Un Boeing 777 semble avoir disparu des radars peu avant son arrivée à l'aéroport new-yorkais JFK. Pourtant, peu après, l'appareil est bien retrouvé sur le tarmac, mais ne donne aucun signe de vie. Dépêché sur les lieux, épistémologiste Ephraim Gooweather découvre à l'intérieur de l'appareil que tous les occupants sont morts.

Gus parvient à livrer le cercueil dans un parking sous-terrain désert, mais prend la fuite après avoir entendu un bruit effrayant en sortir. De son côté, Ephraim tente de garder les survivants en quarantaine contre l'avis de ses supérieurs. Abraham, toujours en détention, reçoit la visite d'une vieille connaissance...

Eph et Nora tentent de sauver la vie du capitaine Redfern. De son côté, Fet, alerté par de nombreux signalements d'attaques de rat, pense qu'il se trame quelque chose sous la ville. Libéré de prison, Setrakian est prêt à tout pour arrêter l'épidémie. Quant à l'étrange Thomas Eichorst, il propose un marché à Jim Kent...

Eph, Nora et Jim sont sous le choc de la transformation de leur patient, le capitaine Redfern, en une créature maléfique. Ils pratiquent une autopsie et découvrent que le métabolisme de ce mutant défie les lois de la nature. Eph prend conscience que ce phénomène doit être stoppé à tout prix. Jim lui avoue alors qu'il a fauté en laissant passer la mystérieuse boîte lors des contrôles à l'aéroport. De son côté, Ansel, l'un des rescapés, comprend qu'il est rongé par un mal incurable...

Eph comprend que Setrakian a raison : ils font face à une menace inédite et les créatures infectées ne sont plus humaines : ce sont des vampires assoiffés de sang. Eph veut convaincre les autorités de mettre la ville en quarantaine. Setrakian, lui, veut partir en chasse car il pense que les survivants du vol sont maintenant transformés en vampires. De son côté, Vasiliy Fet est de plus en plus intrigué par l'attitude des rats dans le métro...

Une éclipse de soleil est prévue dans la journée : l'obscurité va envahir la ville et la tension monte. Abraham Setrakian est bien décidé à chasser les vampires et il rend dans un quartier de New York, dans la cave d'une maison. Eph est recherché par le FBI et il tente de prévénir Kelly et son fils de quitter New York le plus vite possible. Quant à Vasiliy Fet, il est directement confronté aux créatures en revenant au bureau...

Abraham Setrakian, avec le soutien de Eph et Nora, veut accélérer la chasse aux vampires. Pour cela, ils utilisent les liens que Jim Kent a avec le très étrange Thomas Eichorst. Setrakian révèle que Eichorst est en réalité un vampire de la pire espèce et qu'il le connaît bien, pour l'avoir rencontré dans les camps de concentration où Eichorst officiait...

Eph se précipite pour rejoindre sa famille et la protéger, mais Kelly a disparu. Il confie son fils Zach à Setrakian et tente de rassurer Nora après la mort de Jim. Tandis que Dutch révèle son rôle dans le plan de Palmer, Gus doit prendre une décision difficile au sujet de Felix...

Eph enquête sur la disparition de Kelly, mais les premiers éléments découverts ne le rassurent pas. Son fils Zach parvient toutefois à localiser le téléphone mobile de sa mère. Dutch est toujours décidée à se venger de Palmer et part à sa rencontre avec Vasiliy Fet...

Vasiliy Fet travaille à créer une bombe lumineuse en augmentant la puissance des lampes à ultraviolet dont ils disposent. Equipés de leurs armes de fortune, de lampes et de cette bombe artisanale, le petit groupe de chasseurs de vampires s'engage dans les tunnels du métro, espérant pouvoir affronter et tuer le Maître pour mettre un terme à l'invasion de ses créatures. Pendant ce temps, Zach est resté seul au magasin du prêteur sur gages en compagnie de Mariela, la mère de Nora, qui n'a plus toute sa raison...

Dutch revient avec un plan pour diffuser le message d'avertissement imaginé par Eph, au sujet des vampires. Mais au même moment, Eichhorst lance une attaque contre la boutique de prêteur sur gages. De son côté, Palmer reçoit un visiteur un peu spécial...

Eph et Fet s'allient pour un assaut tous azimuts alors que Setrakian les assurent qu'ils pourront enfin tuer le Maître. Gus s'aligne avec une nouvelle force étrange, ce qui pourrait amener la lutte dans une direction imprévue.