A San Francisco romjaitól jövő rejtélyes üzenetet küld Power, hogy megtalálja azt a közeli barátját, akivel a háború alatt elveszítette a kapcsolatot.

Egy rövid rádióüzenet felfedi egy titkos katonai bázis helyét, ami még mindig működik és emberekkel van megszállva. De amikor Power és Hawk nyomozni kezdenek, megtámadják és elfogják őket, majd kémekként és árulóként kivégzésre ítélik őket, mivel Dread erői a bázis helyszínére közelednek...

Egy genetikailag módosított szuperkatona túszul ejti egy falut, hogy kikényszerítse Tankot, hogy szemtől szembe szálljon vele anélkül, hogy a páncélruhát használná.

Miközben Dread új, bénító biológiai fegyverének nyomait keresi, Hawk bio-mecheket talál, akik egy tinit üldöznek. Megmenti a fiút, de lezuhan, és csak elbújni tud, miközben érzi, hogy a bénító fegyver hatása rá is kezd hatni.

Power meglepődik, amikor megtudja, hogy Dread erői falvakat borítanak fel, egy korábbi művészt keresve, akit a Metal Wars során megvakítottak.

Power rájön, hogy valaki őt utánozta, amikor egy falu lakói elfogják és gyilkosság vádjával megvádolják, miközben próbál segíteni nekik.

A csapat egy ellátási konvojt támad meg, remélve, hogy kideríti, miért hoz létre Dread sorra új erőműveket. Sikerül egy magas rangú bio-mech memória egységét megszerezniük... De időben ki tudják-e nyerni belőle a szükséges információt, hogy megállítsák Dread terveit?

Power, szokatlan energiaolvasásokat vizsgálva, rábukkan a "Menedék"-re - egy rejtett föld alatti paradicsomra, amely egy geotermikus kutatóállomáson alapul. De minden túlságosan is jó ahhoz, hogy igaz legyen, és amint Pilot és Tank körbenéznek, a látszat kezd repedezni...

Egy felderítő küldetésről visszatérve a csapat rájön, hogy volt náluk egy potyautas. Kikérdezik, és azt állítja, ő is Dread ellen harcol, de vajon megbízható-e?

Hawk kapcsolatba lép egy, az egykori kedvese által vezetett katonai csapattal. Támadásokat hajtottak végre Dread ellen, de most ő fáradt, és meg akarja találni a pletykált biztonságos menedéket - Eden 2-t. Amikor egy rés megjelenik Dread blokádjában, arra kéri Hawket, hogy jöjjön vele.

Power belép a Tech City cyberhálójába egy közvetlen idegi kapcsolaton keresztül, információt keresve arra vonatkozóan, amit Dread erői hagyhattak ott. De Dread észreveszi a kísérletet és átveszi az irányítást a kapcsolaton, így Power csapdába esik, miközben Dread megpróbál információt kiszedni az elméjéből.

Egy halálos influenza söpör végig a folyosókon, és bár van rá vakcina, közel sem elég. Így Pilot felajánlja, hogy beépül az egyik Dread vegyi gyárba, hogy többet szerezzen.

Power csapata egy ellenállási bázist talál teljes káoszban, az embereket gyilkos düh fűti valamilyen drogtól - ez az Új Rend második fázisának előjátéka. Amikor bio-mechek érkeznek, sikerül annyi ideig feltartani őket, amíg a túlélőket evakuálják - de aztán észreveszik, hogy a drog elkezd hatni Tankra.

Apa halálának 15. évfordulóján Jonathan ellátogat a sírhoz, és emlékszik az utolsó napra, amikor az apja életben volt.

Amikor Lord Dread a sírhoz közeledik, hogy elkapja Jonathant, mindketten továbbra is emlékeznek Dr. Power halálával kapcsolatos eseményekre.

Amikor Dread tudtán kívül leállít egy létfontosságú útvonalat Eden 2-be, a csapatnak egy bioveszéllyel teli katasztrófa területén kell átjutnia, hogy kapcsolatba lépjen egy képviselővel az új útvonalról.

Egy nő, aki ellenállási közleményeket sugároz a "Freedom One" fedőnév alatt, veszélyes javaslattal lép kapcsolatba Powerrel - egy találkozó az ország legfontosabb ellenállási vezetőivel, hogy egy zászló alatt egyesítsék őket.

Power végleges adatokat szerez az Új Rend két utolsó fázisáról - az egész emberi népesség rendszerszerű digitális átalakítása egy űrplatform használatával, majd a maradék megsemmisítése minden működő erőmű felrobbantásával. Csak néhány órája van hátra, így Power egy kétségbeesett csapást tervez a platform erősen őrzött irányítóközpontja ellen...

A platform hatása miatt Volcania káoszba süllyed, de az Új Rend utolsó fázisa még mindig folytatódik, így a csapatnak nincs más választása, mint oda menni és maguknak leállítani.

Az Új Rend befejeződött, és a csapat ünnepel. De Volcaniában Dread felépül, új felismeréssel - Addig nem lehet Új Rend, amíg az összes ellenállás meg nem szűnik.

Dread csapdába csalja a csapatot, és támadást indít a bázis ellen, ahol csak Pilot marad, hogy védelmezze azt.