Egy 8 éves amerikai kisfiú egy kínai rizsföldön ébred, és fogalma sincs, hogyan került erre az Isten háta mögötti helyre. Új részletekre derül fény, amikor a magát Jacobnak nevező fiú felidézi szülővárosa nevét, és egy bevándorlási ügynök, J. Martin Bellamy hazaviszi őt. Állítólagos otthonában egy 60 éves házaspár, Henry és Lucille Langston él, akik 30 évvel ezelőtt veszítették el Jacob nevezetű fiúkat.

Amikor Bellamy Jacob sírjának exhumálása mellett kardoskodik, Langstonék, különösen Fred sheriff, kénytelenek szembenézni a múltjukban rejtőző titkokkal, amelyeket jobb szeretnének nem megbolygatni. Maggie beleegyezik, hogy segítse Bellamy nyomozását, Tom lelkész pedig kapcsolatba lép gyermekkori barátjával, Jacobbal. A Richard család próbálja megszokni Caleb visszatérését, aki másodikként érkezett Arcadiába. Ám Jacobbal ellentétben Caleb azt állítja, hogy nem emlékszik a halálára.

Jacob sírjának feltárása csak még tovább bonyolítja a visszatérése körüli rejtélyt. Henry azzal küszködik, hogy elfogadja 30 éve elvesztett fiának visszatérését. Bellamy és Maggie próbál kapcsolatot találni Jacob és Caleb halála között, és abban reménykednek, hogy a helyi tó rejti a választ kérdéseikre. Nyomozásuk Caleb priuszára is fényt derít, hiszen pár nappal halála előtt rabolta ki azt a bankot, ahol lánya Elaine dolgozik. Tom lelkész élete örökre megváltozik egy megdöbbentő esemény miatt.

Bellamy és Fred seriff nagy nehezen szövetséget kötnek, hogy együtt találják meg Calebet, aki Dale meggyilkolása után elmenekült. Miután Jacob rohamot kap, Maggie megvizsgálja a klinikán, és megdöbbentő dologra derít fényt. Tom lelkész próbál hozzászokni régi szerelme, Rachael (Kathleen Munroe vendégszereplésében) jelenlétéhez Arcadiában.

Maggie egy régi ismerőshöz, Dr. Eric Wardhoz (James Tupper vendégszereplésében) fordul, aki most az Egészségügyi Intézetnél dolgozik, hogy segítsen neki megoldani Arcadia rejtélyét. Állítja, hogy Ward jó barátja, de Bellamy minden idegenre gyanakszik. Rachael (Kathleen Munroe vendégszereplésében) titka rossz kezekbe kerül. A legújabb események fényében Tom lelkész és Bellamy próbálja megnyugtatni a városka lakóit, hogy nem kell tartaniuk a visszatértektől, de néhány lakos máshogy gondolkodik.

Bellamy és Fred seriff segítségével Tom vezeti a Rachael utáni keresést, de a nő helyzete egyre kilátástalanabbá válik, ahogy fogvatartói kezdenek kétségbeesni. Maggie és Dr. Ward folytatják a feltámadott alanyokon végzett orvosi kutatást, és egy sor megdöbbentő felfedezés után már közel az áttörés, ám amikor Arcadiában kitör egy járvány, ők is kénytelenek másra összpontosítani.

Arcadiában teljessé válik a felfordulás, amikor a visszatértek száma kritikus mennyiséget ér el. Bellamynak nincs más választása, mint külső segítséget kérni, ami visszafelé sül el, amikor Fred seriff közbelép saját tervével, és olyan ostromállapotok uralkodnak el a városban, amelyekre senki sem számított.