Pasifae assedia Atlantide e senza il Palladium a proteggerla, la città sembra destinata a cadere. L'ultima speranza rimasta spetta a Jason, Hercules e Pythagoras, ma lontano da casa loro stanno combattendo già di loro una battaglia disperata.

Arianna viene formalmente incoronata Regina, ma con Pasifae ancora in libertà e la città in lotta all'indomani della battaglia, Atlantis rimane vulnerabile in effetti.

Quando i piani per il matrimonio reale avanzano, Arianna deve intraprendere un viaggio verso la patria di Telemone, Egina. Con il regno ancora tormentato da Colcheans, Jason non è l'unico che teme per la sicurezza della regina.

Mentre la polvere si deposita, il gruppo si ritrova circondato da sparse nuove necropoli. Diventa subito chiaro che non sono soli e che sono circondati da un esercito di non morti.

Mentre Arianna si trova sul letto di morte, il senso di colpa di Jason è quasi troppo da sopportare per lui, così decide di fare tutto il possibile per salvarla e si imbarca in una missione pericolosa verso l'ignoto.

Pasifae vuole a tutti i costi evitare che Jason sposi Arianna e per farlo è disposta a tutto...

Jason è stato condannato a morte per aver ucciso l'Oracolo e, di fronte alla impressionante volontà dei sommi sacerdoti, sembra che ci sia poco da fare per salvarlo, persino per Arianna.

Pasiphae ha sequestrato Atlantis e la vita di Arianna è in bilico, ma gli eroi sono stati costretti a cercare rifugio in alta montagna sopra la città e sono in lotta per la loro sopravvivenza.

La profezia dell'Oracolo è diventata realtà: le rivelazioni circa Pasiphae hanno annerito il cuore di Jason, e ormai ha poco a che fare con l'uomo che era. Il suo atteggiamento è imprudente e sconsiderato, e sembra non preoccuparsi

Jason è stato catturato dalle truppe di Pasifae e gli altri fanno tutto il possibile per salvarlo prima che si perda per sempre. Nel frattempo Aeson si imbarca in una missione coraggiosa e pericolosa ad Atlantis per salvare suo figlio.

Dopo combattimenti all'ultimo sangue, profezie avverate, dolori e sofferenze, Atlantis giunge all'ultimo episodio della seconda stagione.