Près de 100 ans après l'apocalypse nucléaire, 100 jeunes exilés d'une station spatiale en péril sont envoyés sur Terre pour voir si la planète est maintenant habitable.

Ayant compris que Jasper est peut-être toujours en vie, Clarke, Bellamy, Octavia, Finn et Monty partent en mission pour retrouver leur ami.

Un brouillard toxique met en péril la recherche d'une substance pouvant sauver la vie de Jasper. Clarke apprend la vérité sur la trahison de son père.

À la suite d'une mort affreuse, Clarke et Finn se rapprochent. Bellamy doit empêcher les membres du groupe de s'attaquer les uns aux autres. Abby prend un risque énorme.

Après avoir dévoilé le plan de Kane visant à réduire la population de l'Arche, Abby et Jaha comprennent qu'une partie des 100 est toujours en vie.

Partis à la recherche d'Octavia, Bellamy et son équipe pénètrent en territoire natif. De son côté, Raven remarque que Finn et Clarke sont maintenant très proches.

Abby guide Clarke dans une intervention risquée, pendant que Diana Sydney prend sa place comme chancelière. Kane se tourmente relativement à la décision qu'il a prise.

Une partie des 100 perd le contact avec la réalité après avoir consommé des hallucinogènes, et l'un d'eux est chargé de tuer. La trahison de Diana Sydney est révélée.

Clarke et Finn tentent de négocier la paix avec les Natifs, pendant que les autres se préparent à combattre. Une tragédie vient assombrir des célébrations.

À son retour, John Murphy dit avoir été fait prisonnier par les Natifs. Clarke et Bellamy ne s'entendent pas sur la façon de réagir à ce retour.

Clarke et Finn dirigent une expédition de chasse, et Raven fait à Bellamy une offre qu'il ne peut refuser. Kane risque sa vie et retrouve Jaha et Abby.

Clarke et Finn écopent d'un nouvel ennemi, et Bellamy fait un acte héroïque pour sauver Jasper. Les occupants de l'Arche sont placés devant l'inévitable.

Alors que le conflit s'envenime, Clarke implore Bellamy de faire ce qu'il faut. Octavia a une décision difficile à prendre. Le temps presse pour Raven et Jasper.