100 jonge bannelingen van een uitstervend ruimtestation worden 97 jaar na een nucleaire apocalyps naar de aarde gestuurd om te testen of de planeet weer bewoonbaar is.

Nu Clarke, Bellamy, Octavia, Finn en Monty weten dat Jasper mogelijk nog in leven is, gaan ze op weg om hun vriend te zoeken.

De zoektocht naar een medicijn om Jasper van de dood te redden wordt bemoeilijkt door een snel bewegende giftige mist. Clarke hoort de ware reden van haar vaders verraad.

Na een schokkend sterfgeval groeien Clarke en Finn naar elkaar toe. Bellamy moet ervoor zorgen dat de groep niet uit elkaar valt en Abby neemt een groot risico.

Nu Abby en Jaha het plan van Kane ontdekt hebben om de populatie van de Ark in te perken, realiseren ze zich dat er van de 100 nog mensen in leven moeten zijn.

Bellamy en zijn team komen terecht op het territorium van de Gronders tijdens hun zoektocht naar Octavia. Raven merkt de diepe band tussen Finn en Clarke op.

Abby helpt Clarke een gevaarlijke procedure uit te voeren terwijl Diana Sydney haar plaats als kanselier inneemt. Kane wordt gekweld door zijn recente beslissing.

Sommigen van de 100 verliezen alle realiteitszin na het eten van noten. Een van hen krijgt de opdracht te gaan moorden en het verraad van Diana Sydney komt aan het licht.

Clarke en Finn voeren vredesonderhandelingen met de Gronders terwijl anderen zich opmaken voor de strijd. De viering van de Dag van de Eenheid eindigt in een tragedie.

John Murphy keert terug en zegt gevangen te zijn gehouden door de Gronders. Clarke en Bellamy verschillen van mening over hoe ze moeten omgaan met zijn terugkeer.

Clarke en Finn leiden een zoektocht naar voedsel. Raven doet Bellamy een onweerstaanbaar aanbod. Kane riskeert zijn leven en wordt herenigd met Jaha en Abby.

Clarke en Finn krijgen te maken met een nieuwe vijand. Bellamy ontpopt zich als held om Jasper te redden, terwijl de mensen op de Ark tegenover het onvermijdelijke staan.

Nu het conflict uit de hand loopt, smeekt Clarke Bellamy te doen wat juist is. Octavia neemt een moeilijke beslissing. Raven en Jasper vechten tegen de tijd.