モンティの遺言を聞いたクラークたちは、彼が見つけたアルファ星という星の調査に乗り出す。一見、平和に暮らせそうな美しい星であったが、そこでは次第に不可解な出来事が起こり、仲間たちの様子にも異変が生じるようになっていく。一方、残された母船の中では、アビーとレイヴンが対立していた。そんな中、負傷していたケインが意識を取り戻す。

クラークたちは、アルファ星での異変は日食によって引き起こされるものだと考え、その脅威から逃げようとしていた。だが、日食のもたらす威力は想像以上で、彼らは次々に理性を失い、自分以外の仲間を攻撃するようになる。その頃、母船では移送船に乗ってやって来た者たちによって、機体が乗っ取られてしまう。その敵に立ち向かうため、レイヴンはある人物を眠りから目覚めさせる。

クラークは、仲間のためにサンクタムの指導者であるプライムを味方にしようと取り入る。彼らの支援なしでは生きることができないからだ。そんな中、ローズという娘が“ガブリエルの子”と呼ばれる敵に連れ去られてしまう。ベラミーやオクタヴィアたちは、移送船にも敵の魔の手が迫っていることを知り、船に残されたマディらを助けに向かう。

敵に捕まったオクタヴィアは、ローズと一緒だった。必ず連れて帰ると、オクタヴィアはローズに約束する。一方、サンクタムでは命名式が始まろうとしていた。自分が傷つけてきた相手に対し償いをするという彼らの伝統を重んじ、クラークも己の過去の過ちと向き合おうとする。しかし、その命名式の裏では、ある目的を成し遂げるため、クラークの命が狙われていた。

命名式の後からデライラの様子がおかしいことに気付いたジョーダンは、その謎を解くべく宮殿の中へと潜入し、プライムが長年隠してきた恐ろしい秘密を目にしてしまう。すべてが知られてしまった今、ジョセフィンは次の行動に移ろうとする。一方、敵を追っていたオクタヴィアとディヨザは、相手のワナにかかり身動きが取れなくなってしまう。

永遠の命を与えることと引き換えに、マーフィーに協力を求めるジョセフィン。彼女は闇の血を作ることができるアビーに近づき、ある取引を持ち掛ける。そんな中、敵と行動をともにしていたオクタヴィアとディヨザは、フレアを浴びた左手を通じて謎のメッセージが送られていることを知る。一方、マディは闇の総帥と対峙していた。

自分の意識の中で覚醒するクラーク。どういうわけか、彼女の意識は脳の中で消えることなく、記憶も残ったままになっていた。そこへジョセフィンが現れる。クラークの存在が邪魔である彼女は、なぜクラークが意識の中から消えないのかを知るべく攻撃を仕掛けてくる。一度は降伏したクラークだったが、ジョセフィンの過去を知り、再び彼女に立ち向かおうとする。

謎のメッセージを解くため、アノマリーへと出発するオクタヴィアとディヨザ。だがその途中、彼女たちはエグゼビアの秘密に気付いてしまう。アビーはプライムとの取引による見返りを受けようとしていた。サンクタムでは、ジョセフィンがクラークを消滅させようと企てる一方、ベラミーたちがクラークを呼び戻そうと作戦を立てる。そんな中、闇の総師の支配を受けるマディは攻撃的な言動をとるようになる。

クラークを呼び戻すためジョセフィンを連れ去ったベラミー。だが、２人は“ガブリエルの子”らに捕らえられてしまう。一方、アノマリーで何が起きたのかを知るべく、ガブリエルはオクタヴィアの意識の中を探ろうとする。ケインはアビーの手によって再生することができたが、そのために支払った犠牲を知り葛藤する。そして、彼は本当の自分を取り戻すために、ある重大な決断を下すのだった。

闇の総師の毒牙にかかり、すっかり人が変わってしまったマディ。そんな中、プライムに捕らわれてしまった仲間たちは、今にも処刑されようとしていた。意識の中でガブリエルとの記憶を思い起こしたジョセフィンは、目を覚まして彼との再会を果たす。ガブリエルはクラークをよみがえらせるため処置を施そうとするが、自分を復活させてほしいというジョセフィンの願いに心が揺れる。

永遠の命を生み出すホストを作るため、プライムによって闇の血を抜き取られてしまうマディ。一方、秘密を知られたガブリエルは、クラークたちとともに“ガブリエルの子”らによって捕らえられてしまう。その後、ガブリエルとクラークたちは手を組み、プライムを打倒するという共通の目的のため、ある作戦を企てる。そんな彼らの元へ、ラッセルからジョセフィンの奪還を命じられたマーフィーたちが乗り込んでくる。

クラークはサンクタムへと戻り、プライムに反撃する機会をうかがっていた。アビーはクラークと再会し、レイヴンとも分かり合うことができた。一方、ガブリエルやベラミーらの連携によって、サンクタムの民はプライムの秘密を知り、暴動を起こす。追い詰められたプライムは、マディたちを人質に取り、最終手段に打って出るのだった。

シックス･シーズンの最終話。母船はプライムによって占拠され、さらに闇の総帥に毒されたマディが、仲間を見捨て、敵と手を組もうとする。一方、サンクタムでも、プライムを信じる民によって、ベラミーたちが捕らわれの身となっていた。アノマリーの謎も解けないまま、両方の舞台で絶体絶命の状況に追い込まれた彼ら。果たして、その先に待ち受ける運命とは？