1557年。スコットランドの女王であるメアリー・ステュアートは、隣国のフランスとの同盟を確かなものにするため、6歳の時に婚約したフランス王太子のフランソワと久しぶりの再会を果たすのだった。

イングランド大使・サイモンがフランス宮廷に滞在することになった。サイモンはメアリーに「フランソワが婚姻協定に消極的だということをイングランドは承知している」と告げ、フランスとの同盟解消と帰国を迫る。

スコットランド国境でイングランド軍が不穏な動きをしているとの一報が入り、メアリーはフランス国王・アンリ2世に援軍を要請するが拒まれてしまう。メアリーはその後、ポルトガルのトマス王子と初めて出会う。

メアリーは窮地を救ってくれたポルトガルの王子・トマスとの結婚を決意し、フランス国王・アンリ2世にフランソワとの婚約解消を認めさせるため一計を案じる。一方、フランソワとバッシュはトマスの身上を調査する。

フランソワの元恋人・オリビアの出現により王宮が騒然となる。フランソワとの婚姻協定を取り戻したメアリーだったが、オリビアのことでフランソワと口論になり、酒に酔った勢いでバッシュとキスをしてしまう。

メアリーのベッドの天蓋にシカの頭部がくくり付けられるという出来事が発生した。一方、バッシュとメアリーのキスの現場を目撃してしまったフランソワはメアリーを避けるようになり、心はオリビアへと向かう。

国王・アンリ2世が出陣中、復讐心を抱く者が防御が手薄になった城を乗っ取った。メアリーとフランソワは協力して城を取り戻そうとする。そんななか、王妃・カトリーヌが城内の者を救い出す驚きの作戦を提案した。

ノストラダムスがメアリーに、ある人物が近い将来に命を落とすと予言。その予言は的中し、ノストラダムスの予知能力が本物だと信じたメアリーは、フランソワの命に関わる予言が現実になることを恐れるのだが…。

フランソワとの結婚を諦め、バッシュと共に城から逃げたメアリーだが、城に連れ戻されてしまう。フランソワとメアリーの結婚に反対する王妃・カトリーヌの意志は固く、国王・アンリ2世は反対する理由を王妃に問う。

バッシュを暗殺しようとの陰謀が失敗に終わり、王妃・カトリーヌはその計略の首謀者として周囲から疑いの目を向けられた。そんななか、メアリーは不当に投獄されていたイザベルを牢から逃がす手助けをする。

国王・アンリ2世は、王妃・カトリーヌを国への背信行為と密通の罪に問い、カトリーヌは保身のためバッシュの暗い過去を暴く。一方、メアリーとバッシュもまた、カトリーヌの秘密を暴露しようと考えていた。

フランソワは、借金を抱えた兄を助けようとしてトラブルに巻き込まれたローラを救った。ローラはフランソワに感謝し、2人は互いに好感を抱く。一方、クラリッサがアンリ2世とカトリーヌの幼い子供たちを連れ去る。

メアリーは、自分が添い遂げたいと思う相手と祖国を救うための婚姻協定について考え、フランソワとバッシュの間で揺れていた。そんな時、メアリーの実母でスコットランド王妃のマリー・ド・ギーズがフランスに来た。

メアリーとフランソワが婚礼を挙げてから2カ月が過ぎ、新婚旅行に出かけていた2人が王宮に戻ってきた。のんびりと楽しい時を過ごしたメアリーだったが、その後、全てが一変するような出来事が明らかとなる。

宮廷で、独身男性が女性にキャンドルを渡して告白する行事「ファースト・ライト」が行われる。メアリーは旅で知りあった伯爵をローラに紹介しようとするが、彼女は「参加する気分になれない」と拒んだ。

バッシュは森に潜む脅威「ダークネス」の正体を暴こうとし、彼に付き合ったフランソワが危機に陥る。一方、理性を失ったアンリ2世がバッシュのメアリーへの思いを脅威と見なし、王宮に混乱をもたらそうと企てる。

メアリーは、フランソワとの婚姻協定の裏に隠された秘密の条項の存在を知る。スコットランドの行く末にも関わるその条項は、メアリーの実母であるマリー・ド・ギーズも承知していた内容だった。

メアリーの兄・ジェームズがフランスを訪れ、メアリーに実母、マリー・ド・ギーズの窮状を告げてスコットランドへの帰国を促す。すぐに帰国したいメアリーだったが、フランソワはジェームズの様子に違和感を覚えた。

メアリーの叔父・ギーズ公が、メアリーの母、マリー・ド・ギーズに関わる重大な知らせを伝えるためフランスにやってきた。メアリーとフランソワは、互いの祖国と夫婦の絆とのはざまで厳しい選択を迫られる。

フランソワは、スコットランドでプロテスタント派によって窮地に立たされているマリー・ド・ギーズを救おうと動くが、父王・アンリ2世の考えを聞き、その兵力をイングランド征服のために使う決意をする。

メアリーと王妃・カトリーヌは過去の確執を水に流す。そして、フランスをイングランドとの戦争に駆り立てる国王・アンリ2世の暴走を力を合わせて食い止めようとするが、かえってフランソワを危険にさらしてしまう。

乱心したとしか思えない国王・アンリ2世は、息子のフランソワを殺してメアリーと結婚しようとする。父王の尋常ではない様子を認めたフランソワは、メアリーと共にフランスの歴史を変えるほどの政変を起こす。