Un grupo de militares, científicos y civiles quedan atrapados en la nave lantiana Destiny, que esta a varios millones de años luz de la Tierra. Tras las heridas sufridas por el Coronel Young durante la huida, el Dr. Rush tratara de tomar el mando de la situación ayudado por el Teniente Scott y Eli Wallace.

Tras la llegada a la nave, el equipo descubre que el sistema de soporte de vida está defectuoso y que el oxígeno se acabará pronto. Entre todos deberán decidir cómo solventar los problemas que la defectuosa estructura de la nave está generando.

Scott, Eli, Rush y varios miembros del equipo viajarán a un planeta desértico para encontrar la sustancia necesaria para reparar el sistema de soporte de vida. Además, Chloe Armstrong tendrá la oportunidad de ver a su madre.

Las reservas de energía de la Destiny están en un nivel crítico. Eventualmente los sistemas de la nave comienzan a fallar. Cuando todo parece perdido, la nave se dirige hacia tres planetas con posibilidad de ser habitables. Mientras tanto, Eli Wallace graba mensajes individuales de la tripulación en caso que no sobrevivan.

La Destiny se encuentra en rumbo de colisión, lo que lleva a la tripulación a una situación critica. Se plantea el uso de una cápsula de escape para aterrizar en uno de los planetas contiguos para averiguar si son habitables. Sin embargo, sólo diecisiete personas pueden viajar en ella, lo que hará que se planee una lotería para ver quién sube, abandona la nave y quién no.

Cuando el agua potable empieza a escasear en la nave, ésta encuentra un planeta helado donde podrán reabastecerse. El coronel Young y el teniente Scott realizarán una peligrosa misión de reconocimiento para buscar el ansiado agua.

La tripulación de la Destiny utilizará las piedras de comunicación Antiguas para permitir a algunos miembros de la tripulación volver a la Tierra para llevar a cabo un arriesgado plan que podría llevar a la tripulación a casa.

En un viaje a través del Stargate, un equipo llega a un planeta selvático donde encuentran un Kino con imágenes de ellos mismos que no se han grabado aún y en la que se alerta de un grave problema.

Rush encontrará una silla semejante a la encontrada por el SG1 capaz de almacenar la información de la nave sobre y cómo tomar el control de la misma. Sin embargo, su utilización entraña un grave peligro que el Coronel Young no está dispuesto a correr. Camile Wray y el teniente Scott visitarán la Tierra con las piedras de comunicación. Young descubre a su esposa siendo visitada por Telford.

El Coronel Young cede el mando de la nave después de que se vea implicada su arma en el asesinato de uno de los miembros de la tripulación. Mientras tanto, la Destiny se detiene en un Stargate en cuyo planeta hay una nave alienígena abandonada.

Un accidente con las piedras de comunicación envía la conciencia del Coronel Young a una nave alienígena, provocando el primer encuentro de la tripulación con seres extraterrestres. Ello provoca en conflicto entre la Destiny y los alienígenas, que asaltan la nave en busca de prisioneros.

La Destiny se detiene cerca de una estrella en la que orbita un desconocido planeta, esta vez sin activar el reloj de cuenta atrás. El teniente Scott dirige un pequeño equipo a la superficie del planeta, donde los exploradores se sorprenden al encontrar una gran variedad de alimentos, agua y sol.

El Dr. Rush arriesga su vida en un experimento con el ordenador central de la nave que hace que reviva experiencias pasadas, cuando fue reclutado para el programa Stargate. Mientras, un pequeño equipo queda atrapado cuando exploraban un planeta con unas ruinas parecidas a las romanas.

El equipo atrapado en las ruinas del planeta intentará volver a la nave. Greer revivirá recuerdos de su abusivo padre. Mientras tanto, la tripulación de la Destiny continúa intentando acceder a los controles de vuelo de la nave, para poder rescatar a Eli, Chloe, Scott y Greer.

Cuando uno de los motores FTL de la Destiny explota, la tripulación llama a una mente inteligente de la Tierra para ayudar en la crisis: se trata de una científica tetrapléjica que temporalmente toma el cuerpo de Camille Wray.

Tras abandonar la galaxia en la que se encontraban algo extraño le sucede a la tripulación de la Destiny. Empiezan a ver y sentir cosas extrañas dentro de la nave, e incluso algunos creen que se están volviendo locos. La paramédico TJ intentará encontrar una solución al problema.

Una noche, el Dr. Nicholas Rush tiene un extraño sueño que rápidamente asocia con la causa del ataque a la base Ícaro, e intenta demostrar que se trata de un recuerdo remanente de un antiguo intercambio con las piedras de telecomunicación. Debido a ello, se descubre que el coronel Telford fue descubierto durante una infiltración en la Alianza Lucian y que trabaja para ellos tras ser expuesto a una tecnología que controla su voluntad. Young y el general O'Neill trataran de deshacer el lavado de cerebro para que Telford pueda revelar los planes de la Alianza.

Tras un fallido intento de detener a la Alianza Lucian por parte del Comando Stargate en la Tierra, los mercenarios llegan a la Destiny donde todo el personal tendrá que estar preparado para hacerles frente. Durante el ataque, la Alianza tomará varios prisioneros entre ellos a la teniente Johansen (TJ). Eli y Chloe serán transportados accidentalmente a un remoto rincón de la nave, mientras que el coronel Young y Camile Wray negociarán la liberación de los prisioneros con la ayuda encubierta de Telford.

Durante la incursión de la Alianza Lucian, los científicos de la Destiny descubren que la radiación de unas estrellas cercanas puede hacer que el escudo falle y todos mueran. Los fallos de la nave provocan desconfianza en los captures de la Alianza Lucian, que consiguen intercambios de prisioneros y tomar el control de la nave, bajo la promesa de mantener con vida a los cautivos. Young decide rendirse en un plan para volver a transferir el control de la nave a Rush con la ayuda de Telford. Mientras, Scott y Greer tratarán de reparar el escudo cuando inesperados acontecimientos dentro de la nave hacen que necesiten la ayuda de Eli.