Stephen Jameson era un chico normal hasta que comenzó a escuchar voces en su mente y a teletransportarse en sus sueños sin saber dónde podría despertar, por lo que comienza a cuestionar su cordura. En su desesperación, Stephen decide escuchar a las voces en su cabeza, que lo llevan a su primer encuentro con John, Cara y Russell y descubre que son una raza genéticamente avanzada con habilidades de telequinesis, teletransportación y la comunicación telepática. Los chicos, son perseguidos por un grupo paramilitar de científicos conocidos como Ultra, que es dirigido por el Dr. Jedikiah Price y que ve a esta nueva raza como una amenaza. En secreto, el Dr. Price ofrece a Stephen la oportunidad de una vida normal si le ayuda en la lucha para aislar y erradicar al grupo, es entonces que Stephen se ve entre darle la espalda a la humanidad y a una vida normal o hacia un futuro desconocido con su nuevo grupo de amigos.

Stephen acude a los chicos en busca de ayuda pero un enojado John se la niega, obligando a Cara a actuar a sus espaldas. Mientras tanto, Ultra sigue la pista de un chico que está aprendiendo a usar sus poderes para cometer crímenes. Stephen sigue la pista del chico pero se sorprende cuando un equipo de Ultra interviene. Al saber las verdaderas intenciones de la organización, John aconseja a Stephen para que se convierta en un espía para los chicos, sin dejar de perseguir las respuestas sobre su padre.

Astrid invita a Stephen a un fiesta y él acepta de mala gana. Ahí, el chico se entera que Emily -una de sus compañeros de clase- está en peligro, por lo que pide ayuda a John y Cara, quienes le dejan en claro que ellos no ayudan a los humanos. Más tarde, los intentos de Stephen por reclutar la ayuda de Cara hacen que los traumas de su pasado resurjan. Finalmente, John trata de convencer a Stephen de infiltrarse en la computadora principal de Ultra para tener una ventaja.

Después de años de estar en la clandestinidad, Killian McCrane uno de los más buscados por Ultra reaparece y Stephen busca la ayuda de John para atraparlo. En un principio, John se niega pero cambia de opinión cuando descubre que McCrane no está tras Jedikiah. Cara le cuenta a Stephen la historia entre John y Killian, que trae recuerdos del pasado de John, quien hace algo que pensó que jamás volvería a hacer. Finalmente la madre de Stephen comienza a sospechar de sus actividades, poniéndolo en una posición incómoda.

Stephen y Russell salen a la superficie para divertirse un rato y se encuentran con una chica a quien acaban de manifestársele sus poderes e intentan llevarla con ellos pero la chica escapa, por lo que lo reportan a John y Cara, quienes quieren mantener un perfil bajo con Ultra. Russell se entera de que su padre ha fallecido y se debate acerca de si debe o no ir a casa. John se ofrece a acompañar a Russell para ayudarlo a mantenerse fuera de problemas. Mientras tanto, se revela que Jedikiah tiene un impactante secreto que podría destruir su carrera.

Después de que Stephen decide divertirse un poco utilizando sus poderes, Jedikiah toma medidas extremas para asegurarse de que eso no vuelva a ocurrir. John siente una extraña tensión entre él y Cara después de regresar de su viaje con Russell. Stephen intenta manejar un nuevo y peligroso iniciado por su cuenta, pero pronto se encuentra con más de lo que puede lidiar.

Stephen está decidido a descubrir lo que espera sea la clave para encontrar a su padre e idea un plan con los Chicos del mañana que consiste en meterse en la memoria de Jedikiah, pero algo sale mal y Russell lo lleva a la base del metro, donde es mantenido cautivo a cambio de la información que desean. Stephen toma una arriesgada oportunidad y accede a los archivos de Ultra.

Cuando John se ve envuelto en una situación peligrosa, Stephen es incapaz de ayudarlo sin revelarse ante Ultra. No satisfecho con la respuesta que ha descubierto acerca de la desaparición de su padre, Stephen decide tomar medidas drásticas con la ayuda de los Chicos del mañana para averiguar la verdad. Mientras tanto, Cara y Russell negocian un intercambio con Jedikiah, quien en última instancia se ve obligado a tomar una decisión riesgosa. Finalmente, Stephen encuentra el camino al Limbo.

Después de volver del limbo, Stephen cree que tiene una pista sobre lo que le sucedió a su padre pero los Chicos del mañana no están tan seguros de creerle y toman una decisión inesperada sobre su futuro cuando se enteran de cosas decepcionantes sobre John. Así mismo, reciben una pista sobre la investigación secreta de Ultra e idean un plan para liberar a todos aquellos que permanecen cautivos. Mientras tanto, Marla presenta a un hombre con el que ha estado saliendo ante Luca y Stephen, pero éste tiene problemas al tratar de leerlo.

Julian Masters - un sádico Persona Mañana que se excita de los efectos de la barrera principal está de vuelta en la ciudad y atrae la atención de Cara que alguna vez se asoció con él y su novia. Ultra es también en la búsqueda de Julian durante el entrenamiento de nuevos reclutas que tienen que dar la talla como agentes o tienen sus poderes removidos. Stephen choca con un nuevo recluta, Hillary que está decidido a hacer las cosas a su manera y no como un equipo. Mientras tanto, en la guarida, Charlotte está teniendo pesadillas de la ciudadela, y está emitiendo impulsivamente una retroalimentación telepática violenta a sus compañeros chicos del mañana, que Cara piensa que sería útil usar contra Julian. Russell es golpeado casi hasta la muerte de Julian y su banda después de descubrir que los planes para aterrorizar a todo un complejo de apartamentos en un flagrante acto de odio. Seguridad de Astrid está seriamente comprometida después de que testigos Hillary Stephen teletransportarse alejarla.

Stephen se preocupa cuando Hillary deja ver que sabe sobre Astrid. Peter invita a Marla y Luca a ir de campamento, sin embargo, Stephen decide unirse para evitar que su familia esté expuesta a alguna situación peligrosa. Sabiendo que estará fuera de la ciudad, Stephen acude a John y Cara para pedirles que mantengan a salvo a Astrid. Cara y Astrid creen que Stephen está siendo paranoico pero John cree que podría tener razón y se ofrece a vigilar a Astrid. Finalmente, John, Cara y Stephen creen haber descubierto a un iniciado.

Stephen enfrenta a Jedikiah por poner a Astrid en la mira de Ultra. El Fundador acude a Stephen con la promesa de poner a salvo a Astrid a cambio de que el chico capture a una poderosa iniciada con la que comparte una extraña conexión. Mientras Cara y John ayudan a Stephen en la tarea de atrapar a Cassie, Marla acude a Jedikiah y amenaza con exponer a Ultra frente al mundo. Cuando El Fundador cree que Stephen lo traicionó, John toma una decisión arriesgada que lo lleva a enfrentarse con Cara. Finalmente, Stephen descubre un sorprendente secreto sobre su madre.

Tras hacer un impactante descubrimiento, Stephen intenta restaurar el orden con sus dos familias y hace un trato con Jedikiah. Con un nuevo iniciado suelto, Cara y Russell tratan de atraerlo, pero deben enfrentarse a una trampa de Ultra. Mientras tanto, Jedikiah está más cerca de desarrollar una nueva tecnología secreto que podría cambiar su futuro.

Julian regresa y está más furioso que nunca y cuando se ve atrapado por Ultra decide hacer un trato con Jedikiah que podría costarle la vida y la de Stephen. Mientras tanto, Astrid está plagada de pesadillas después de su experiencia cercana a la muerte y se dirige a su nuevo amigo John para un poco de consuelo. John desobedece una vez más las órdenes de Cara cuando se entera de que Julian ha descubierto la localización de la guarida de los chicos del mañana. Finalmente, Stephen encuentra un extraño artefacto que era de su padre.

Stephen sigue en la mira de Hillary, quien aún sospecha de su lealtad hacia Ultra. Cuando los Chicos del mañana y Ultra descubren que hay una nueva iniciada haciendo el bien a los seres humanos, ambos la quieren de su lado. Mientras tanto, Morgan toma un riesgo y traiciona la confianza de Jedikiah para ayudar a los Chicos del mañana, pero lo que descubre Jedikiah de Morgan es una sorpresa aún mayor.

Stephen encuentra una pista que los chicos del mañana han estado buscando desesperadamente; Russell y John descubren que Jedikiah está trabajando en un peligro plan del cual nadie podría haber predicho el resultado final. Mientras tanto, Cara sigue una pista sobre un nuevo iniciado pero se sorprende al descubrir que se trata de alguien de su pasado.

Con el Fundador ofreciendo paz para los Chicos del mañana y harto de las mentiras de Jedikiah, Stephen decide dónde depositar su confianza. Cuando un nuevo iniciado aparece, a pesar de la oposición de Cara y confiando en Hillary, Stephen decide llevarlo a Ultra para descubrir si las cosas han cambiado realmente. Mientras tanto, Luca desaparece después de que Jedikiah le revelara la verdad sobre Stephen. Finalmente, el Fundador logra que Stephen haga una prueba con la máquina que podría crear la paz entre su especie y los humanos.

Stephen sigue entrenando para dominar sus tres poderes y así poder usar la máquina del Fundador para traer a Roger de vuelta a la vida. Mientras tanto, el Fundador ofrece una tregua a los Chicos del mañana. Aún desconfiando de las intenciones del señor Bathory, Cara envía a Russell a hacer una valoración de la oferta. Después de atacar las instalaciones de Ultra, Jedikiah se preocupa por que Ultra descubra que mantiene congelado el cuerpo de Roger y alista la ayuda de John. Finalmente, con la ayuda de Hillary, Stephen intenta traer a su padre de vuelta a la vida.

Con el regreso de Roger, todo el mundo está preocupado por las consecuencias que habría si el Fundador llegara a enterarse. Mientras tanto, ahora que sabe la verdad sobre la máquina que el Fundador ha estado usando para entrenarlo, Stephen recluta la ayuda de Cara y John para destruirla. Por otra parte, Natalie y otros chicos del mañana que han perdido la esperanza de poder encontrar El Refugio, optan por salir a la superficie y hacer las cosas por su cuenta, sin embargo, Cara envía a Russell con ellos para vigilarlos.

Cuando los Chicos del mañana descubren la verdad sobre el suero que les fue inyectado, Cara y Stephen intentan ganar tiempo para que Jedikiah sea capaz de crear un antídoto. Ante la impaciencia, Russell y aquellos que fueron inyectados deciden entregar a Roger a Ultra para su propia seguridad. Mientras tanto, John está teniendo dificultades para aceptar su nuevo estatus y acude a Astrid en busca de consejos.

Después de darse cuenta que confiar en el Fundador fue un error, Russell intenta enmendar la situación ayudando a Cara a salir de una emboscada de Ultra. Mientras tanto, Stephen entiende que debe ser él quien destruya la Máquina y salve a la humanidad, pero teme que sea muy tarde. Por otra parte, Russell idea un plan para ayudar a Stephen y recluta la ayuda de los Chicos del mañana y de John y Astrid. Finalmente, un ofrecimiento de Jedikiah podría ponerlo a trabajar nuevamente junto a John.