フランスに蔓延し始めたペストが宮廷を襲う。宮廷内で死者が出ると、メアリーとフランソワが得た新たな権力も危うくなる。だが、フランソワはローラを追って城を出てしまい、メアリーは必死に王宮を守ろうとする。

ペスト騒動が終息し宮廷に安堵の空気が流れていた頃、メアリーたちの前にある貴族が現れ、メアリーのせいで自分の息子が亡くなったと主張する。そして、権力を持つその貴族はメアリーへの復讐を誓った。

大飢饉のなか、フランスは宗教や政治面で問題を抱えていた。だがフランソワの戴冠式が近づき、フランスの強さを示す好機を逃すわけにはいかない。メアリーとフランソワは戴冠式に向けた穀物の取り引きを始めるが…。

森で羊飼いが馬に乗った謎の騎手たちに襲撃された。王家に対する憤りと不安を持つ者たちが起こした事件なのか、新たな宗教戦争の始まりを意味しているのか、捜査するバッシュとコンデ公は判断できずにいた。

プロテスタントの礼拝で流血事件が発生し、プロテスタント派とカトリック派の関係がさらに悪化する。一方フランソワは、重大な秘密をナルシス卿に知られたため、恐るべき彼の要望をのまざるを得なくなる。

ボーベに向かうメアリーと王妃・カトリーヌは、王室に不満を持つ農民の集団に襲われた。馬車を乗り捨て森の中へ逃げ込んだ2人は、自分たちの素性を隠して平民に紛れ込むが、そこである事件に巻き込まれる。

フランソワの妹・クロード王女が城に突然戻ってくる。だが王妃・カトリーヌは、最近しばしば見る幽霊が彼女に関連していることを知って追い払おうとする。一方、フランソワの弱みを握ったナルシス卿が行動に出る。

バチカンの審問官たちがフランスまでやってきた。プロテスタントである疑いがかかった者を処罰するためだ。だが、プロテスタント派の牧師が殺されると、プロテスタント派の積年の怒りが爆発し、街で暴動が起こる。

フランスに祝日が近づく。そんななか、フランソワはナルシス卿によるひどい干渉に悩まされていた。そこでフランソワはバッシュと協力し、ナルシス卿が彼にこれ以上関わらないよう計画を立て始める。

プロテスタント派の人々による襲撃を受けて殺気立っているフランソワは、復讐の思いを胸にナルシス卿を捜し出そうと躍起になる。そして自国フランスを統治していくなかで、統治手法の変更という大きな決断を下す。

過激なプロテスタント派の人々には、黒マントの男の証である印が体に焼き付けられていることが発覚し、バチカンの聖職者たちは焼き印のある者を捜していた。やがて、コンデ公にその焼き印があるという噂が広がり…。

過去に起きた事件の真相究明をクロードに頼まれたバッシュは、事件に関わった人物から当時の話を聞き出していく。一方、あることからフランソワ、コンデ公、メアリーの関係が周囲にばれてしまった。

春訪祭に向けて準備が進む宮廷を、ナバラ国のアントワーヌ国王が訪れる。一方、フランソワとメアリーはナバラ国とイングランドの関係を知り、イングランドがフランスに対して復讐を企てていることが明らかになる。

メアリーとフランソワは亡き国王・アンリ2世に毒を盛った犯人を暴こうとするが、調査を進めるなかで、過去の秘密までが明るみに出てしまう。そしてメアリーは、コンデ公への気持ちに正面から向きあうこととなる。

宮廷でワインの試飲会が開かれ、自分の娘をフランソワの愛人にしようと多くの貴族たちが訪れる。一方、メアリーとコンデ公の関係に気づいたアントワーヌ国王は、別れなければフランソワにばらすと言って2人を脅す。

王妃・カトリーヌは、メアリーとコンデ公の不倫関係を疑う。一方フランソワは、重病にかかり倒れてしまった。コンデ公はメアリーに真実を打ち明けざるを得ない状況に陥り、真実を知ったメアリーは激怒する。

病に冒されたフランソワに命の危険が迫り、宮廷内でもフランソワが病気だという噂が流れ始めていた。そんななか、メアリーは彼の妻として一時的にフランスの元首となり、国王の代理人として全権を得る。

フランスがイングランドの脅威にさらされるなか、メアリーはフランスと気持ちをひとつにする。彼女はフランソワの側についているのだが、ある人物をかばったことによってフランソワと対立してしまう。

出国を試みるも見つかってしまうコンデ公。やがて無事に解放されるが、代わりにある条件をのむこととなる。一方フランソワは、必死にコンデ公を捕らえようとし、メアリーはそれを阻止すべく過激な手段に出る。

コンデ公が行方不明になって1カ月。クーデターに備え、王族は国外へ逃げるよう王命が下る。迫る敵軍がすぐにでも城に侵入できる状態だったのだ。一方、フランソワは援護軍が来ないことを知って死を覚悟する。

メアリーはコンデ公を倒すため、全てを犠牲にする覚悟である計画を実行に移す。王妃・カトリーヌは、恐ろしいことを企てイングランドのエリザベス女王のもとへ赴く。そんななか、バッシュは謎の呪いをかけられ…。