マウント・ウェザーの悲劇から3カ月が過ぎた。キャンプから去ったクラークの首に懸賞金がかけられていることが明らかになり、ケインとベラミーたちは彼女を救出すべく、ひそかにグラウンダーの領域へと踏み込む。一方、マーフィーはジャハのいる豪邸にたどり着くが、そこではジャハが新たな使命を成し遂げようとしていた。

ベラミーとケインは命の危険を冒してクラークを救出しようとする。娘のことを考えないよう仕事に専念するアビーは、マウント・ウェザーを医療施設として開放するか否かの決断を迫られる。一方、マーフィーはジャハを裏切る計画を企てるが・・・

レクサは空の民のリーダーと会談を開いてクラークを仲間に引き渡すと言い、その条件として、空の民がレクサ率いる同族連合の一員になることを要求する。一方、ベラミーの元にはマウント・ウェザーで知り合ったグラウンダーのエコーが現れ、会談はワナだと告げるが・・・

ケインがグラウンダーとの和平を守ろうと必死になる中、マウント・ウェザーを爆破させた黒幕が明らかになる。一方、マヤを失った悲しみのあまり自暴自棄な行動を繰り返すジャスパーは、キャンプからある物を持ち出す。

氷の国の女王が倒され、グラウンダーとの和平を取り戻そうとするクラークの希望は、新たな脅威によって打ち砕かれる。一方、アルカディアに戻ったジャハは、脚のせいで仕事を失って苦しむレイヴンに目をつけ、マーフィーは危険な詐欺を繰り返す。

復讐を果たすか、情けをかけるかの選択を迫られて悩むクラーク。一方、ケインはオクタヴィアと協力して、グラウンダーの村への攻撃を阻止しようとする。アビーはレイヴンの急激な回復が気にかかるが・・・

同族連合では平和を重んじるレクサに対して不満が高まる。レクサが連合の秩序を保とうと奮闘する一方で、クラークはある出来事から驚愕の真実を知ることに。そして、これまで闇に葬られてきた人類の歴史が紐解かれる。

ケインは穏便な方法で事を纏めようとするが、過激な手段を取らざるを得なくなる。パイクは仲間内から情報が漏れていると疑い、人々の監視を命じる。一方レイヴンは光の町の住人を増やすためにジャスパーに手助けさせるが・・・

クラークは〝闇の血″にまつわる衝撃の事実を知ることに。一方、オクタヴィアは胸を引き裂かれるような決断を強いられる。死刑を宣告されたケインには、アビーとの面会が許される。

ジャハは恐ろしい方法で、アビーを仲間に引き入れ、計画を推し進める。ケインは空の民を連合に復帰させるため任務を遂行し、ベラミーはつらい事実を知らされる。一方モンティは微妙な立場に立たされ、ジャスパーはレイヴンを救おうと奔走する。

アリーに操られたレイヴンは邪悪な一面を露わにし、ジャスパーはやり場のない怒りを募らせる。一方リンカーンを失ったオクタヴィアは自分の居場所を見つけようともがき、モンティは一刻の猶予も許されない決断を迫られる。

ジャハはポリスに戻り、マーフィーの前に現れ衝撃を与える。オクタヴィアはルナを見つけ出す手がかりを手に入れる。

クラークはすべてを変えるミッションに取り組み、マーフィーは生き残るために必要なことを理解し始まる。一方、ケインにはジャハの手が迫り・・・

クラークは思いがけない場所で、新たな一手を可能にする方法を見つける。一方、アリーの計画は着々と進んでいく。

最後の対決に備えるクラークたち。人類を取り巻く悲惨な現実と向き合い始めた彼らに、衝撃の結末が訪れる。