nekoliko dana. Međutim, otkrije se da je Destiny na putu u solarni sustav u kojem su tri planeta pa se posada ponada da bar na jednom od njih postoje uvjeti za život. Za to vrijeme Eli (David Blue) presretne privatne poruke pojedinih članova posade napisanih za slučaj da ne prežive.

Destiny je i dalje bez struje, a pokušaj da se spriječi kolizija sa zvijezdom je propala što situaciju na brodu čini kritičnom. Ubrzo se osmisli plan napuštanja broda u nadi da jedan od nadolazećih planeta ima uvjete za život. Nade se brzo rasprše kad brig. Young (Louis Ferreira) objavi da ima prostora za samo 17 osoba te da će lutrijom odrediti imena sretnika. Dr. Rush (Robert Carlyle) i brig. Young odluče ostati na brodu, dok će se ostali pouzdati u sreću. Ubrzo se počnu stvarati savezi, no nitko ni ne sluti o snazi sila koje su odavno na djelu.

Usprkos oštrim mjerama i neprestanoj kontroli zaliha vode na Destinyju sve je manja. Dr. Nicholas Rush (Robert Carlyle) nema objašnjenja za taj problem, no ako žele preživjeti, moraju pronaći nov izvor vode. Jedini planet u blizini je smrznuta pustoš, okružen rijetkom i otrovnom atmosferom. Brig. Young (Louis Ferreira) i por. Scott (Brian J. Smith) upute se na površinu planeta u nadi da će skupiti dovoljno leda da njime upotpune zalihu vode. U međuvremenu, na Destinyju por. Tamara Johansen (Alaina Huffman) pokušava uloviti odgovornoga za gubitak vode.

Situacija na brodu Destiny sve je teža pa general O'Neill (Richard Dean Anderson) zapovijedi brig. Youngu (Louis Ferreira) da se provede riskantni plan kojim bi se posada teoretski mogla vratiti na Zemlju. Brig. Young pokuša kupiti vrijeme kako bi se konzultirao s posadom čiji su životi u opasnosti. Eli (David Blue) i Chloe (Elyse Levesque) imaju dopuštenje koristiti se komunikacijskim kamenjem kako bi posjetili Zemlju i možda posljednji put vidjeli svoje voljene. No njihov posjet nije onakvim kakvim su ga zamišljali pa svoje razočaranje pokušaju utopiti u alkoholu.

U posjetu novootkrivenu planetu obraslom džunglom posadu iznenadi pronađeni Kino. Skidajući podatke s Kina, Eli (David Blue) vidi videozapis ekipe koja je posjetila planet prije njih. Tajna nastanka videozapisa manja je briga otkako su članovi posade počeli obolijevati. Budući da se ne smiju vratiti na Destiny kako ne bi proširili infekciju, tim se ulogori u džungli ne znajući da će, kad padne mrak, bolest biti njihova posljednja briga.

Pomoću komunikacijskog kamenja por. Scott (Brian J. Smith) i Camile (Ming-Na) koriste vrijeme na Zemlji kako bi posjetili one koje su ondje ostavili. Camile je sa svojim voljenim pokušavajući učiniti neobične okolnosti što normalnijima. U međuvremenu por. Scott uviđa da njegova veza nije završila onako kako je očekivao. Na Destinyju dr. Rush (Robert Carlyle) nadgleda istraživanje novih dijelova broda. Tražeći načine da si olakša svakodnevicu, posada nađe tehnologiju Drevnih koja je možda može vrati kućama. Iako mu je donekle poznata, dr. Rush ne može jamčiti njezinu sigurnu uporabu.

Svi su šokirani kad jedan član posade premine uslijed ranjavanja metkom. Iako se na prvi pogled čini da je riječ o samoubojstvu, oružju ni traga. Posada je ograničena na svoje prostorije dok se ne provede istraga. Kako je pištolj pronađen u odajama brig. Younga, on postaje glavni sumnjivac i pristaje na suđenje predavši zapovjednu dužnost Camile. Dr. Rush nagovara Camile da mu prepusti kontrolu nad znanstvenim timom i dopusti istraživanje novog traga Drevnih. koja prijeti Destiny.

S pomoću komunikacijskog kamenja Everett Young sprema se poslati izvještaj na Zemlju o nedavnim slučajevima smrti na brodu Destiny.

Dr. Nicholas Rush and Chloe suffer nightmares following their ordeal on the alien vessel, and Rush suspects that a tracking device may have been placed on the ship's hull. Later, a splinter group on Destiny executes a coup with life-threatening consequences.

Ignorirajući zapovijedi, dr. Rush se izravno poveže s kompjutorom preko stolice za sučeljavanje u nadi da će otkriti šifru potrebnu za kontroliranje Destinyjeve putanje leta. Doznavši za to naknadno, brig. Young nevoljko dopusti Rushu da riskira sve živote u nadi da će doista pronaći prijeko potrebnu šifru. U međuvremenu, posada otkrije tragove bivše civilizacije. Por. Scott, Chloe, Eli i Greer spuštaju se na planet kako bi istražili podzemne ruševine.

Tri člana posade zalutala su na planetu, a Destiny samo što nije prešao u drugu galaksiju i time uništio i posljednju nadu da ikad stigne na Zemlju. Dr. Rush (Robert Carlyle) izračuna da, usprkos nedavnim pokušajima da sačuvaju napajanje, Destiny neće uspjeti stići na iduće odredište. S pomoću komunikacijskog kamenja na brod dolazi stručnjakinja za to, Amanda Perry (Kathleen Munroe), genijalna znanstvenica i bivša Rusheva ljubavnica.

Nekoliko članova posade počne patiti od uznemiravajućih halucinacija kojima se ostvaruju njihovi osobni strahovi i želje. Neki se čak zabrinu da ih je stresni život na brodu stajao živčanog sloma. Nakon izolacije oboljelih dr. Tamara Johansen (Alaina Huffman) vjeruje da su halucinacije povezane s planetom koji su posljednji posjetili. Budući da ih ima sve više članova posade, mora što prije otkriti što ih uzrokuje jer postaju opasne po život.

Za por. Scotta (Brian J. Smith), Elija (David Blue), Chloe (Elyse Levesque) i Greera (Jamil Walker Smith) situacija postaje neizdrživa. Dok su bili zatočeni ispod ruševina u podzemnom labirintu, Destiny je otputovao bez njih pa sad, osim što moraju pronaći izlaz, moraju i naučiti živjeti bez Destinyja. U međuvremenu, dr. Rush (Robert Carlyle) i brig. Young (Louis Ferreira) smišljaju plan kojim će vratiti izgubljene članove posade na brod. Rush se međutim razočara kad uvidi da će Destiny uskoro promijeniti galaksiju i zauvijek ih dodatno udaljiti od kuće.

Dr. Rush (Robert Carlyle) usne težak san u kojem je ponovno na Zemlji i otkriva osjetljive informacije na tajnom sastanku s Lucijskim savezom. Neobično je što to sve čini kao brig. Telford (Lou Diamond Phillips). Svoje snove Rush prepriča brig. Youngu (Louis Ferreira) koji se odmah zapita da nije možda došlo do preklapanja memorije uslijed nedavnoga Rusheva mijenjanja s Telfordom. Sumnjajući da je Telford lucijevski špijun, Rush nagovara Younga da mu dopusti da se pomoću komunikacijskog kamenja vrati na Zemlju i ponovno zamijeni s Telfordom ne bi li potvrdio svoje sumnje. Young ima drugi plan za čiju provedbu treba pomoć generala Jacka O'Neilla (Richard Dean Anderson) i dr. Daniela Jacksona (Michael Shanks).

Brig. Young (Louis Ferreira) ubije brig. Telforda (Lou Diamond Phillips) kako bi ga deprogramirao budući da mu je Lucijski savez isprao mozak i time izazvao tragediju u Icarusu. No Telford priznaje da Destinyju prijeti opasnost od invazije Lucijskog saveza pa gen. O'Neill (Richard Dean Anderson) zapovijedi napad na lucijevsku tajnu bazu. U galaksiji Mliječna staza vođa Lucijskog saveza Kiva (Rhona Mitra) prisiljava zatočenog Rusha (Robert Carlyle) da im pomogne inscenirati napad na Destiny.

Suludi pokušaj Lucijskog saveza da preuzme kontrolu nad Destinyjem kulminira zarobljenima i poginulima na objema stranama. Usto, napajanje na Destinyju sve je slabije što dovodi do čestih kratkih spojeva. Da bude još gore, dr. Rush zaključi da te fluktuacije u napajanju uzrokuju smrtonosni izljevi radijacije iz binarnog pulsara zbog kojeg će uskoro otkazati štitovi i pomrijeti svi na brodu.