Stephen kan plotseling teleporteren, telepathie en telekinese uitvoeren, zoals de stem in zijn hoofd Cara, en anderen die ondergronds leven. Zijn vermiste vader was hun leider. Zijn oom Jed leidt Ultra, die ze vindt en vermoordt of hun krachten overneemt.

Jed stuurt Stephen met een oudere partner om dief 17 te vangen en steelt voor zijn zieke moeder. Cara geeft Stephen een horloge met chip ter bescherming tegen gedachtenlezers die Jed op zijn neef zet.

Stephen plant een computervirus voor het verzenden van ontsnappingslocaties naar de door rebellen gestolen supercomputer Tim, maar Jed stuurt een hinderlaag en houdt Cara in de val. Stephen biedt aan om haar te injecteren met het krachtige serum van Ultra. Cara onthult hoe haar krachten kwamen.

Wanneer Ultra's meest gezochte, Killian McCrane, weer opduikt na jaren van onderduiken, roept Stephen John in om hem op te sporen. John stemt met tegenzin in om te helpen, maar bedenkt zich als hij hoort dat Killian niet achter Jedikiah aan zit, zoals iedereen vermoedt. Stephen wil helpen, maar Cara legt uit dat John's geschiedenis met Killian, die een stroom aan herinneringen uit Johns verleden oproept, hem ertoe aanzet iets te doen waarvan hij nooit had gedacht dat hij het nog een keer zou doen. Ondertussen wantrouwt Stephen's moeder Maral zijn verblijfplaats en plaatst hem in een lastige positie.

Nadat Stephen tijdens een training het Ultra-protocol heeft overtreden, staat de mysterieuze baas van Jedikiah erop om Stephen te ontmoeten. Stephen maakt zich zorgen als hij hoort dat Jedikiah hem niet kan beschermen, dus wendt hij zich tot John, die alleen om egoïstische redenen geïnteresseerd is. Elders willen de Tomorrow People wanhopig naar de top gaan van een feest als normale mensen, maar John en Cara zijn het oneens over het gevaarlijke plan. Ondertussen maakt Stephen een plan om samen met Astrid naar Homecoming te gaan, maar als hij haar weer op borgtocht geeft, besluit ze erachter te komen wat hij echt van plan is.

Wanneer Stephen en Russell op pad gaan voor een avondje plezier, komen ze een mogelijke nieuwe uitbraak tegen. Stephen en Russell brengen verslag uit aan John en Cara over de nieuwe persoon, maar ze willen Ultra op de achtergrond houden. Helaas komt Russell erachter dat zijn vader is overleden en dat hij verscheurd is of hij wel of niet naar huis moet gaan. John meldt zich aan om Russell te vergezellen om hem uit de problemen te houden. Ondertussen heeft Jedikiah een schokkend geheim dat zijn carrière zou kunnen vernietigen.

Wanneer Stephen besluit plezier te maken met zijn nieuwe krachten, neemt Jedikiah extreme maatregelen om ervoor te zorgen dat het niet nog een keer gebeurt. Nadat John en Russell zijn teruggekeerd van hun reis, voelt John een vreemde spanning tussen hem en Cara. Stephen probeert zelf een nieuwe en gevaarlijke uitbraak aan te pakken, maar merkt dat hij boven zijn hoofd zit en hulp nodig heeft van zijn collega's van Tomorrow People. Ondertussen heeft Stephen een moment van duidelijkheid als het om zijn vader gaat, en hij is vastbeslotener dan ooit om erachter te komen wat er met hem is gebeurd.

Stephen is vastbesloten te ontdekken wat hij hoopt dat de sleutel is om zijn vader te vinden, en bedenkt een plan met de Tomorrow People waarbij hij in het hoofd van Jedikiah moet kruipen. Ondertussen ontmoeten Cara en Russell een ongenode bezoeker in de metrotunnel. Stephen grijpt een riskante kans en snuffelt rond in Ultra.

Wanneer John zich in een gevaarlijke situatie bevindt, kan Stephen niet helpen zonder zich aan Ultra te openbaren. Niet tevreden met het antwoord dat hij heeft ontdekt over de verdwijning van zijn vader, besluit Stephen drastische maatregelen te nemen met de hulp van zijn mede Tomorrow People om de waarheid te achterhalen. Ondertussen onderhandelen Cara en Russell een transactie met Jedikiah, waardoor Jedikiah uiteindelijk een groot risico neemt.

Nadat Stephen van de rand is teruggekeerd, denkt hij dat hij een idee heeft van wat er met zijn vader is gebeurd, maar zijn collega's van Tomorrow People weten niet zeker of ze hem geloven. Als de Tomorrow People teleurstellend nieuws van John horen, nemen ze een onverwachte beslissing over hun toekomst. De Tomorrow People krijgen eindelijk een aanwijzing in het geheime onderzoekslaboratorium van Ultra en ze bedenken een gevaarlijk plan om al degenen die daar gevangen worden gehouden, te bevrijden. Ondertussen stelt Stephen's moeder Stephen en zijn broer Luca voor aan een nieuwe man met wie ze aan het daten is - maar Stephen vindt het moeilijk om hem te lezen.

Stephen en zijn mede-Ultra-trainees krijgen een test van Jedikiah om te zien wie het waard is om Ultra-agent te worden, maar niet iedereen is blij om als team te werken. Cara wordt geconfronteerd met een mysterieuze bezoeker uit haar verleden. Russell wordt op een gevaarlijke verkenningsmissie gestuurd die een botsing tussen Tomorrow People-groepen zou kunnen veroorzaken. Ondertussen werkt John met een nieuwe uitbraak.

Er lijkt iets mis te zijn ... Stephen voelt zich ongemakkelijk over zijn medestudent Hillary, die een eigen geheime agenda heeft. De moeder van Stephen wil dat het gezin gaat kamperen, inclusief haar nieuwe vriend Peter, die Stephen moeilijk lijkt te lezen. Wetende dat hij de stad uit zal zijn, vraagt Stephen Cara en John om ervoor te zorgen dat alles in orde is met Astrid terwijl hij weg is.

Stephen wordt vanwege Jedikiah aan The Founder overgelaten. Om Astrid te beschermen, moet hij een gevaarlijke deal sluiten. Cara geeft John een harde en onverwachte straf wanneer ze botsen. Een verrassend geheim over Stephen's moeder wordt onthuld.

Na schokkend nieuws te hebben ontvangen, probeert Stephen de orde in zijn beide werelden te herstellen door een deal te sluiten met Jedikiah. Met een nieuwe ontsnapping proberen Cara en Russell hem naar binnen te lokken, maar ze moeten het opnemen tegen een val van Ultra. Ondertussen is Jedikiah dichter bij de ontwikkeling van een nieuwe geheime technologie die zijn toekomst zou kunnen veranderen.

Julian is terug en bozer dan ooit, maar wanneer hij betrapt wordt door Ultra, wordt hij gedwongen een deal te sluiten die het leven van hem en Stephen zou kunnen kosten. John is opnieuw ongehoorzaam aan Cara's bevelen wanneer hij hoort dat de Julian de locatie van het Tomorrow People's hol heeft ontdekt. Ondertussen wordt Astrid geplaagd door nachtmerries na haar bijna-doodervaring en wendt zich tot haar nieuwe vriend John voor wat troost.

Stephen loopt nog steeds een dunne lijn met zijn Ultra-partner Hillary, die zijn loyaliteit blijft wantrouwen. Wanneer de Tomorrow People en Ultra ontdekken dat er een nieuwe uitbraak is die goed is voor de mens, willen ze haar allebei aan hun kant. Ondertussen neemt Morgan een risico en verraadt het vertrouwen van Jedikiah om de Tomorrow People te helpen - maar wat Jedikiah van Morgan ontdekt, is een nog grotere verrassing.

De waarheid over het verleden komt naar voren. Confrontaties met de oprichters en Jedekiah dwingen de mensen van morgen om partij te kiezen.

Zowel Ultra als The Tomorrow People volgen een uitbraak die pronkt met zijn krachten als straatmagiër. Jedikiah is voor Ultra gevlucht en vertelt Luca over Stephen's krachten. Ondertussen kondigt The Leader het ontstaan van een vriendelijkere en zachtere Ultra aan.

De oprichter vraagt om een top met The Tomorrow People. Cara is het daarmee eens, maar alleen als Hillary gegijzeld wordt. Ultra-agenten vinden de schuilplaats van Jedikiah, maar met de hulp van John ontsnapt de gevangenen. Stephen probeert Roger te bereiken met de machine van Ultra.

Iedereen maakt zich zorgen over de gevolgen als de stichter hoort dat Roger terug kan komen. Ondertussen probeert Stephen de machine te vernietigen die de oprichter heeft gebruikt om hem te trainen.

Russell besluit Roger op te offeren. Ondertussen wendt John zich tot Astrid voor advies.