Batman affronta un nuovo nemico, apparentemente invulnerabile, chiamato Repeller, che utilizza una tecnologia simile ad un prototipo che ha sviluppato la divisione medicale della Wayne-Powers. Bruce accompagna Terry ai laboratori per scoprire chi sia Repeller in realtà.

Dopo che l'ultimo datore di lavoro di China la tradisce e le spara con un'arma sperimentale che induce il suo corpo liquido a sciogliersi lentamente, la supercriminale è costretta a chiedere aiuto a sua figlia che non vede da anni. In cambio di un sostanzioso trasferimento di denaro sul suo conto bancario, la ragazza è disposta ad aiutare la madre a rubare la sostanza attivatrice della sua mutazione.

Un amico da Terry appena uscito di prigione dopo tre anni di carcere, Charlie "Big Time" Bigelow, cerca di convincerlo a tornare sulla via del crimine; Terry dissente e prova a fermarlo per impedire anche a lui di ripetere gli errori del loro travagliato passato e tornare in galera. Quando Charlie finisce per aiutare una banda di ladri che rubano dai laboratori di ricerca della Wayne-Powers, viene esposto ad una sostanza chimica sperimentale molto pericolosa che lo trasforma in un mostruoso gigante.

Talia, la figlia di Ra's al Ghul, è tornata a Gotham bella come un tempo per offrire al suo antico amore Bruce Wayne il dono dell'eterna giovinezza. Dapprima restio ad accettare, Bruce si sottopone poi al processo del Pozzo di Lazzaro, ma non immagina che Talia nasconde un oscuro segreto: Ra's ha infatti trasferito la sua mente nel giovane corpo della figlia, e adesso intende fare lo stesso trasferendosi in quello più agile e forte del suo vecchio nemico Batman.

Batman dà la caccia ad un gorilla geneticamente potenziato fuggito dai laboratori di ricerca in cui gli è stato iniettato DNA umano. Dotato di intelligenza e capace di parlare, il Gorilla è in cerca del malvagio bracconiere che ha rapito sua madre.

Dopo un mortale attentato a Micro, Superman convoca Batman nella Justice League del futuro per poter scoprire un traditore che si nasconde nelle file del supergruppo. Terry accetta l'invito, ma è guardato con diffidenza dai membri più anziani della Lega, Barda, Lanterna Verde, Aquagirl e Warhawk (il figlio di John Stewart e Alata), i quali non lo ritengono idoneo a far parte della squadra. Dopo l'ennesimo attentato che apparentemente costa la vita a Warhawk, Bruce scopre che il traditore della Justice League è proprio Superman e consegna a Terry un frammento di Kryptonite affinché elimini l'Uomo d'Acciaio.

Batman deve ancora affrontare il traditore della JL, tutto ciò però avrà ripercussioni su Batman e sulla JL stessa.

Big Time ritorna a Gotham City, causando problemi sia a Batman, che al suo alter-ego Terry McGinnis, che ancora si sente in colpa per tutto quello che è accaduto al suo vecchio amico. Bruce cerca di mettere in guardia Terry a non lasciarsi coinvolgere.

Terry viene mandato da una vecchia amica di Bruce Wayne, Kairi Tanaka, affinché possa affinare le sue abilità di combattimento nelle arti marziali e, inavvertitamente, fa amicizia con l'erede all'organizzazione criminale del K.O.B.R.A. Dopo che il giovane leader di K.O.B.R.A. rapisce Max per costringerla a diventare sua moglie, Batman si sente responsabile ed è costretto a salvarla. Scopre così i piani di K.O.B.R.A., intenzionati a riportare il mondo indietro a quando i dinosauri dominavano, facendo esplodere una bomba termica che alzerà la temperatura del pianeta e innestando nei loro agenti DNA di rettili trasformandoli in dinosauri umanoidi.

Terry corre in aiuto di Max visto che è stata rapita, e sconfiggere definitivamente l'organizzazione dei Kobra prima che attivino una bomba che distrutta Gotham.

L'androide Zeta torna a Gotham City per cercare il suo creatore, ma cade nelle grinfie del criminale folle Mad Stan, che lo trasforma in una bomba ambulante. Batman e Ro (una cara amica di Zeta) devono rintracciarlo prima che scada il tempo e la bomba installata sul suo corpo esploda.

Terry racconta a Max una delle sue precedenti avventure come Batman, durante la quale ha rivelato inavvertitamente il suo volto ad un bambino, mettendo così in pericolo il ragazzo. I criminali del K.O.B.R.A. infatti lo rapirono per estorcergli l'informazione sull'identità di Batman.