100 unge hjemløse fra en døende rumstation sendes til Jorden 97 år efter en atomkatastrofe, for at afprøve om planeten er blevet beboelig.

Efter at have opdaget, at Jasper måske stadig er i live, tager Clarke, Bellamy, Octavia, Finn og Monty ud på en mission for at finde deres ven.

En giftig tåge bevæger sig hurtigt og bringer en mission om at finde et stof, der kunne redde Jaspers liv, i fare. Clarke finder ud af sandheden om sin fars forræderi.

Efter et chokerende dødsfald kommer Clarke og Finn tættere på hinanden. Bellamy må sørge for, at alle i gruppen enes, og Abby løber en stor risiko.

Efter afsløring af Kanes plan om at reducere befolkningen på arken regner Abby og Jaha ud, at der i det mindste må være nogle af de 100, som stadig er i live.

Bellamy og hans folk løber ind på Grounder-territorium for at lede efter Octavia, mens Raven bemærker den tætte forbindelse mellem Finn og Clarke.

Abby guider Clarke gennem en farlig procedure, mens Diana Sydney tager hendes plads. Kane har det hårdt med sin nylige beslutning.

Clarke og Finn prøve at mægle for fred med the Grounders, mens andre forbereder sig på kamp, og en tragedie rammer fejringen af Unity Day.

John Murphy vender tilbage og hævder at have været taget til fange af Grounders, og Clarke og Bellamy er uenige om, hvordan man skal tackle hans tilbagevenden.

Clarke og Finn fører an i en jagt på mad, Raven giver Bellamy et tilbud, han ikke kan sige nej til, og Kane sætter sit liv på spil og genforenes med Jaha og Abby.

Clarke og Finn konfronteres med en ny fjende, Bellamy foretager et heroisk træk for at redde Jasper, mens alle på arken venter på det uundgåelige.

Efterhånden som konflikten eskalerer, tigger Clarke Bellamy om at gøre det rigtige. Octavia træffer et svært valg, og Raven og Jasper har tiden imod sig.