Gleich zu Beginn von Marys und Francis' Regierungszeit wird das Land von einer Krise erschüttert. Die Pest breitet sich aus und macht auch vor den Toren des Schlosses nicht Halt. Während Francis versucht, mit Lola und ihrem neugeborenen Sohn wieder ins Schloss zu gelangen, das abgeriegelt wurde, müssen Mary und Catherine ohne den König Entscheidungen über Leben und Tod fällen.

Francis, Louis, Lola und ihr Sohn kommen sicher im Schloss an, was zu Spannungen mit Mary führt. Das sind jedoch nicht die einzigen Sorgen, die das Königspaar beschäftigen.

Die Vorbereitungen für Francis’ und Marys Krönungszeremonie laufen auf Hochtouren, doch das Paar macht sich größere Sorgen um das Volk. Viele Untertanen hungern, da Lord Narcisse die Kornlieferung verzögert in der Hoffnung, so höhere Ämter für sich erpressen zu können. Damit die Leute nicht verhungern, handelt Mary mit einem deutschen Herzog ein Abkommen aus, was Francis verärgert.

Kurz nachdem Lolas und Francis' Sohn getauft worden ist, verkündet Mary ihrem Ehemann, dass sie ebenfalls schwanger ist. Estelle, die inzwischen mit Lord Narcisse verheiratet ist, vertraut Lola an, dass sie von ihrem Mann geschlagen wird. Um sie zu schützen, helfen Lola und Mary der Frau, aus dem Schloss zu verschwinden. Als Leith zurückkehrt, nimmt Greer ihre Zukunft in die eigene Hand.

Die Stimmung zwischen Katholiken und Protestanten im Land ist angespannt. Als bei einem Aufruhr Louis’ Neffe getötet wird, gelingt es Narcisse, dafür zu sorgen, dass die Mörder ungestraft davonkommen. Mary will wissen, wieso Francis sich so seltsam benimmt, doch Francis kann ihr nicht die Wahrheit erzählen und behauptet, er verhalte sich so, weil sie ihm wohl nie einen Erben schenken werde.

Mary und Catherine, die mit einer Kutsche vom Hof abreisen, werden angegriffen und müssen sich verkleidet unter das gemeine Volk mischen, um ihre Haut zu retten. Bei dieser Maskerade lernen die beiden zwei Schausteller kennen, die sich als Francis und Mary ausgeben und den Ruf des Königspaars ruinieren. Francis stellt indes einen Suchtrupp zusammen, um die beiden Frauen zu finden.

Francis' junge Schwester Claude stattet dem Hof überraschend einen Besuch ab und quält ihre Mutter, die immer wieder von Geistererscheinungen heimgesucht wird. Narcisse fordert indes Francis dazu auf, einen Erlass zu unterschreiben, der jeden Mann in Frankreich dazu zwingen würde, seinen Glauben offen zu bekennen. Im Gegensatz zu Lola weiß Mary nichts vom fiesen Treiben des Lords.

Zwischen Mary und Francis kriselt es, als die Inquisition in Form des römischen Kardinals Vasari nach Frankreich kommt. Der Kardinal lässt alle Bürger foltern, die verdächtigt werden, Protestanten zu sein.

Mary schlägt vor, dass man die katholische Claude mit dem protestantischen Louis verheiraten könnte, um ein Symbol für den Frieden zwischen den beiden Konfessionen zu schaffen.

Als Mary erfährt, dass der Vatikan es auf Condé abgesehen hat, weil er das Brandzeichen der Reiter trägt, will sie ihm unbedingt helfen. Francis arbeitet indes einen Plan aus, um endlich jene Legende aus der Welt zu schaffen, die Condé in Gefahr bringt. Kenna gesteht Claude, welches Ziel Catherine in Wahrheit verfolgt.

Francis und Louis geraten wegen Mary aneinander: Während Francis eifersüchtig ist, weil Louis und Mary sich so fabelhaft verstehen, gibt Louis Francis die Schuld an Marys Vergewaltigung. Bashs Mutter Diane kehrt an den Hof zurück und löst einen lange schwelenden Konflikt mit Catherine aus.

Francis und Mary finden wieder zueinander, als sie von König Antoine erfahren, welche Rachepläne England gegen Frankreich schmiedet. Während im Schloss alles für ein großes Fest vorbereitet wird, erfährt Bash, dass in der Stadt ein „Untoter“ gesehen wurde und versucht, den Mann zu finden. Catherine findet indes heraus, warum sie seit einiger Zeit unter Halluzinationen leidet.

Catherine berichtet Francis, Mary und Bash von der vergifteten Bibel, die vorher ihrem Ehemann gehörte. Umgehend wollen Mary und Francis herausfinden, wer die Bibel in ein Todeswerkzeug verwandelte und somit auch für die Ermordung King Henrys verantwortlich ist.

Marie de Guise besucht wegen der Beerdigung ihres Bruders Christian den französischen Hof und gibt Mary den Rat, möglichst schnell einen Erben in die Welt zu setzen, da der Thron in Gefahr sei. Während Francis versucht, seiner Frau wieder näherzukommen, erfährt er von ihren Gefühlen für Louis.

Die Nachricht, dass sich Mary und Francis entfremdet haben, hat inzwischen die Runde gemacht. In der Hoffnung, Francis könnte eine Mätresse auserwählen, führen nun ständig verschiedene Adelige ihre Töchter am Hof vor.

Ridley wird getötet, als er gerade alles für Marys Flucht nach Schottland vorbereiten will. Während sich Bash und Kenna trennen, kommen sich Louis und Mary näher doch ihr junges Glück steht unter keinem guten Stern.

Francis ist nach wie vor nicht zu Bewusstsein gekommen und alle machen sich Sorgen, dass er sterben könnte.

Mary hat sich für den erkrankten Francis entschieden, und somit auch für Frankreich. Als Louis sie bittet, gemeinsam mit ihm das Land zu verlassen, lehnt sie das Angebot ab. Louis, der sich nicht mehr sicher fühlt, entscheidet sich unter diesen Umständen zu einem weitreichenden Schritt.

Mary setzt alle Hebel in Bewegung, um Francis davon abzuhalten, den flüchtigen Louis zu fassen.

Mary und Francis müssen ihre privaten Schwierigkeiten beiseite schieben, als die feindlichen Truppen das Schloss einnehmen wollen.

Mary setzt alles auf eine Karte, um Condé das Handwerk zu legen, selbst als Francis zu Bedenken gibt, dass sie sich mit ihrem Vorhaben gegen Frankreich wendet.