Die Secret Service Agentin Riley O'Neil wird damit beauftragt Gabriel Vaughn zu beschützen. Gabriel ist die wertvollste Waffe der US-Regierung, denn er hat einen Mikrochip im Gehirn, der ihm erlaubt jeder Zeit Daten aus dem Internet oder aus Datenbanken abzurufen. Als einer der Entwickler des Chips entführt wird, machen sich Riley und Gabriel sofort auf die Suche nach ihm. Außerdem benutzt Gabriel seine besonderen Fähigkeiten, um seine verschwundenen Frau wieder zu finden.

Nach einem Selbstmordanschlag auf einen U.S. Marine-Stützpunkt entdecken Gabriel und Riley ein bisher unbekanntes und sehr gefährliches Bombenmaterial. Außerdem glaubt Gabriel seine seit sechs Jahren verschwundene Frau gesehen zu haben. Er verliert seine Objektivität bei den Ermittlungen und Riley wird zu einer drastischen Handlung gezwungen, um Gabriels Leben zu retten.

Gabriel und Riley bekommen den Auftrag Kate Anderson aufzufinden. Die Analytikerin des CIA hat sich ins Ausland abgesetzt, damit sensible Geheimdienstinformationen nicht in die falschen Hände geraten. Unterdessen entdeckt Gabriel, dass Mei Chen ihre Operation, bei der ihr ein neuer und verbesserter Chip eingesetzt wurde, überlebt hat. Sie besitzt nun die Fähigkeit sich mit Gabriels Kopf zu verlinken.

Gabriel und Riley suchen in Mexiko nach einer entführten Senatoren-Tochter. Das Drogenkartell hält das Mädchen gefangen und fordert den Politiker auf, den Verkauf eines US-Spähsatelliten zu stoppen. Lillian findet unterdessen eine Verbindung zwischen ihrem eigenen Vater und den Entführern.

Gabriel und das Cybercom-Team sollen in Texas einen sich rasch verbreitenden, tödlichen Virus eindämmen. Um „Patient Zero“ zu isolieren, untersucht Gabriel den Ort des Ausbruchs und stellt Schockierendes fest: Der Verdächtige ist ein Häftling, der eigentlich bereits vor einer Woche hingerichtet wurde.

Weltweit werden führende Wissenschaftler, die auf dem Gebiet der künstlichen Intelligenz forschen, von fortschrittlichen Nanorobotern ermordet. Gabriel und das Cybercom-Team versuchen herauszufinden, wer auf der Abschussliste steht. Als sich herausstellt, dass auch Cassidy und sein Sohn in Gefahr schweben, hat das Team alle Hände voll zu tun, die beiden zu beschützen. Außerdem muss die Offenlegung des Projekts „Clockwork“ verhindert werden.

Während sich Gabriel (Josh Holloway) und Riley (Meghan Ory) in Bolivien befinden, um dort einen Präsidentschaftskandidaten vor einem Attentat zu beschützen, ist Gabriel zutiefst überrascht, als sich herausstellt, dass der Hauptverdächtige in diesem Mordkomplott sein bester Freund aus Gabriels Zeit bei den Delta Force ist.

Als Gabriels (Josh Holloway) Erinnerung werden nach einem Angriff auf CyberCom durch einen agressiven Virus gelöscht. Dadurch glaubt er, dass Jin Chong einer der Guten ist und hilft diesem, in Besitz eines strenggeheimen Dokuments zu kommen.

Gabriel (Josh Holloway), Riley (Meghan Ory) und Lillian (Marg Helgenberger) begeben sich nach San Francisco als plötzlich das Zeugenschutzprogramm des FBIs gehackt wird und ein Teilnehmer des Programms erpresst wird, einen terroristischen Anschlag zu verüben. Auch für Lillian sieht die Situation nicht gut aus, denn ihrer Tochter lebt in der Stadt, welche zum Ziel des Angriffs werden soll.

Während Riley und Gabriel einen berüchtigten Hacker verfolgen, finden sie heraus, dass der Verdächtige als Sündenbock dienen soll und eine mächtige Gruppe einen nuklearen Angriff plant.

Gabriel und Riley müssen feststellen, wer Gabriel für einen Mord verantwortlich machen will.

Tetazoo führt unterdessen eine Jagd nach Riley und Gabriel an.

Riley und Gabriel sind schockiert, als die Identitäten von mehreren Schläferagenten enthüllt werden, die innerhalb der amerikanischen Regierung operieren.