John e Dorian indagano sull'omicidio di Sebastian Jones, un creatore di sexy robot. Un gruppo di criminali albanesi, ex clienti di Jones, si sono messi in proprio e rapiscono vere donne per procurarsi il DNA da impiantare nella pelle delle sexy robot. Naturalmente John e Dorian riusciranno a sgominare la banda.

John e Dorian vengono chiamati perché' un gruppo di banditi ha preso in ostaggio una quindicina di persone e si è' asserragliato all'interno dell'edificio. Le comunicazioni verso l'esterno vengono bloccate, quindi tutte le chiamate che provengono dall'interno vengono dirottate su Dorian. Grazie a questo i due possono restare in contatto con una ragazza che di nascosto li informa su tutte le mosse dei banditi.

Cooper, un agente del 25esimo distretto ed amico di John, viene ucciso da una banda di criminali guidati da il fantomatico Barone. La squadra allora, ingaggia Rudy per una operazione sotto copertura. Rudy dovrà fingersi un bravo produttore di droga per arrivare al Barone. Naturalmente tutto andrà bene e si scoprirà che il Barone è un capitano proprio del distretto di Cooper.

Mentre il capitano Maldonado è in tribunale a testimoniare per mettere in prigione un assassino accusato di aver ucciso un medico a sangue freddo, le due testimoni oculari, rinchiuse in una casa sicura per la loro protezione, vengono aggredite e una delle due rimane uccisa. John e Dorian cominciano ad indagare e scoprono che l'imputato Ethan Avery non è solo l'assassino del dottor Fuller, ma anche il mandante dell'omicidio della testimone e, a quanto pare, anche il suo esecutore materiale. Come è possibile? Tutto il distretto comincerà a cercare di capirlo e di sicuro non mancheranno le sorprese. Nel frattempo, Valerie Stahl, collega e amica di John, il detective Kennex, proprio nel momento in cui scopre come l'imputato abbia fatto a uccidere anche la testimone, viene rapita e come riscatto si richiede proprio la scarcerazione di Ethan Avery.

Si stanno verificando delle strane morti improvvise e John e Dorian scoprono che esiste un traffico di cuori di seconda mano che vengono impiantati su pazienti che stanno per morire. Ma prima di essere impiantati vengono modificati inserendoci un timer, in modo che i pazienti possono essere ricattati: se non pagano il cuore verrà staccato e loro moriranno. Durante la missione Dorian ottiene di portarsi appresso un androide identico a lui che è stato declassato da poliziotto a inserviente per gli stessi motivi per cui era stato declassato lui.

Kennex e Dorian indagano su un killer psicopatico di nome Simon che installa bombe intorno al collo delle sue vittime, trasmettendo in diretta su internet i loro movimenti. Quando Simon riesce ad arrivare a Kennex, l'intera squadra corre in suo soccorso, ma durante l'operazione alcuni problemi nel livello di energia di Dorian generano strani effetti sul comportamento dell'androide.

John e Dorian si devono occupare di uno strano caso. Un uomo viene ucciso grazie a un proiettile con all'interno un localizzatore che riesce a trovare la persona da uccidere a distanza di chilometri. Grazie alla fidanzata dell'uomo ucciso riescono a scoprire che l'uomo veniva ricattato da una organizzazione di trafficanti di armi.

Un bot entra nel deposito prove della polizia, ruba la testa di un XRN e cerca di uccidere un consigliere, che anni prima aveva ottenuto che non si producessero più gli XRN, ma solo gli MX. John e Dorian, parlando con l'inventore degli XRN, il dottor Vaughn, e facendosi aiutare da lui, riescono a rintracciarlo e a distruggerlo. Ma alla fine scoprono che in realtà tutto era stato organizzato proprio da Vaughn il quale per continuare a produrre le sue creature, sta per andare al di là del Muro.

John e Dorian indagano sulla morte di tre ragazze, apparentemente morte per l'overdose di una nuova droga. In realtà la prima, Lila, si era suicidata per mancanza di autostima. Le altre due in effetti sono morte per overdose ma indotta dalla madre di Lila che voleva vendicarsi.

Una coppia che vive in una Smart-House viene uccisa dal loro sistema di sicurezza. In un primo momento si pensa che, dal momento che nel giardino di quella stessa casa, un anno prima era morto un ragazzo, Aaron, ucciso da quello stesso sistema di sicurezza prodotto dalla Synturion, potrebbe trattarsi della ritorsione di un gruppo di Cyber terroristi chiamato Disrupt. Ma poi si scopre che l'artefice dell'omicidio della coppia è una hacker, innamorata di Aaron che vuole distruggere la Synturion.

Un uomo, Eric, che si è sottoposto alla sperimentazione di una nuova tecnica di chirurgia plastica e che è rimasto sfigurato, preleva da alcune persone che uccide le caratteristiche fisiche che vorrebbe avere e se le fa iniettare dal medico che lo aveva sfigurato. Il tutto per piacere a una donna di cui si è innamorato in chat ma che poi scopre essere cieca.

In questo finale delle prima ed unica stagione: vengono trovati dei cadaveri a cui sono stati tolti gli organi interni e riempiti di paglia. Questo ricorda a John un caso che seguì suo padre prima di essere ucciso e per il quale fu arrestato un uomo che in realtà era innocente. Dorian supera brillantemente la revisione e può continuare ad affiancare John.