Después de la muerte de Louis Daniel, al final de la segunda temporada, el equipo es desmantelado sin la aprobación de Michel Dorn. La tercera temporada comienza seis meses después cuando un socio de Dorn es raptado ya que tiene las pruebas suficientes para llevar a juicio al cruel Señor de la Guerra. Dorn vuelve a crear el grupo (con nuevas caras) en un esfuerzo de probar que el equipo es necesario para combatir el crimen a nivel europeo.

Nuevas pistas sugieren que Wombosi no está detrás del asesinato y secuestro. Más bien la persona que dio Sophie la pista es el verdadero objetivo de un complot mucho más complejo.

La Unidad de Delitos Especiales descubre un secreto sobre un internado de élite, mientras trabajaban en Ginebra en un caso con rehenes.

Tras el asesinato de un prominente juez italiano, el gobierno italiano sospecha de la implicación de la mafia.

Frustrado por el lento progreso en el caso de su hermana, Marco sigue enfrentado a su pasado. Mientras un fabricante de bombas que fue liberado por un error técnico, regresa.

Un traficante de drogas herido muere a causa de una enfermedad de transmisión sanguínea. La Unidad de Delitos Especiales debe encontrar a su agresor para detener la expansión de una epidemia mortal.

La unidad investiga la muerte de un conductor de autobús y un estudiante de una escuela europea de prestigio.

La persecución de un conocido traficante de drogas lleva a la Unidad de Delitos Especiales a un complot para arruinar la reputación de un famoso defensor de los derechos humanos.

La misteriosa muerte de un periodista que está a punto de dar a Dorn una exclusiva sumerge a la unidad en el mundo de la falsificación de medicamentos y acuerdos de armas terroristas.

La investigación sobre la muerte de personajes clave de un proyecto hidroeléctrico controvertido expone la vida secreta de un contratista.

Cuando el vestuario de un equipo de fútbol es bombardeado, la investigación conduce a un móvil racista y expone un secreto oscuro y rentable del propietario.

Dorn y su equipo son requeridos en Berlín para proteger a un político extremista de un intento de asesinato.