어느날 더스트샵에 강도가 침입한다. 그곳에 있던 시그널 아카데미 학생이었던 루비는 강도를 상대로 맞서다 헌트리스를 만나게 되고 기뻐하지만 위험할 뻔 했다며 혼나게 된다. 그때 루비를 만나고 싶다며 비콘 아카데미의 오즈핀 교수가 방문해 루비를 2년 빠르게 비콘 아카데미에 입학시킨다.

비콘 아카데미에 언니인 양과 함께 도착한 루비. 친구를 사귈 자신이 없어 우물쭈물하는데 언니는 먼저 사라진다. 우연히 마주친 슈리 더스트 사의 영애인 와이스와는 최악의 상태로 만났다 헤어지게 되지만 비행선에서 봤던 존이 루비를 도와주며 친구가 된다.

비콘 아카데미 입학식장소에 도착한 루비와 존. 루비는 언니인 양에게 오전에 맞닥트렸던 와이스에 대해 얘기하던 중 와이스와 다시 마주쳐 더욱 사이가 나빠지게 된다. 한편 입학식 후 댄스홀에서 신입생들이 합숙하게 되고 이 때 블레이스와 인사하게 된다.

노라는 렌에게 비콘의 파트너 제도에 대해 얘기하며 둘이 좋은 짝이 될 수 있을 거라고 말하며 들떠있다. 와이스는 우수한 피라에게 함께 파트너가 되자고 얘기하고, 존도 그 둘에게 합세하려다 피라가 우수한 학생인 걸 알고 낙담한다. 그리고 절벽에서 실력테스트가 시작된다.

절벽에서 던져진 입학생들은 처음 만난 사람과 파트너를 짜야 하는데 와이스와 루비가 만나게 된다. 처음에 루비를 못 본 척한 와이스는 이어 존을 만나자 다시 루비에게 돌아간다.

홀로 떨어진 양은 사람들을 찾다 그림 무리를 만나게 된다. 상대하던 중 블레이크의 도움을 받게 되고, 루비와 와이스도 그림무리를 만나지만 전투 방식이 달라 싸우게 된다. 노라와 렌은 능숙하게 그림을 상대한다.

오즈핀 교장과 굿위치 교수는 학생들의 상태를 확인하고, 양과 블레이크는 사원에 도착한다. 존과 피라는 동굴에 들어갔다가 그림을 렐릭으로 착각해 쫓기게 된다.

양과 블레이크가 있는 사원에 노라와 렌, 피라와 존이 도착하고 하늘에서 루비가 떨어진다. 뒤이어 떨어진 와이스까지 모두 모이지만 그림이 나타나 루비가 처지하는 걸 와이스가 돕는다. 이어 거대한 크기의 그림이 나타나고, 모두 합세해 싸우다 마지막은 루비가 일격을 날려 신입생들의 팀이 정해진다,

팀끼리 같은 방을 쓰게 되어 루비 팀은 방을 꾸미느라 난리를 치고, 드디어 첫 수업에 들어가 교수의 그림에 관한 수업을 받게 된다.

수업에 집중하지 못하는 팀원들을 못마땅하게 보던 와이스는 그림과의 실전 수업에 자원해 이기지만 루비에게 계속 화를 내다 헤어지고, 루비는 오즈핀 교장에게, 와이스는 포트 교수에게 팀의 의미에 대해 설명받는다.

파우스트 운동에 대해 수업을 듣던 존은 수업을 따라가지 못하고 카딘과 함께 교수에게 보충 수업을 듣고 과제를 받게 된다. 자신을 도와주려던 피라에게 존은 자신이 부정입학을 했다고 말하고 거절하는데 이를 카딘이 듣게 된다.

카딘이 존의 비밀을 쥔 뒤로 카딘의 모든 잡심부름을 하며 팀원들과 멀어진 존, 야외수업에서도 팀원들에게 가지 못하고 카딘 일당의 뒤만 쫓다 피라를 공격하라고 하자 카딘에게 맞선다.

자신에게 맞선 존을 괴롭히던 카딘을 그림이 공격하고 남은 일당은 도망가지만 루비와 팀원은 존이 있는 곳으로 향한다. 피라의 비밀 도움을 받은 존은 그림을 물리치고, 피라에게 솔직히 말하며 도움을 받게 된다.

바이탈 페스티벌이 열려 루비 팀은 시내로 향하고, 그곳에서 더스트 샵 강도 사건을 듣게 된다. 마침 한 파우누스가 밀항했다는 얘기를 듣고 도망치는 파우누스를 잡다 놓치고, 그 소란에서 신비한 소녀를 마주친다. 그리고 파우누스에 대한 와이스의 적대적인 태도에 블레이크가 화를 내며 사라진다.

블레이크가 사라져 루비 팀은 블레이크를 찾아다니고, 무리와 떨어진 블레이크는 선에게 자신이 화이트 팽의 일원이었다는 사실을 고백한다. 변질되기 전의 화이트 팽이 무죄라고 믿었던 블레이크는 밀항 계획이 있다는 장소에 선과 함께 잠복하고 그곳에서 로만을 상대한다. 소란을 듣고 온 루비 팀과 만나 블레이크는 결국 오해를 풀지만 신비로운 소녀 페니는 사라진다.