Der gealterte Bruce Wayne stürzt ein letztes Mal in einem verbesserten Batsuit in die Schlacht, aber während des Kampfes erleidet er einen Herzanfall und kann sich nur retten, indem er nach einer Waffe greift. Erschüttert und bestürzt von seiner Handlung entscheidet er sich, sein Dasein als Batman zu beenden. 20 Jahre vergehen. Terry McGinnis, ein unruhiger und eigenwilliger High School Schüler, landet während einer Auseinandersetzung mit den Jokerz vor den Toren von Wayne Manor, wo ihm der alte Bruce Wayne zu Hilfe kommt. Nachdem sie die Jokerz vertrieben haben, bringt Terry Wayne zurück ins Haus und entdeckt dort durch einen Zufall die Bathöhle und das Geheimnis des Besitzers. Wieder zu Hause, erfährt Terry, daß sein Vater allem Anschein nach von den Jokerz ermordet wurde.

Der neue Chef von Wayne-Powers, Derek Powers, hat die Forschungsabteilung der Gesellschaft dazu benutzt, Nervengas zu entwickeln, das bei den Opfern eine Genmutation verursacht. Powers beauftragt seinen Handlanger Mr. Fixx, die Disc wieder herbei zu schaffen, und ist somit für den Tod von Terry McGinnis Vater verantwortlich. Bruce Wayne verlangt von Terry, mit seinen Beweisen zur Polizei zu gehen, aber der Junge hat andere Pläne und bricht in die Höhle ein, wo er sich das modifizierte Batsuite "ausleiht". Der neue Batman stattet Powers und Mr. Fixx einen Besuch ab. Mit der Unterstützung von Bruce Wayne verhindert er den Abtransport des Nervengases, aber während des Kampfes ist Powers dem Gas ausgesetzt und muß mit Radioaktivität behandelt werden, was seine Mutation zur Folge hat. Wayne bietet Terry einen Job als "Assistent" und als der neue Batman für ein neues Gotham an.

Im Auftrag von Derek Powers schleust sich die Formwandlerin und Industriespionin Inque bei einem Konkurrenz-Unternehmen namens Foxtecha ein, um das Angebot der Firma für einen Regierungsauftrag zu untergraben. Bruce Wayne verdächtigt Powers und läßt den neuen Batman ermitteln. Nachdem Batmans Aktionen Powers Aufmerksamkeit erregt haben, ändert er die Anweisungen für Inque und hetzt sie auf Batman und seinen geheimnisvollen Helfer. Sie versteckt sich im Batmobil und gelangt so in die Höhle, wo unter den Trophäen aus Batmans Vergangenheit ein furchtbarer Kampf stattfindet. Bruce Wayne überwältigt Inque schließlich mit Hilfe einer Waffe, die einst einem seiner ärgsten Widersacher gehörte. Der neue Batman übergibt die kampfunfähige Inque an Commissioner Barbara Gordon.

Ein tollpatschiger Teenager wird von seinem "männlichen" Vater ständig ignoriert und verbal mißbraucht. Während eines Besuchs auf einer der Baustellen seines Vaters wird der Junge in einen Unfall verwickelt, auf Grund dessen sein Gehirn mit einem riesigen Konstruktionsroboter, genannt "Golem" verbunden wird. Mit Hilfe seines neuen Verbündeten begibt sich der Junge auf einen Rachefeldzug gegen unliebsame Mitschüler und sogar seinen eigenen Vater.

Derek Powers ist gezwungen, alle 24 Stunden seine künstliche Haut zu wechseln, um seinen radioaktiven Körper zu verbergen. Er erfährt, daß seine Wissenschaftler möglicherweise einen Weg gefunden haben, seinen Verstand in einen normalen Körper zu klonen, doch Powers will, daß diese Prozedur erst an einer anderen Person getestet wird: Mr. Freeze. Es stellt sich heraus, daß Freeze die letzten 50 Jahre in einem Labor, gefangen in seinem Behälter, überlebt hat. Den Wissenschaftlern gelingt es, Freeze Verstand in einen Körper, der keinen Kälteanzug mehr benötigt zu transferieren. Powers ist beeindruckt. Freeze beginnt ein neues Leben, indem er Buße für seine Verbrechen tut. Dennoch weist Bruce Terry an, Mr. Freeze sehr aufmerksam zu beobachten, da er sich nicht vorstellen kann, daß Freeze etwas Gutes im Schilde führt. Terry kann das Mißtrauen seines Mentors nicht verstehen...

Eine neue Heldengruppe ist in der Stadt - The Terrific Trio. Jedermann kennt diese mit Superkräften versehenen Mutanten und sie sind eigentlich mehr ein Werbegag als ein Superhelden-Team. Bruce sieht sie und, mißtrauisch, wie er nun mal ist, vermutet er auch sofort, daß sie etwas Übles vorhaben. Terry wird losgeschickt und hat natürlich alle Hände voll zu tun. Dann wird auch noch die Army auf das Trio angesetzt und sprengt bei ihrem Versuch, die Stadt vor den "Helden" zu retten, beinahe halb Gotham in die Luft.

Derek Powers hat jemanden angeheuert, Batman zu töten - dieses Mal mit Schallwellen. Gleichzeitig versucht er, für "Old Gotham" eine Baugenehmigung zu bekommen, um dort eine weitere Fabrik bauen zu können. Bruce Wayne, der viele Erinnerungen mit dem Stadtteil verbindet, so stand dort früher das Gebäude des GCPD und auch das kino, in dem er den letzten Abend mit seinen Eltern verbrachte, geht offen gegen Powers vor und schafft es, daß ihm die Genehmigung nicht erteilt wird. Powers hetzt Shriek (den Spezialisten für Schallwellen) auf Bruce, so daß dieser ins Krankenhaus eingeliefert werden muß. Dort soll er von einem Miniradio, daß ihm implantiert wurde, während er bewußtlos war, in den Wahnsinn getrieben werden. Er hört ständig eine Stimme in seinem Kopf, die sich als sein Unterbewußtsein ausgibt und ihn auffordert, sein Leben zu beenden.

Die Royal Flush Gang kehrt nach Gotham zurück und stellen bestürzt fest, daß Batman immer noch aktiv ist. Aber dies ist nicht der Batman, den sie seit langem kennen. In der Zwischenzeit hat sich Terry mit seiner Freundin gestritten und läßt sich auf eine intensive Beziehung mit einer neuen Mitschülerin ein. Eine Beziehung, die zu einer heißen Auseinandersetzung wird, als Batman auf die Royal Flush Gang trifft.

Terry wird einem Mitschüler aus seinem Schulsport-Team gegenüber mißtrauisch, besonders, nachdem er herausfindet, daß er in einen Raubüberfall auf einen Laden verwickelt ist. Während des Überfalls wird Jugendliche auf einmal übermächtig und es gelingt ihm, Batman zu schlagen. Als er das Schließfach des Jungen durchsucht, entdeckt Terry, daß dieser süchtig nach "Slapper", einem Supersteroid, ist. Bruce Waynes Untersuchungen der Droge ergeben, daß es sich um eine abgeleitete Form von Venom handelt, und es gibt nur einen Mann, der weiß, wie man Venom herstellt – sein alter Feind Bane.

Ein Angestellter Tiefkühlfirma hat sich in die dort eingefrorene Inque verliebt. Nachdem er gefeuert wurde (eine Videoaufnahme zeigte, wie er ihren Gefrierbehälter küßte, was seinen Vorgesetzten gar nicht beeindruckte), befreit er Inque aus ihrem "Gefängnis", da er am liebsten wie sie sein würde. Inque erklärt sich unter einer Bedingung bereit, ihm zu helfen: Wenn er ein Heilmittel findet, das sie menschlich werden läßt oder sie wenigstens wieder menschliche Gestalt annehmen läßt, wozu sie nicht mehr fähig ist, da das lange Einfrieren ihre Zellstruktur geschädigt hat. Natürlich ist ihr neuer Freund einverstanden.

Eine mit einem Schwert bewaffneter Killerin zieht durch Gotham, getrieben von nur einem Gedanken - Barbara Gordons Ehemann zu töten. In dieser Folge wird ein wenig auf die Geschichte Barbaras in den letzten Jahren eingegangen. So stellt sich zum Beispiel heraus, daß sie eine Zeitlang ein Verhältnis mit Bruce Wayne hatte.

Blights Zustand verschlechtert sich rapide und er wird allmählich verrückt. Er muß seine Haut alle 24 Stunden erneuern und hat nur noch Material für zwei Wochen. Da er seinen Zustand geheim halten will, setzt er seinen Sohn, Paxton Powers, als Geschäftsführer für Wayne-Powers Industries ein. Während einer Konferenz schmilzt seine Haut und gibt den Anblick auf seinen leuchtenden Körper frei. Nun weiß die ganze Welt Bescheid. Er versucht, sich zurück zu ziehen, aber Batman und sein Sohn sind ihm dicht auf den Fersen.