Le capitaine Ray Holt prend ses services dans un petit commissariat de Brooklyn. Il fait connaissance avec sa nouvelle équipe, composée de policiers doués mais aux caractères très opposés...

Le capitane Holt décide de chaperonner Peralta dans une simple affaire de vandalisme. Boyle laisse une pseudo-voyante influencer son quotidien, ce qui le perturbe dans une affaire de drogue.

Pour la première fois de sa carrière, Peralta connait une baisse de régime. Santiago et Diaz sont chargés de parler aux jeunes délinquants pour les convaincre d'intégrer l'école de police. Jeffords se lance dans un projet secret.

Peralta seconde Boyle sur une affaire, mais étant incapable de tenir en place, il flirte avec le médecin légiste. Santiago est persuadé que le capitaine est tendu, bien que personne dans le commissariat ne puisse déchiffrer le visage du chef.

À vouloir s'obstiner à résoudre une affaire de meurtre seul, Peralta voit un agent de la brigade criminelle qu'il déteste lui dérober l'affaire. Holt souhaite reprendre quelques leçons de tir et demande à Jeffords de l'aider.

La soirée de Halloween est un cauchemar avec ses arrestations en costume que Santiago déteste, et Boyle essaie de lui faire apprécier la soirée. Peralta lance un défi à Holt : pendant la soirée, il parviendra à lui dérober une médaille. Jeffords essaie de comprendre qui est vraiment Diaz.

Peralta a arrêté un braqueur qu'il connait bien, mais cette fois-ci sans preuve. La brigade a 48 heures pour trouver une preuve ou ils devront le relâcher. Boyle se retrouve coincé entre Diaz et Gina, qui veulent se départager sur la meilleure tarte de New York.

Une des idoles de Peralta vient dans son commissariat pour écrire un article sur l'évolution de la police en 35 ans. Diaz suit les conseils de Jeffords et Boyle pour paraître plus sympathique lors des procès.

Peralta insiste pour enquêter sur l'incendie d'une pizzeria de quartier, mais il va devoir s'opposer aux pompiers qu'il déteste. Suite à un piratage informatique, Jeffords cherche quelqu'un pour s'occuper de la sécurité, mais le capitaine insiste pour qu'il cherche avec Gina. Grâce au piratage, Santiago apprend que Diaz a reçu une proposition pour être capitaine d'un commissariat de quartier.

À l'approche de Noël, le capitaine Holt n'est pas d'humeur : il a reçu des menaces de mort et ses supérieurs lui ont imposé une protection rapprochée ; il choisit Peralta. Souhaitant faire une carte de Noël, Santiago essaie de prendre une photo de Diaz souriante, ce qui n'arrive jamais.

À peine remis de ses blessures, Boyle revient au commissariat, mais sa condition dérange ses collègues. Diaz trouve un témoin-clé pour une vieille affaire de Peralta.

Peralta et Santiago arrivent au terme de leur pari et Jake gagne : il organise donc le « pire rendez-vous qui soit » pour sa collègue. Le même soir, le commissariat se retrouve pour fêter la décoration de Boyle, qui ne contrôle plus ce qu'il dit depuis qu'il est sous médicaments.

Peralta et Boyle enquêtent sur un trafic de stéroïdes dans une salle de sport, mais ont des scrupules à infiltrer le sergent Jeffords, encore fragile. Le capitaine Holt ordonne à Santiago et Diaz d'enquêter sur le cambriolage de l'appartement de Gina.

C'est la période de l'année où les brigades rendent leurs statistiques. Le commissariat tente donc de classer le plus d'affaires possibles, et Jeffords et Holt essaient d'optimiser le rendement. Pendant une dernière affaire, Peralta apprend que Santiago pourrait aller à la brigade criminelle.

Le mari du capitaine a invité la brigade pour une réception huppée chez lui. Jeffords craint que les manières des agents de police ne ruinent tout et essaient de les briefer avant de se rendre à la soirée.

Peralta essaie de recentrer Boyle, dépassant les limites dans sa nouvelle relation amoureuse. Santiago et Diaz se font réprimander par Jeffords parce qu'elles se sont moquées d'un témoin venu en tenue de super-héros. Le capitaine Holt organise l'élection du prochain président de l'association défendant les policiers noirs et gays, qu'il a créée et toujours dirigée.

Le capitaine Holt fait passer des évaluations à toute son équipe. Peralta a d'autres problèmes : il va être expulsé de son appartement s'il ne le rachète pas, or Gina découvre que l'inspecteur est extrêmement dépensier.

La brigade participe à une journée de formation aux nouvelles armes se concluant par une simulation d'opération ; ce sera l'occasion de repenser les rapports entre policiers du district 99. Au poste, Gina découvre que le capitaine Holt est devenu accro à un jeu pour smartphone.

Peralta prend un jour de congé pour assumer son rôle de témoin et aider Boyle à son mariage ; il va découvrir que les projets des futurs mariés sont incompatibles. Diaz est réprimandée par le capitaine Holt pour s'être moqué d'un collègue incompétent. Jeffords, Santiago et Gina commencent ensemble un régime drastique.

Jake hérite d'un congé exceptionnel pour ses statistiques d'arrestation et veut en profiter pour résoudre une affaire impossible vieille de huit ans. Amy est coincée entre son engagement pour le capitaine Holt et un week-end organisé avec son petit-ami. Gina et Rosa confient à Charles l'un des secrets du bâtiment.

Jake célèbre son renvoi de la police par une soirée alcoolisée. Une semaine plus tôt, alors que Boyle tombait en dépression après sa rupture, Jake insistait pour enquêter sur un philanthrope qu'il suspectait d'être impliqué dans un trafic de drogues, mais ses supérieurs lui ordonnaient d'abandonner.