베를린에서 출발한 여객기 한 대가 뉴욕의 JFK 공항에 착륙한 직후 통신이 두절되고, 탑승객 전원이 사망한 채로 발견된다.

이 전대미문의 사건을 조사하기 위해 에프 굿웨더 박사가 이끄는 질병관리센터의 프로젝트 팀이 파견되고, 뒤늦게 생존자 네 사람이 발견된다.

그리고 화물칸에서는 썩은 흙으로 채워진, 관으로 추정되는 검은 나무상자가 발견된다.

실마리를 찾을 수 없어 당황하는 그들 앞에 전에도 이 사건을 본 적이 있고, 이유를 불문하고 시신을 모두 살처분해야 한다고 주장하는 노인이 나타나는데...

불시착한 비행기에서 사망한 승객들의 사망원인을 밝혀내기 위해 고군분투하던 에프와 노라는 두개골이 처참하게 깨어져 사망한 탑장 비숍의 시신을 발견한다.

엎친 데 덮친 격으로 의료적 격리가 불러올 경제적인 타격을 최소화하기 위해 정부는 진실을 은폐하고, 항공기의 시스템 결함이 사고의 원인이라며 공식적인 발표를 서두른다.

주변의 방해에도, 사라진 대형 캐비닛의 행방과 생존자들의 심상치 않은 증상을 몰래 조사하던 에프는 일 때문에 멀어져만 가는 가족에 대한 그리움과 아픔을 숨기지 못하는데...

206구의 시신과 법의관사무소 직원들이 사라져버린 상황에서, 에프와 노라는 불가해한 사건의 답을 찾고자 고군분투한다.

노라는 공항에서 체포되었던 노인 세트라키안이 무엇인가를 알고 있다고 직감하고 그를 찾아가지만, 돌아오는 것은 해야 할 일을 할 준비가 되면 찾아오라는 냉담한 반응뿐이다.

시간이 흐르면서 레드펀 기장의 병세는 점차 악화되고 다른 3명의 생존자의 몸에도 끔찍한 변화가 나타나기 시작하는데…

괴물로 변해버린 레드펀 기장을 보고 경악한 에프와 노라는 기장의 시신을 해부하기로 한다. 끔찍하게 변해버린 기장의 몸을 부검해 상태를 살핀 에프와 노라는 시신의 목을 베고 불태워야 한다는 세트라키안의 말을 되새긴다. 한편, 부검을 지켜보며 걷잡을 수 없는 상황에 놀란 짐은 상자를 몰래 내보낸 것이 배후 세력과 결탁한 자신의 짓이었음을 고백하고 에프와 노라에게 용서를 구하는데...

뱀파이어로 변한 볼리바는 검진을 위해 방문한 의사를 물어뜯어 죽이고 만다.

이 광경을 목격한 볼리바의 매니저 루비는 사건을 덮기 위해 해결사를 고용하지만 사건은 점점 더 커진다.

한편, 세트리키안과 뱀파이어 사냥에 나선 에프는 끔찍한 전염병의 실체를 녹화해 상부를 설득하기 위해 애쓰는데…

도시를 떠나라는 경고를 하기 위해 켈리를 찾은 에프는 연방요원들에게 붙잡히고 만다.

레드펀 기장을 죽인 범인으로 몰린 에프는 자신의 결백을 밝히기 위해 자신이 알고 있는 모든 진실을 털어 놓는다.

그러나 요원들이 자신의 말을 믿지 않자 에프는 요원들을 설득하기 위해 사라진 시신들이 있는 곳을 안다며 길을 안내하는데…

자신 때문에 전염병이 확산됐다는 사실에 죄책감을 느낀 짐은 아내와 뉴욕을 떠나는 대신 뉴욕에 남아 사건을 해결하고자 한다.

에프는 마스터를 죽이면 그의 씨가 모조리 죽을 거라는 세트라키안의 말에 의문을 가지면서도 세트라키안의 말을 따르기로 한다.

세트라키안 일행은 짐을 미끼로 삼아 아이히호르스트를 불러내는 데 성공하고 그를 추적하다 부상을 입히는 데 성공하는데…

켈리와 잭을 걱정해 집으로 찾아간 에프는 뱀파이어로 변해버린 맷이 잭을 공격하고 있는 모습을 발견한다.

가까스로 맷을 죽이고 잭을 구한 에프는 켈리가 온 종일 연락이 되지 않는다는 사실을 알게 된다.

한편, 세트라키안과 대화를 나누던 더치는 통신 수단을 두절시킨 것이 자신의 짓이었음을 고백하고 배후에 있던 아이히호르스트와 파머의 존재를 밝히는데…

실종된 켈리를 찾아 나선 에프는 파헤치면 파헤칠수록 계속되는 불길한 징조에 불안해한다.

맷에게 감염돼 스트리고이가 되어 버린 켈리는 잭을 데리러 가기로 한 것을 기억하고 잭을 찾아 헤매다 절친한 친구인 다이앤과 그의 아들 마일즈를 감염시키고 만다.

한편, 더치와 페트는 인터넷 서버를 회복시키기 위해 파머의 스톤하트 그룹에 잠입하려 하는데…

마스터를 죽이면 그의 자식들도 모두 죽는다는 세트라키안의 말을 믿기로 한 에프는 아들 잭과 노라의 어머니 마리엘라를 전당포에 남기고 마스터를 잡기 위해 길을 떠난다.

인간의 고통을 찾아 세계무역센터 지하에 숨어든 마스터와 그의 씨들을 처단하기 위해 터널로 들어선 에프 일행은 켈리의 목소리에 이끌려 마스터를 만나게 되는데…

순간적인 충동과 분노에 사로잡혀 무턱대고 앞으로 나서던 세트라키안은 자신의 경솔한 행동이 모두를 위험에 빠뜨리게 할 수도 있었다는 것을 깨닫고 사과의 말을 전한다.

한편, 돌아온 더치는 재난경보방송의 신호를 우회하여 TV와 라디오를 통해 사람들에게 긴급 사태를 알리자는 제안을 한다.

안전할 것만 같았던 세트라키안의 전당포에도 뱀파이어들이 찾아들고 노라의 엄마 마리엘라마저 뱀파이어로 변할 위기에 처하는데…

놀라운 속도로 기력을 회복한 파머는 아이히호르스트와 함께 다니며 본격적으로 마스터의 수족 노릇을 시작한다.

아깝게 마스터를 놓친 세트라키안은 복수의 칼을 갈며 마스터를 찾아 헤맨다.

뱀파이어들이 몰려있던 장소를 수색하던 에프와 페트는 볼리바의 극장이 마스터의 은신처라는 것을 알아내고 대열을 정비해 마스터 소탕 작전을 벌인다.

한편, 정체불명의 뱀파이어에게 납치된 거스는 고대 뱀파이어의 존재를 알고 경악하는데…