Teenager Terry McGinnis asks a retired Bruce Wayne for help in the wake of his father's murder.

Bruce and Terry team up to fight Derek Powers, and Bruce begins mentoring Terry to fill his superhero shoes.

Terry must deal with a dangerous shape-shifter named Inque, and the experience teaches him that he's not fully prepared to become the next Batman.

Willie Watt, un nerd del liceo deriso da tutti, ruba un robot di costruzione di suo padre per spaventare il capo dei bulli, Nelson Nash. Quando poi Batman cerca di fermare il robot, esso diventa legato a Willie mentalmente, donandogli più potere di quanto ha sempre sognato di avere.

Alla ricerca di una cura per la sua mutazione radioattiva, Derek Powers prova una procedura sperimentale per creare un nuovo corpo clonato in cui trasferire la sua mente. Il suo soggetto per l'esperimento è nientemeno che Mister Freeze, ancora vivo dopo quarant'anni. La sua testa viene così trasferita in un nuovo corpo organico, e il rinato Victor Fries giura di espiare tutte le azioni malvagie del suo passato criminale; ma il dottore in realtà non è cambiato.

Il formidabile Trio, un gruppo di scienziati divenuti supereroi dopo aver acquisito poteri in un esperimento andato male, si fanno strada a Gotham City e diventano gli idoli mediatici del futuro. Magma, Freon e l'Uomo 2-D scoprono però che l'incidente che ha dato loro i poteri non è stato esattamente un incidente.

Derek Powers ingaggia Shriek, un ex ingegnere del suono, diventato un supercriminale, come parte di uno schema elaborato per tenere Bruce Wayne fuori dagli affari della Wayne Powers e prendere il completo controllo dell'azienda. Tocca a Batman (Terry) investigare su questo nuovo mostro.

Terry viene mollato dalla sua fidanzata, Dana, e deve fare i conti con un gruppo di vecchi nemici di Batman (Bruce Wayne), la Gang della Scala Reale, una famiglia criminale travestita da carta da gioco. Terry è molto stressato, fin quando non incontra una ragazza di nome Melanie che sembra condividere i suoi problemi.

Terry scopre che gli atleti della sua scuola fanno uso di steroidi illegali per vincere le partite, e Bruce Wayne sospetta che uno dei suoi vecchi nemici, Bane, possa essere coinvolto nel traffico di sostanze stupefacenti illegali. Batman indaga, ma scopre che Bane è ormai un relitto umano a causa dell'assunzione prolungata di sostanze chimiche nel suo corpo.

Un criminale noto come Spellbinder utilizza una particolare tecnologia ipnotica per orchestrare una serie di rapine, trasformando le sue vittime in suoi complici inconsapevoli. Terry scopre che dietro la maschera si nasconde lo psicanalista della sua scuola.

China viene liberata da un lavoratore malato d'amore, presso lo stabilimento di criogenia dove era detenuta. Intrappolata nella sua forma mutata, China cerca di raggiungere le sostanze chimiche che le permettono di ritrovare ancora una volta la sua forma umana e vendicarsi di Batman e del "misterioso vecchio" che lo aiuta.

Derek Powers continua la sua mutazione in Blight, distruggendo lentamente quello che era rimasto della sua vita normale, e chiede aiuto a suo figlio affinché prenda il suo posto a capo della Wayne-Powers. Paxton Powers sembra inizialmente disposto ad aiutare Batman per riportare suo padre alla normalità, ma lo sta solo ingannando per poter eliminare Blight.