Az első évad fináléjának varázslatos eseményeit követően, Ichabod egy koporsóban találja magát élve eltemetve; Abbie a purgatóriumban ragad, Ichabod feleségét, Katrinát elrabolja a fej nélküli lovas, Frank Irving százados rács mögé kerül egy gyilkosságért, amelyet nem ő követett el, Abbie testvére, Jenny pedig szörnyű autóbalesetet szenved. Ezek az események nagyrészt annak köszönhetőek, hogy Henry Parish, Ichabod és Abbie bizalmasa valójában Ichabod és Katrina fia és az Apokalipszis második lovasa. Henry, aki nem más, mint a Háború Lovasa a Fej Nélküli Lovas oldalán pusztulást hozhat Sleepy Hollowra.

Ichabod Crane és Abbie Mills hadnagy merész tervet eszel ki, hogy megszöktessék Ichabod feleségét, Katrinát a Fej Nélküli Lovas fogságából, ehhez azonban fel kell támasztaniuk egy Frankenstein-szerű lényt, amelyet Benjain Franklin alkotott. Mindeközben Frank Irving újra bajba kerül, miután feltárja annak részleteit, hogy miként találkozott egy démonnal, Jenny Mills pedig vitába keveredik a város új sheriffjével.

Amikor Sleepy Hollow több lakosa is váratlanul erőszakosan tettekre ragadtatja magát, Crane és Mills kideríti, hogy a szokatlan viselkedésért egy rejtélyes "Júdás érme" felelős, amely tulajdonosa legsötétebb vágyait hozza felszínre. Annak érdekében, hogy visszaszerezzék az érmet, mielőtt még nagyobb káoszt okozna, a Két Tanú egy helyi kalandor segítségét kéri, aki különösen is érdeklődik a ritka és misztikus régiségekért.

Abbie és Crane egy eltűnt gyermek után nyomoz Sleepy Hollowban, és rábukkannak egy lényre, amely a hamelni patkányfogó című mesében szereplő idegenre hasonlít, aki varázssípjával csalogatja el a városka gyanútlan fiataljait a közeli hegyekbe. A különös szerzet és a család története egy ősi átok miatt fonódott össze.

Egy élőhalott nő tűnik fel Ichabod Crane múltjából Sleepy Hollowban, aki nem kíméli az útjába kerülőket. Mindeközben Katrina és Crane nyugtalanító dolgokat tud meg egymás múltjáról, Abbie-nek pedig szokatlan hódolója akad.

Ichabodnak és Abbie-nek egy "Wendigo"-t, vagyis egy vad vérfarkasszerű lényt kell legyőznie, amely emberi vérre szomjazik. A páros versenyt fut az idővel - és a túlságosan is ismerős ellenféllel -, hogy megakadályozzák egy régi jó barát elátkozott fiának végső átalakulását. Mindeközben Frank Irvingre nehéz döntés vár, mert lelkének felszabadításáért gyilkolnia kell.

Katrinának sikerül megszöknie, miután Henry látszólag megmérgezi, és eljut Abbie-hez és Ichabodhoz. Ám hamarosan ráébrednek, hogy Katrinára a halálnál is rosszabb vár. Ha Ichabod meg akarja gyógyítani a feleségét, meg kell győznie Henryt, hogy használja képességeit az édesanyja megmentésére.

Henry új tervet eszel ki, hogy újra megidézhesse Molochot a Földön, ezért elküld egy succubust, amelynek emberi életerőt kell gyűjtenie. Mindeközben Ichabod és Katrina próbálnak újra megbízni egymásban, ám Abbie nem hisz társa feleségének.

Három rejtélyes öngyilkosság történik a tarrytowni pszichiátrián, így Reyes Abbie-t küldi az esetek felderítésére. Abbie hamarosan rájön, hogy édesanyja szellemét látták az épületben, ezért megpróbál utánajárni, hogy vajon Lori felelős-e a tragédiákért.

Miközben Moloch egyre növekszik és arra készül, hogy a világra szabadítsa lovasát, Abbie és Ichabod versenyt futnak az idővel, hogy megtalálják Matuzsálem kardját, mielőtt még a Fej Nélküli Lovas szerzi meg és viszi el mesterének az ereklyét.

Amikor Ichabod és Abbie megtudja, hogy mi az ára annak, ha használják Matuzsálem kardját, dönteniük kell, hogy hajlandóak-e feláldozni magukat Moloch és Henry legyőzéséért.

Ichabod és Abbie próbál magához térni a Molochhal történt összecsapás után, és találkoznak egy Orion nevű angyallal, aki talán a segítségükre lehet. Mindeközben Katrina reménykedik, hogy maradt még emberség Abrahamben.

Egy műkincsrestaurátor rejtélyes halálát követően Ichabodot és Katrinát emlékeztetik egy régi barátjukra a múltból: Abigail Adamsre. Mindeközben Abbie váratlan látogatóval találkozik.

Ichabod, Abbie és Jenny segítségével Nick Hawley szembenéz gonosz gyermekkori gyámjával, Frank Irving százados pedig hozzászokik új… életéhez (?)…

A szálemi boszorkánypert előidéző boszorkánymester megszökik a purgatóriumból, és visszatér, hogy megtaláljon egy veszélyes varázskönyvet. Mindeközben Abbie próbál újra megbízni Frank Irvingben, Henry pedig önmagát keresi.

Ichabod és Abbie harcba száll egy csoporttal, akik egy hatalmas boszorkányszekta újjáélesztésén fáradoznak, Jenny pedig nyugtalanító dolgokat tud meg Frank Irvingről.

A varázslatos sorozat második évada eléri drámai végkifejletét, Sleepy Hollow és lakói soha nem lesznek már ugyanolyanok, mint korábban. Ismerős arcokat veszítünk el, egy kulcsfontosságú kapcsolat pedig örökre tönkremegy.