Stephen sente delle voci e si risveglia sempre in posti diversi. Quando incontra John, Cara e Russell, capisce di avere anche lui dei superpoteri e scopre che c'è un gruppo di scienziati chiamato Ultra che sta cercando di eliminarli. Nel frattempo Stephen spera di scoprire qualcosa sulla misteriosa scomparsa del padre.

Quando gli agenti dell'Ultra tentano di "sondare" il cervello di Stephen, questi chiede aiuto ai "Tomorrow people", ma si scontra con John. Nel frattempo gli Ultra sono sulle tracce di un ragazzo dotato, come Stephen, di poteri paranormali di cui si serve per commettere atti criminali.

Mentre Astrid chiede a Stephen di accompagnarla ad una festa, lui chiede aiuto a John e Cara per salvare delle persone in pericolo. Nel frattempo John affida a Stephen il compito di entrare nel super computer della Ultra per scoprire le identità di altre persone dotate di superpoteri.

Quando il più ricercato dalla Ultra, Killian, riappare dopo anni in cui viveva nell'ombra, Stephen chiede a John di farsi aiutare a rintracciarlo. Nel frattempo, Marla, la mamma di Stephen, comincia a chiedersi dove vada sempre il figlio con i suoi nuovi amici.

Il misterioso capo di Jedikiah vuole incontrare Stephen a tutti i costi e lui, avendo paura di questo incontro si rivolge a John. Mentre John e Cara si scontrano con dei membri del loro gruppo, Stephen vuole portare Astrid al ballo della scuola.

Quando Stephen e Russell escono per andare a divertirsi, si imbattono in una persona che, come loro, è dotata di superpoteri e avvisano prontamente John e Cara. Nel frattempo, Russell viene a scoprire che suo padre è morto e Jedikiah nasconde qualcosa che potrebbe rovinare la sua intera carriera.

Stephen vuole decifrare a tutti i costi l'ultimo tassello del puzzle sulla misteriosa scomparsa di suo padre e per farlo vuole entrare nei pensieri di Jedikiah. Nel frattempo Cara e Russell fanno un brutto incontro nei tunnel della metropolitana.

John trovandosi in pericolo, chiede aiuto a Stephen che rischia di compromettere il suo ruolo da infiltrato nella Ultra. Cara e Russell, nel frattempo, cercano di trovare un accordo con Jedikiah.

Stephen pensa di aver finalmente scoperto cosa è successo a suo padre, ma i suoi amici non sanno se credergli o meno. Nel frattempo, quando vengono fuori dei segreti di John, i Tomorrow People prendono una decisione che cambierà per sempre il loro futuro.

Stephen e gli altri agenti della Ultra sono sottoposti ad un test voluto da Jedikiah che non è soddisfatto del suo team. Mentre Cara incontra qualcuno appartenente al suo passato, Russell si occuperà di un compito molto pericoloso.

Stephen non è molto felice quando gli viene assegnato il compito di addestrare una nuova recluta e intanto sua madre intanto vuole portarlo in campeggio insieme a tutto il resto della famiglia. Visto che sarà fuori città, Stephen, chiede a Cara e John di controllare Astrid.

Per proteggere Astrid, Stephen chiede aiuto ad uno dei Tomorrow People e finisce per scoprire qualcosa che sua madre gli teneva nascosto. John e Cara hanno un altro dei loro litigi e Cara subirà una dolorosa punizione.

Dopo aver saputo delle notizie sconvolgenti, Stephen cerca di rimediare tentando di trovare un accordo con Jedikiah che è impegnato a sviluppare nuove tecnologie segrete da usare per catturare i Tomorrow People. Nel frattempo Cara e Russell localizzano una nuova rivelazione.

Continuano i problemi tra John e Cara quando lui ignora i suoi ordini per cercare Julian. Nel frattempo Julian viene catturato dagli Ultra ed è costretto a stringere un accordo con loro che potrebbe avere conseguenze disastrose per lui e per Stephen.

Mentre Stephen è ancora a disagio perchè Hillary non si fida di lui, Megan decide di tradire la fiducia di Jedikiah e unirsi ai Tomorrow People. Nel frattempo sia la Ultra che i Tomorrow People vengono a conoscenza di un individuo che usa i suoi poteri per far del bene all'umanità.

Stephen scopre un importante dettaglio che i Tomorrow People cercavano di scoprire da anni. John e Russell scoprono finalmente cos'ha in mente di fare Jedikiah e sarà una cosa che nessuno di loro si aspettava.

Stanco delle continue bugie che Jedikiah gli racconta riguardo suo padre Jack, Stephen fa una scelta riguardo le persone con cui vuole allearsi. Nel frattempo, fidandosi della Ultra e di Hillary, Stephen porta una nuova rivelazione nella Ultra per vedere se le cose sono davvero cambiate.

Il continuo doppiogioco di Stephen tra la Ultra e il gruppo dei Tomorrow People sembra finalmente portare ad una tregua tra tutti loro, ma Cara, ancora poco fiduciosa riguardo questa alleanza, manda Russell a scoprire la verità su chi sia il Fondatore. Nel frattempo Jedikiah continua la sua fuga dalla Ultra per impedirgli di scoprire il suo segreto.

Visto un possibile ritorno all'orizzonte, tutti sono preoccupati da cosa potrebbe accadere se il Fondatore lo scoprisse. Stephen intanto, dopo aver scoperto cos'e' in realtà il macchinario che il Fondatore gli faceva usare, ha bisogno dell'aiuto di John e Cara per distruggerlo una volta per tutte.

Non appena i Tomorrow People scoprono a cosa serve la sostanza che gli è stata iniettata, Stephen e Cara cercando di guadagnare tempo prezioso mentre Jedikiah cerca di creare un antidoto. Nel frattempo Russell e gli altri, decidono di sacrificare Roger consegnandolo alla Ultra.

Russell capisce che allearsi con il fondatore è stato uno sbaglio e cerca di rimediare salvando Cara da un'imboscata della Ultra. Stephen si rende conto che è lui quello che dovrà fermare la macchina prima che stermini tutta la razza umana, ma per farlo avrà bisogno dell'aiuto di John, Russell e Astrid.