Fortsat vaklende efter at have modtaget Montys besked, går en lille gruppe ned for at udforske den mystiske nye planet. Tilbage i moderskibet konfronteres adskillige af Wonkrus medlemmer med deres beslutninger, i den sjette sæsonpremiere.

Teamet på jorden kæmper for at overleve truslen, som de møder på den nye planet. I mellemtiden må Raven slå sig sammen med en usandsynlig allieret for at redde alle om bord på moderskibet.

Clarke forsøger at vinde over lederne i Sanctum, for at hendes team kan forblive der. I mellemtiden opdager Bellamy, Echo og Octavia en ny trussel, mens de forsøger at redde transportskibet.

Clarke tager Sanctums traditioner til sig, og forsøger at gøre bod for sine tidligere handlinger.

Jordan undersøger Sanctum. I mellemtiden opdager Octavia og Diyoza truslerne fra den nye planet på første hånd. Endelig rammer Bellamy og Clarke hoveder sammen.

Diyoza opdager mere om Gabriels mystiske børn, mens Abby fortsætter med at søge efter en måde at redde Kane.

Clarke kæmper for sit liv, da hendes fortid indhenter hende.

Octavia og Diyoza finder vej til det mystiske misforhold i deres søgen efter den gamle mand. I mellemtiden har Murphy et tilbud til Emori.

Mens Octavia tvinges til at stå ansigt-til-ansigt med sin fortid, drager Bellamy ind i fjendens territorium sammen med en usandsynlig ledsager.

Mens Gabriel må foretage et vanskeligt valg, søger Russell retfærdighed. Bellamy genforenes med sin søster, Octavia.

En speciel navnedag ændrer alting på Sanctum. I mellemtiden møder Gabriel en gammel ven ansigt til ansigt.

I sjette sæsons finale bliver Sanctum til en slagmark mellem de troende og de ikke-troende, mens mysteriet om misforholdet bliver endnu mere mystisk.