Stephen sente delle voci e si risveglia sempre in posti diversi. Quando incontra John, Cara e Russell, capisce di avere anche lui dei superpoteri e scopre che c'è un gruppo di scienziati chiamato Ultra che sta cercando di eliminarli. Nel frattempo Stephen spera di scoprire qualcosa sulla misteriosa scomparsa del padre.

Quando gli agenti dell'Ultra tentano di "sondare" il cervello di Stephen, questi chiede aiuto ai "Tomorrow people", ma si scontra con John. Nel frattempo gli Ultra sono sulle tracce di un ragazzo dotato, come Stephen, di poteri paranormali di cui si serve per commettere atti criminali.

Quando il più ricercato dalla Ultra, Killian, riappare dopo anni in cui viveva nell'ombra, Stephen chiede a John di farsi aiutare a rintracciarlo. Nel frattempo, Marla, la mamma di Stephen, comincia a chiedersi dove vada sempre il figlio con i suoi nuovi amici.

Mentre Stephen vuole andare in giro a divertirsi col suo nuovo potere, Jedikiah fa di tutto per fermarlo. Nel frattempo John sente sempre più tensioni con Cara e Stephen ricorda una cosa importantissima e vuole scoprire a tutti i costi cosa è successo a suo padre.

Stephen pensa di aver finalmente scoperto cosa è successo a suo padre, ma i suoi amici non sanno se credergli o meno. Nel frattempo, quando vengono fuori dei segreti di John, i Tomorrow People prendono una decisione che cambierà per sempre il loro futuro.

Stephen e gli altri agenti della Ultra sono sottoposti ad un test voluto da Jedikiah che non è soddisfatto del suo team. Mentre Cara incontra qualcuno appartenente al suo passato, Russell si occuperà di un compito molto pericoloso.

Stephen non è molto felice quando gli viene assegnato il compito di addestrare una nuova recluta e intanto sua madre intanto vuole portarlo in campeggio insieme a tutto il resto della famiglia. Visto che sarà fuori città, Stephen, chiede a Cara e John di controllare Astrid.

Per proteggere Astrid, Stephen chiede aiuto ad uno dei Tomorrow People e finisce per scoprire qualcosa che sua madre gli teneva nascosto. John e Cara hanno un altro dei loro litigi e Cara subirà una dolorosa punizione.

Dopo aver saputo delle notizie sconvolgenti, Stephen cerca di rimediare tentando di trovare un accordo con Jedikiah che è impegnato a sviluppare nuove tecnologie segrete da usare per catturare i Tomorrow People. Nel frattempo Cara e Russell localizzano una nuova rivelazione.

Stanco delle continue bugie che Jedikiah gli racconta riguardo suo padre Jack, Stephen fa una scelta riguardo le persone con cui vuole allearsi. Nel frattempo, fidandosi della Ultra e di Hillary, Stephen porta una nuova rivelazione nella Ultra per vedere se le cose sono davvero cambiate.

Visto un possibile ritorno all'orizzonte, tutti sono preoccupati da cosa potrebbe accadere se il Fondatore lo scoprisse. Stephen intanto, dopo aver scoperto cos'e' in realtà il macchinario che il Fondatore gli faceva usare, ha bisogno dell'aiuto di John e Cara per distruggerlo una volta per tutte.

Non appena i Tomorrow People scoprono a cosa serve la sostanza che gli è stata iniettata, Stephen e Cara cercando di guadagnare tempo prezioso mentre Jedikiah cerca di creare un antidoto. Nel frattempo Russell e gli altri, decidono di sacrificare Roger consegnandolo alla Ultra.