In der Serienpremiere trifft Stephen zum ersten Mal auf die Tomorrow People – John, Cara und Russell. Außerdem erlebt er eine weitere Überraschung, die ihn auf seinen eigenen Weg führt, von dem er hofft, dass er ihm dabei hilft, die Wahrheit über das mysteriöse Verschwinden seines Vaters aufzudecken.

Als Ultra versucht, Stephens Gehirn zu untersuchen, bittet er seine Kollegen von Tomorrow People um Hilfe, wird jedoch von einem wütenden John abgewiesen – so dass Cara hinter seinem Rücken gehen muss, um Stephen zu helfen.

Als Stephen erfährt, dass einer seiner Klassenkameraden in Gefahr ist, bittet er John und Cara um Hilfe. Als John sich weigert, einem Menschen zu helfen, bittet Stephen heimlich Cara um Hilfe.

Als der meistgesuchte Ultra von Ultra, Killian McCrane (JASON DOHRING), nach Jahren des Versteckens wieder auftaucht, bittet Stephen John um Hilfe, um ihn aufzuspüren – und bringt so unerledigte Geschäfte zurück.

Nachdem Stephen während einer Trainingsübung gegen das Protokoll verstößt, besteht Jedikiahs mysteriöser Chef darauf, ihn zu treffen. Da Jedikiah ihn nicht beschützen kann, bittet Stephen John um Hilfe.

Als Russell erfährt, dass sein Vater gestorben ist, ist er hin- und hergerissen, ob er nach Hause gehen soll oder nicht, doch John meldet sich freiwillig, ihn zu begleiten und ihm dabei zu helfen, Ärger zu vermeiden.

Stephen ist fest entschlossen, den Schlüssel zur Suche nach seinem Vater zu finden und schmiedet mit den Tomorrow People einen Plan, der darin besteht, in Jedikiahs Kopf einzudringen.

Stephen ist mit dem, was er über das Verschwinden seines Vaters herausgefunden hat, nicht zufrieden und beschließt, mit Hilfe seiner Tomorrow People-Kollegen drastische Maßnahmen zu ergreifen, um die Wahrheit herauszufinden.

Die Tomorrow People bekommen endlich einen Hinweis auf Ultras geheimes Forschungslabor und schmieden einen gefährlichen Plan, um alle dort Gefangenen zu befreien.

Stephen und seine Ultra-Auszubildenden werden von Jedikiah einem Test unterzogen, um herauszufinden, wer es wert ist, Ultra-Agent zu werden, aber nicht jeder ist glücklich, als Team zu arbeiten.

Stephen fühlt sich unwohl wegen seiner Mitpraktikantin (ALEXA VEGA), die ihre eigenen geheimen Pläne hat, sowie wegen des neuen Freundes seiner Mutter (ROBERT GANT), den er nur schwer durchschauen kann.

Stephen ist verärgert darüber, dass Jedikiah sein Wort gebrochen hat und ihn dem Gründer (SIMON MERRELLS) überlassen hat, und macht einen gefährlichen Deal, um Astrid zu beschützen.

Nachdem Stephen schockierende Nachrichten erhalten hat, versucht er, die Ordnung in seinen beiden Welten wiederherzustellen, indem er einen Deal mit Jedikiah abschließt, der kurz davor steht, eine neue Technologie zu entwickeln, die seine Zukunft verändern könnte.

Julian (Gaststar JAMES MacKAY) ist zurück und wütender als je zuvor, aber als er von Ultra erwischt wird, ist er gezwungen, einen Deal abzuschließen, der sein und Stephen das Leben kosten könnte.

Als die Tomorrow People und Ultra von einem neuen Ausbruch erfahren, der gut für Menschen ist, wollen sie sie auf ihrer Seite.

Während Stephen zufällig auf einen Hinweis stößt, den die Tomorrow People verzweifelt gesucht haben, erfahren John und Russel von Jedikiahs gefährlichem Plan.

Stephen hat Jedikiahs Lügen über seinen Vater so satt, dass er einen Ausbrecher zu Ultra bringen will, um zu sehen, ob sich die Dinge wirklich geändert haben. Dies verstört Cara sehr.

Da ein Waffenstillstand zwischen den Tomorrow People und Ultra möglich scheint, ist Jedikiah auf der Flucht und versucht verzweifelt, zu verhindern, dass Ultra sein Geheimnis entdeckt.

Rogers Rückkehr scheint bald möglich zu werden, und alle sind sehr besorgt über die Konsequenzen. Viele der Tomorrow People haben jedoch alle Hoffnung verloren und wählen den Alleingang.

Als die Tomorrow People die Wahrheit über das ihnen verabreichte Serum erfahren, versuchen Stephen und Cara, Zeit für Jedikiah zu gewinnen, während er versucht, ein Gegengift zu schaffen.

Im Finale der Staffel sieht Stephen ein, dass er es ist, der die Maschine stoppen und die Ausrottung der Menschheit verhindern muss, aber er fürchtet, dass es bereits zu spät ist.