La mission d’infiltration de Jake est un succès. Malheureusement, un des criminels a réussi à lui échapper. Jake part donc à sa poursuite, avec l’aide de Charlie.

Le sergent Jeffords doit subir une vasectomie et Peralta se propose de l'accompagner à l'hôpital. Santiago voit le capitaine Holt retrouver une vieille rivale, venue évaluer les performances du commissariat.

Jeffords et Holt partent défendre auprès des chefs de la police un budget pour lutter contre le trafic de drogues. Peralta profite de l'absence de ses supérieurs pour organiser les Jimmy Jab Games, un tournoi d'épreuves potache.

Pour Halloween, Peralta propose au capitaine Holt une revanche sur le pari de l'année précédente. Gina a d'autres projets pour la soirée, ce qui énerve Jeffords qui lui reproche sa versatilité.

Un inspecteur des affaires internes vient en inspection dans le district à la recherche d'une taupe. Peralta craint qu'il ne soit accusé parce qu'il a gardé des dossiers classés chez lui.

Jake découvre que sa dernière conquête est l'avocate de la défense dans son affaire. Gina et Charles essaient de tourner la page de leur relation. Rosa essaie de convaincre Amy de se présenter comme délégué syndical contre Scully.

Holt et Jeffords doivent s'absenter pour Thanksgiving et laissent Peralta en charge du commissariat. Comme Santiago le craignait, les choses vont vite dégénérer dans un colis contenant une poudre suspecte est trouvé.

Rosa force Jake et Charles à travailler avec un agent fédéral de la police postale pour leur affaire de trafic de drogue. Santiago essaie d'arrêter de fumer et toute la brigade la soutient.

Jake et Amy partent récupérer un prisonnier et en profitent pour passer une soirée dans un hôtel romantique ; Jake ignore cependant que le couple d'Amy est au plus mal. Terry et Gina essaient de renvoyer Rosa chez elle pour soigner sa grippe. Boyle voit une occasion inespérée se présenter à lui : le capitaine Holt a besoin de conseils culinaires.

Peralta et Diaz parviennent à arrêter le Pontiac Bandit, un truand qui leu réchappe depuis longtemps, mais celui-ci est prêt à devenir une source pour faire tomber le trafic de drogue sur lequel Diaz travaille. Noël approche au district, et alors que Santiago travaille sur un cadeau secret pour le capitaine, Boyle et Gina espèrent que ce Noël va marquer la fin de l'amourette de leurs parents.

Jake et Charles se retrouvent en planque pendant 8 jours pour surveiller un truand ukrainien ; tous craignent que la proximité forcée ne détériore leur relation. Amy découvre qu'elle a inspiré un personnage de conte pour Terry, mais son double ne lui plait pas du tout. Le capitaine se retrouve dans une situation étrange quand son neveu commence à fréquenter Rosa.

Jake et Charles organisent le week-end traditionnel de la brigade dans une maison au bord de la mer. Mais quand il apprend que le capitaine Holt n'a jamais participé à un tel rassemblement, il se sent mal et l'invite. Le reste du groupe voit alors l'ambiance devenir gênante.

Jeffords a besoin d'argent et aimerait que Peralta lui rembourse ses lourdes dettes ; Peralta finit par comprendre vite que Jeffords va être à nouveau père et va garder le secret. Holt et Santiago partent conclure le vieux dossier qu'ils ont rouvert et partent en patrouille.

Peralta sent sa relation avec Sophia se dégrader à cause de leurs emplois respectifs et Jeffords le soutient. Wuntch a soudain besoin de l'aide de Holt et compte se venger d'années de mesquineries. Charles essaie de faire en sorte que Gina accepte que leurs parents se marient.

Suite aux bons résultats de la brigade aux exercices d'attaque, elle est invitée à un exercice où participe des agents fédéraux. Jake compte profiter de l'exercice pour se lâcher et commencer à tourner la page de sa relation avec Sophia.

Le capitaine est d'une humeur massacrante et Peralta veut prouver qu'il n'est pas responsable et que le chef cache quelque chose à la brigade. Boyle se consacre donc à la résolution d'une série de cambriolages, mais Santiago et Diaz se moquent de lui quand son principal suspect est un vieillard.

Jake est heureux : il va revoir son père, un pilote de ligne de petit courrier très absent, mais celui-ci a des ennuis. Le commissariat étant calme, le capitaine Holt donne une énigme à résoudre aux agents sans affaire.

Peralta enchaîne les coups de malchance jusqu'à se retrouver suspendu. Il est persuadé qu'on l'a piégé, Rosa et Amy enquêtent. Boyle se retrouve à travailler avec Scully et Hitchcock, qui pourraient bien le surprendre. Holt et Terry ont plongé malgré eux Gina dans une de ses grandes déprimes où elle abandonne encore la danse.

Peralta se blesse gravement lors d'une course-poursuite mais refuse de prendre du repos tant que le suspect n'a pas été arrêté, malgré Boyle Jeffords. Le capitaine et Diaz ne peuvent plus échapper à un diner, ce qui va les forcer à mélanger vies privée et professionnelle, aussi décident-ils d'inviter Gina et Santiago.

Jake et Amy vont avoir l'occasion de travailler avec une légende du NYPD, mais Jake va vite comprendre que son partenaire a des vues sur Amy. Terry reçoit la visite d'un recruteur d'une société de sécurité privée, et Gina et Boyle font tout pour le faire rester.

Un ex-braqueur a été retrouvé assassiné et Peralta est sûr qu'il y a un lien avec le butin caché de son gang. Devant l'importance de l'affaire, le capitaine veut la confier à une autre équipe mais Wuntch insiste pour que la brigade du 9-9 soit en charge. Jeffords a organisé une visite du commissariat pour l'école qu'il souhaite pour ses filles et compte sur Amy, Rosa et Gina pour accueillir les enfants avec lui.

Pour les besoins d'une nouvelle affaire, le capitaine assigne Jake et Amy ensemble, ce qui met Jake mal à l'aise depuis qu'il a découvert ses sentiments pour elle mais qu'elle a décidé de ne plus fréquenter de policiers. Rosa soupçonne Charles de cacher une soirée surprise pour elle avec Marcus. Holt confie une mission d'importance à Terry et Gina : récupérer une lettre compromettante pouvant faire disgracier Wuntch et le maintenir au 9-9.