今も白い部屋に１人で閉じ込められ、この奇妙な環境が何なのかを必死に探ろうとしているクラーク。ベラミー、フィン、レイヴンの安否もまったく分からない。一方、アビーを始めアークの生存者は、危険だが美しい新たな世界で、肉体的な危機や道徳的ジレンマに直面する。

マウント･ウェザーについて不審に思ったクラークは、ダンテ･ウォレス大統領に直接質問を投げかける。一方ケインは“100名”の１人に尋問し、アビーは間に合わせの設備で緊急手術を行う。そんな中、オクタヴィアは、暴力的な手段を使ってでもリンカーンを捜そうとする。

クラークは、マウント･ウェザーの医療施設で進められている恐ろしい計画を発見し、意外な人物と組む。ケインは、罪を告白したアビーを容赦なく罰するよう命令する。一方モンティは、クラークが危機に陥っているかもしれないとジャスパーに告げる。そんな中、オクタヴィアはリンカーンを捜し続ける。

信頼していた人物に裏切られたクラークは、１人で戦うと決意し、自分が簡単には屈しないことを証明する。ベラミー、フィン、マーフィーは、見知らぬ人物を助けるために大奮闘する。一方、一緒に仕事を任されたレイヴンとウィックは、初めのうちこそ緊張関係にあったが、あることをきっかけに結束を強める。

ケインは、グラウンダーたちと和平を結ぶために一行を率いていく。ジャスパーは、危険な実験に参加することに同意し、リンカーンは苦悩の世界へと突入していく。一方ダンテ･ウォレス大統領は、ある警告を発する。そんな中、クラークを捜しているフィンは、とうとう暴力的になっていくのだった。

クラークとフィンの間に緊張感が漂う。一方、マウント･ウェザーが通信を妨害していることをレイヴンが発見し、そこで何が起きていたのかをジャスパーとモンティが発見する。そんな中、オクタヴィアは悪夢のような現実に向き合い、ダンテ･ウォレス大統領の周囲では、陰謀が企てられていた。

アビーは、多少の犠牲もいとわず、グラウンダーから人々を守る決意をする。一方クラークは、ベラミーとオクタヴィアから危険な秘密を聞かされ、グラウンダーの襲撃を阻止する作戦を思いつく。そんな中、ジャスパーたちは新しい仲間に不信感を抱き、ツィング博士は捕虜を使った恐ろしい実験を始める。

クラークはキャンプ･ジャハに戻り、みんなに衝撃の事実を伝える。フィンは、自分がとった行動について悩み苦しむ。一方アビーは、意外な人物からある情報を得てグラウンダーとの戦いを覚悟する。そんな中、フィンとレイヴンの映像がフラッシュバックし、アークにいた頃の関係が明らかになる。

クラークとレクサの前に新たな敵が現れ、命を脅かす。ベラミーは、リンカーンの協力を仰いでマウント･ウェザーに潜入しようとする。一方マーフィーは、ジャハが自分の過去と向き合うために手助けをする。そんな中、オクタヴィアは、インドラから断れないような申し出を受けていた。

マウント･ウェザーに潜入しようとしたベラミーとリンカーンの計画は、失敗に終わる。一方、アビーは主導権を持ち続けようと奮闘するが、新たなリーダーとしてみんなの信頼を得てきたのはクラークだ。そんな中、ジャスパーが、行方不明のモンティとハーパーについて大統領に迫り、問いただす。

クラークが越えてはいけない一線を越えてしまい、アビーとの緊張関係は頂点に達する。レイヴンは、極限状態のマウント･ウェザーに潜入したベラミーが任務を遂行できるよう、施設内を誘導する。そんな中、ジャハとマーフィーは謎の女性に遭遇し、オクタヴィアは愛する人のために戦う覚悟を決める。

クラークは、レクサがリーダーとして下した決断に対して疑問を持ち始める。一方、アビーは負傷したケインを救おうと奮闘し、インドラは、オクタヴィアに新たな試練を与える。そんな中、マウント･ウェザーでは、ジャスパーがリーダー役を果たすが、ケイジの作戦によって、マヤの命が脅かされる。

クラークとレクサは、戦いの準備を進める中で激しく言い争いをする。一方、酸性霧を止める方法を模索するレイヴンは行き詰まり、ウィックの助けを求める。そんな中、ジャハとマーフィーの前には危険な障害が立ちはだかり、マウント･ウェザーでは、ベラミーが時間に追われて奮闘していた。

シーズン･フィナーレ、パート１。開戦に備えるクラークとレクサ、障害に阻まれ後退するレイヴンとウィック。オクタヴィアとリンカーンも、難しい決断を迫られる。一方マウント･ウェザーでは、ジャスパーとマヤが凶悪な犯行を目撃し、ベラミーは約束を果たそうと奔走する。そしてケイジが重大な情報を公表する。

シーズン･フィナーレ、パート２。光の町を目指す旅の中で、ジャハがとったある行動が、マーフィーに衝撃を与える。クラークは意外な人物に助けられ、オクタヴィアは意外な人物と再会し、リンカーンは復讐を遂げる。一方マウント･ウェザーでは、ケイジが任務の遂行へと前進し、ベラミーたちは脱出の道を模索する。