イングランドのエリザベス女王は、王位継承権を主張するメアリーを蹴落とすため、フランス王太后カトリーヌと結託。

ナバラの国王アントワーヌが、思いがけずメアリーに謁見を求めてくる。メアリーは嘆願を聞き入れる代わりに見返りを要求するが、アントワーヌはフランソワと直接交渉すると突っぱねるのだった。

イングランドがスコットランドに攻め込んで一部を占領した。母マリー･ド･ギーズから祖国の窮状を知らせる緊急の書状を受け取ったメアリーは、フランソワに助けを求めて軍艦２隻を送るが、撃沈されてしまう。

フランソワが息を吹き返し、メアリーは喜びに浸る。そんな中、イングランド大使の訪問を受け、エリザベスがメアリーのイングランド王位継承権の放棄を条件に、和平協定の締結を望んでいることが伝えられる。

喜びから一転、暗殺者によってフランソワの命を奪われたメアリーは、カトリーヌと共に悲嘆に暮れていた。だが、摂政の選挙を数週間後に控えた顧問官たちは、カトリーヌと新国王シャルルを無視して会議を開く。

スペイン王太子ドン･カルロスと宮廷で面会したメアリーは、スペインとの同盟に向けて、再婚を前向きに考えようとする。だが、メアリーはカルロスの秘密を知り、カトリーヌに助言を求める。

メアリーとカトリーヌのたくらみによって、頭を強く打ち意識不明に陥ってしまったカルロス。慌てて部屋から逃げ出したメアリーたちはアリバイ工作をするが、幸運にも、目覚めたカルロスは何も覚えていなかった。

カルロスとの結婚を前に、メアリーの心は沈んでいた。メアリーは、カルロスが事故の後遺症による“麻痺”を偽っているのではないかと疑い、ギデオンに真相を探るように頼む。

メアリーは、カルロスとの再婚を妨害するために、エリザベスがギデオンにメアリーへの色仕掛けを命じていたことを知る。そして、エリザベスに反撃しようと、ある計略を考える。

シャルルの戴冠式が近づいていた。スコットランドでは宗教改革運動が進み、女性君主に批判的なジョン・ノックス牧師が支持を集め、危機感を持ったメアリーは有力な再婚相手を探す必要に迫られる。

メアリーはバチカンの援助を取りつける。一方、枢密院から王位継承者を指名するように迫られていたエリザベスは、一計を案じてメアリーを指名する考えを伝える。

エリザベスを守りたいメアリーは、意図せずにギデオンを命の危険にさらしてしまう。ギデオンを救うため、メアリーはカトリーヌに相談する。

いよいよスコットランドへ戻る必要性に迫られたメアリーは、セバスチャンの力を借り、軍を立ち上げる。バチカンから資金援助を受けたメアリーは傭兵を雇い、部隊の腕を試すためにある任務を課す。

ローラは、メアリーが無事にスコットランドまで到着できるようにと、北海にイングランド海軍がいない時期を手紙で知らせる。すぐに出発すべきだと思いながらも、メアリーはフランス王宮の窮地を放置できない。

船が難破し、メアリーはスコットランドの浜辺に打ち上げられる。同乗していた傭兵たちは現地の氏族に次々と殺される。祖国スコットランドの不忠を目の当たりにしたメアリーはがく然とし、信用できる人物に出会うまで身分を隠すことにする。

ローラに、イングランドの臣下にならないかとエリザベスから誘いの手が伸びる。メアリー死亡の噂を聞きつけたエリザベスは、ローラやスコットランドのカトリック貴族たちを味方につけ、スコットランド併合をもくろむ。

スコットランドでの地位を守るため、思い切った一手を打つメアリー。だがその結果、自身の血縁でもあるエリザベスとの生き残りをかけた戦いが始まる。