踏入私立希望之峰学园的是一名“超高校级的幸运儿”、意气风发的少年苗木诚。但是当他踏入这所学园的瞬间，便失去了意识。再度醒来的苗木发现的是和他一样被关到这所学园监禁的共15名学生。而这一切，竟是一场恐怖游戏的开始。

校长黑白熊强迫着众人接受着“群体学园生活”。来到苗木房间的是苗木中学时代的同级生——“超高校级的偶像”舞园沙耶香。对于她而言，这恐怕是第一次向某人提出两人单独在一起的邀请。

为了找到案件的犯人，第1次命悬一线的学级裁判正式开始。被怀疑的不是别人，正是苗木诚。为了证明自己的清白，苗木进行着誓死抗争。此时对苗木出手相救的，是一个意外的人物。

第1次学级裁判使同伴们之间产生了超越羁绊的东西，但黑白熊表示对此不耐烦，给了他们新的“动机”，声称如果24小时之内如果没有新的案件就要曝光其中某人的黑历史。

第2次学级裁判结束后，剩余幸存者还有10人。此时的黑白熊抛出了“最终的毕业者能获得100万日元”的宣言。另一方面，平日里元气的朝日奈葵的样子突然有些奇怪。她似乎看到了死去的不二咲千寻的幽灵。众人在目击现场所发现的是。

山田一二三、石丸清多夏两人被害事件唯一没有不在场证明的嫌疑人是叶隐康比吕。但是在前一天晚上，在更衣室里传出了不知道是谁发出的呼喊。犯人究竟是谁呢？第3次学级裁判拉开帷幕。

大神樱似乎和“黑幕”有勾结？第3次学级裁判刚刚结束轻松不久就从黑白熊口中得到了惊人的事实。另一方面，不二咲千寻所留下的人工智能“Alter Ego”告诉了众人关于这次事件的契机与重要情报。

大神樱在娱乐室被害事件的搜查开始，十神、腐川、叶隐三人都有嫌疑。第4次学级裁判正式开始。犯人究竟是谁？随着事实的不断揭秘，事态开始混乱。

学园的最高层终于开放。苗木等人看到的是充满着人血气味的教室。这里难道就是“人类史上最坏的绝望事件”的现场吗？在沉重的气氛中，黑白熊呼叫大家集合。

苗木等人对于自己的行动被作为真人秀电视转播而感到无比惊恐。但尽管如此，他们还是要面对第6次学级裁判。被害者是到现在为止还完全没出现过第16名同班同学——战刃骸。没有不在场证明的雾切急需摆脱自己的嫌疑。

“集体学园生活’真正解答篇正式突入！”伴随着黑白熊的这番话语，学园内的所有房间全部开放。步步逼近答案的苗木等人发现了惊人的事实。白骨化的学园长、不记得自己曾拍过的影像、一张张集体照——最后的学级裁判正式开幕。

监视了全员的行动、控制了校长的操作、所有状况的罪魁祸首“黑幕”出现了，但原形居然是一个意外的人物。“黑幕”开始娓娓道来“集体学园生活”的目的与这个世界的真相。在作出令人惊讶的“解答”之前，苗木所做的最后决定出乎所有人的意料。