地球を壊滅状態に追いやった核戦争から97年。当時、幸運にも難を逃れた者は、以来“アーク（箱船）”という宇宙ステーションで暮らしていた。だがアークは破滅の危機を迎え、今、100人の少年院収容者が地球に降ろされる。地球の大気が、人間の住めるまで回復したかを試すために…。

ジャスパーが生きていることに気づき、クラーク、ベラミー、オクタヴィア、フィン、モンティが彼を捜しにいく。だが、ジャスパーの痕跡を追いながら進む彼らの目の前に、想像を絶する恐ろしい光景が突然現れる。その頃アークでは、アビーが地球に行くことを決意していた。

クラークたちは、ジャスパーの傷を治すため、抗生物質になる藻を必死に探す。ベラミーたちは食物を探していたが、13歳の少女と出会い行動を共にする。だが濃い霧が立ちこめ、古いバンに逃げ込んだ時、クラークは、父の死に関する事実をウェルズから聞きショックを受ける。

仲間の1人が衝撃的な死を遂げた後、アークとコミュニケーションを取る方法について模索していたクラークとフィンは、少しずつ親しくなっていく。一方ベラミーは、みんなが互いを頼りすぎないように警告する。そして、地球での生活はかなり厳しい局面を迎えていた。

クラークとフィンの間に芽生えた恋が脅かされる。一方アビーは“アークの人口を減らす”というケインのおぞましい計画を暴露する。そんな中、アビーとジャハ議長は、ある信号に気づき、地球に降りた“100人”のうち少なくとも何人かはまだ生きていることを確信する。

オクタヴィアを捜すため、ベラミーが仲間を連れてグラウンダー（地球人）のテリトリーに入っていく。一方レイヴンは、フィンとクラークが深い関係になっていることに気づく。そんな中、ベラミーは、自分とオクタヴィアがアークで過ごしたつらい子供時代を思い出していた。

クラークとレイヴンがアークとの交信に成功する。おかげでクラークは、アークから指示するアビーの声に従い、負傷した仲間を救う。一方アビーは、審議会のメンバーから外され、ジャハは、地球に行こうとしている人物についての恐るべき事実をアビーに打ち明ける。

クラークとフィンは、グラウンダーたちと穏便に和解するための仲介役を務めようとする。だが、ベラミー、ジャスパー、レイヴンたちが、武装した上、戦う意欲満々で姿を現すと、事態は突然大混乱に陥る。一方アークでは、統一記念日の式典で悲惨な事件が起きる。

マーフィがキャンプに戻ってくる。彼はグラウンダーたちにつかまり拷問を受けたと言うが、クラークとベラミーは、マーフィの扱いに対してまったく別の意見を持っていた。一方、リンカーンに会いにいったオクタヴィアは“100人”に対する恐るべき警告を携えて帰ってくる。

クラークとフィンは食料調達のため狩りに出るが、フィンが命の危険にさらされる。だがクラークは、驚きの決断で状況を大逆転させる。その頃ベラミーは、レイヴンから断れない申し出を受けていた。一方アークでは、ケインが命懸けでジャハとアビーのもとへ戻ろうとする。

クラークとフィンは、なんとか危機から脱するが、そこに新しい敵が待ち受けている。一方ベラミーは、ジャスパーを救うために大胆な行動に出る。レイヴンも新たな危険に直面し、マーフィはついに復讐を遂げる。そんな中、アークにはすべてを諦める空気が漂っていた。

戦争の激しさは頂点に達し、地球はまるで“世界の終わり”だ。そんな中、クラークは、ベラミーに“正しいことをして”と懇願する。レイヴンは、時間に追われて武器を作り、フィンは果敢に彼女を守る。驚くべきアークの結末が待ち受ける＜ファースト･シーズン＞衝撃の最終話。