François part retrouver Lola sur le point d'accoucher. Marie, qui dirige le royaume avec Catherine, reçoit la confirmation du retour de la peste et décide de fermer les portes afin d'empêcher l'épidémie de pénétrer le château. Malgré les mesures prises, la peste commence à faire des victimes et Marie doit faire face au chantage d'Edouard Narcisse...

François, Lola et leur bébé sont de retour au château, accompagné de Louis Condé à qui ils doivent la vie. Lord Narcisse est informé de la mort de son fils et se pose des questions. Il apprend grâce à un survivant du cachot qu'Edouard a été infecté volontairement et réclame justice auprès du roi. Il exige que le coupable soit puni et paie le prix de sa vie.

Une fête à l'occasion du couronnement du roi et de la reine est en préparation. François tente de trouver une solution pour éradiquer la famine grâce à laquelle Narcisse, qui détient 80% des céréales, a pris du pouvoir. Ce dernier, qui souhaite se venger de la mort de son fils, bloque l'arrivée des céréales au château et met la pression sur toutes les personnes susceptibles de pouvoir en vendre au roi. Schuler, le duc allemand, fait une proposition à Marie : des vivres en échange de la libération de ses amis, emprisonnés par Henri II pour être protestants.

Le baptême de Jean-Philippe, le fils de Lola et François est célébré au château. Narcisse, convié, arrive au bras de sa nouvelle épouse, Estelle. Celle-ci demande à Lola de la sauver car elle craint que ses jours ne soient comptés. Lola demande à Marie et François de l'aide mais ce dernier refuse de s'opposer une nouvelle fois à Narcisse, d'autant plus qu'ils ne disposent pas d'assez de preuve pouvant l'accabler. Marie reproche à Lola sont aventure avec François.

François apprend par Sébastien et Leith qu'un nouvel office de protestants s'est fait attaquer. Il leur demande de se rendre sur les lieux pour leur apporter de l'aide et capturer les coupables. Lors de cette attaque, Emile, le neveu de Louis Condé, a trouvé la mort. Le roi se retrouve dans une position délicate, entre Narcisse qui défend les catholiques et Condé les protestants. Greer se prépare à s'unir avec Castleroy mais des révélations de la part de ce dernier pourraient remettre en cause leur mariage.

Marie a du mal à se remettre de la confession de son mari concernant sa déception de ne pas avoir d'enfant, et une distance se crée entre eux. Pour prendre un peu de recul, Marie demande à Catherine, qui se prépare à partir pour Beauvais, de l'accompagner. Leith et Sébastian annoncent à François que Marie et Catherine ont disparu après l'attaque de leur carrosse. Lola, reniée par sa famille, décide de récupérer la dot de son défunt mari pour ne pas dépendre de François. Narcisse lui propose son aide en échange d'un rendez-vous.

Claude, la sœur de François, est de retour au château. Narcisse, qui connaît le secret de François, le menace de révéler la vérité s'il ne signe pas le décret imposant aux sujets de venir attester leur foi devant le roi ; ceci pour identifier les protestants. Greer est rentrée plus tôt de son voyage de noce car elle et son mari ont été agressés suite aux rumeurs concernant la confession de ce dernier. Marie, apprenant que François compte signer l'accord, cherche à s'allier à Louis Condé. François demande à Lola son aide pour piéger Narcisse...

Catherine tente de marier sa fille Claude avec le fils d'un comte de Bavière afin de l'éloigner du château. Mais le comte entend des rumeurs sur la jeune femme et réclame des preuves de sa chasteté. Les gardes du Vatican sont à la recherche des personnes de confession protestante afin de les punir. Leur meneur, Jacob Rivell, demande l'aide de Louis Condé pou obtenir une audience auprès du roi. Mais cette entrevue va prendre une toute autre tournure…

Une révolte se prépare après la mort du pasteur protestant. Marie veut calmer les tensions en unissant Claude, la sœur du roi, à Louis Condé. Bien que Catherine et Narcisse n'approuvent pas cette idée, François soutient Marie. Narcisse tente d'empêcher ce mariage en proposant à Claude de l'épouser…

François révèle son secret à Marie et le chantage dont il est victime de la part de Narcisse. Marie décide de séjourner quelques temps dans ses anciens appartements, à la grande surprise de ses amies Greer, Lola et Kenna, et leur apprend ce qui s'est passé la nuit précédente. Leith vient prévenir Greer qu'il a pour mission d'interroger tous les protestants et qu'elle doit fuir au plus vite avec son époux avant que le nom de ce dernier ne soit évoqué par l'un des prisonniers...

Sébastien découvre que les dix prisonniers pendus portent tous la marque du cavalier noir, marque réservée aux traîtres. Marie annonce à François qu'elle souhaite s'installer seule dans leur château de Chambord. Après les révélations d'une de ses maîtresse, Louis Condé est accusé par le Vatican de porter la marque du cavalier noir. Marie l'informe et décide de conduire auprès du roi de Navarre, le frère de Louis, où il sera en sécurité. Kenna soupçonne Catherine de vouloir empoisonner sa fille Claude.

Sébastien annonce à Kenna qu'il a reçu des titres et des terres de la part de François. La mère de Sébastien fait des révélations à son fils concernant sa femme, quitte à semer le trouble dans son ménage. Claude demande à Sébastien de l'aider à découvrir la vérité sur la mort de ses sœurs. Les gardes du roi viennent informer Marie que l'un des prisonniers protestants accuse Castelroy, le mari de Greer, d'être le complice des radicaux qui ont attaqué le château…

François propose à Marie de prendre un nouveau départ, loin du château. Antoine, le roi de Navarre, est en visite pour renouveler le traité de paix entre la France et l'Espagne et réclame des fonds suite à la venue de nombreux protestants en Espagne. Il rencontre Kenna mais Louis Condé, son frère, le met en garde. Sébastien doit se rendre dans un village proche du château où un homme semble sorti de sa tombe et terrorise les habitants…

Christian de Guise, l'oncle de Marie, lui demande la restitution de son titre de Duc qui a été révoqué par François, mais elle refuse. Lola et Kenna rendent visite en secret à Greer. Catherine découvre grâce à Narcisse que ses visions ne proviennent pas de la syphilis, comme elle le pensait, mais d'un empoisonnement avec la bible de son défunt mari, Henri II. Sébastien mène son enquête qui semble le conduire vers Louis Condé…

Marie de Guise est présente au château pour l'enterrement de son frère. Antoine demande à Kenna de participer aux préparatifs de la soirée qu'il organise pour sceller l'amitié entre les bourbons et les Valois. Marie de Guise conseille à sa fille d'enfanter rapidement si elle veut espérer régner sur l'Angleterre et l'Écosse. Sébastien doit repartir pour une autre mission, ce qui désole Kenna qui lui reproche de ne pas être assez présent. Il rencontre Soeur Delphine, une « guérisseuse » qui sème la terreur auprès des villageois. Elle prétend pouvoir connaitre l'avenir des personnes. Sébastien lui demande des preuves et elle lui révèle alors qu'il va perdre très prochainement un proche mais elle ne connait pas son identité…

Le château se prépare pour le banquet et les rumeurs de l'éloignement entre François et Marie attirent tous les nobles. Narcisse présente sa nièce, Amélie, à François en espérant qu'il la choisisse pour maitresse. Le roi Antoine a organisé une rencontre entre l'émissaire de la reine d'Angleterre et Condé, qui accéderait ainsi au trône s'il épousait Elisabeth. Louis Condé déclare à Marie qu'il accepte de partir avec elle en Écossse. Antoine courtise encore Kenna, qui semble se montrer de plus en plus intéressée par ses avances. Leith rend visite à Greer et lui apprend que son mari, Lord Castelroy, a été emprisonné à vie pour trahison envers le roi. Pendant que François se laisse aller avec Amélie, Marie succombe à Louis Condé, mais ils vont être surpris par une femme…

Au Havre, Ridley est tué par un homme venu lui voler les lettres de Marie. Pendant ce temps, celle-ci continue à voir Condé en secret, et tous deux comptent toujours quitter la France pour se rendre en Ecosse. De son côté, Bash se sépare de Kenna, mais souhaite maintenir officiellement leur mariage afin que celle-ci soit protégée.

Un groupe de protestants rebelles attaque un monastère et prend les enfants qui s’y trouvent en otages. Pendant ce temps, Marie est heureuse de retrouver Condé, dont elle assure à nouveau être amoureuse. De son côté, Bash est de retour au château, où Kenna l’interroge sur ce qu’il a fait ces derniers jours et, surtout, sur la personne avec qui il était.

François envoie ses hommes à la recherche de Condé, considéré comme un traître depuis son alliance avec Elisabeth d’Angleterre. Marie lui demande de le laisser quitter le pays s’ils parviennent à le trouver, mais le roi refuse. Pendant ce temps, Kenna est gênée en rencontrant Renaude, dont elle a rêvé la nuit précédente.

Condé a disparu depuis un mois. Craignant que ce dernier n’ait l’intention de le tuer afin de lui ravir le trône, François demande à ses hommes de fouiller une forêt où il pourrait se cacher. De son côté, Kenna continue à flirter avec Renaude. Greer tombe sur Leith, à qui elle vent rendre son argent, sous les yeux moqueurs de Claude.

Marie informe Condé que François est désormais équipé de canons, ce qui pourrait rendre la bataille plus difficile que prévu. Il modifie ses plans en conséquence mais est toujours déterminé à attaquer si le roi n’offre pas sa tête. Pendant ce temps, au château, Claude est convaincue qu’une créature rôde. Elle prévient Leith, qui semble ne pas la croire.